元朝是以少數民族蒙古族為主建立的王朝，國家空前統一。自此後，在民族地區基本上再也沒有出現大的民族國家政權。這時期的少數民族：東北有蒙古、契丹、女真、水達達、吉烈迷、兀者、骨嵬等族；北方是蒙古（族）的主要居住區，居住在大漠南北廣大地區；西北和西域有畏吾兒、哈密立（族源不詳）、哈剌魯、康裏人和蠻人（屬突厥族）、粟特、斡端（又稱忽炭人）、乞兒吉思（宋時稱轄戛斯）、月即別、曲先等族；西方（西藏）為吐蕃人（藏族）；西南方有焚族、金齒、白蠻、烏蠻、末些、盧蠻、西番、俅人、斡泥、峨昌、回回、蒲蠻、僚人、仲家、洞蠻、土僚、苗人、佯黃、木佬、龍家等族。這時期蒙古族起了傑出的作用，建立了元王朝。蒙古族源於隋唐時的室韋，居漠北草原。唐時稱“蒙兀室韋”，遼金時稱“萌古”。金後期，蒙古完顏部強大起來，征服漠北各部，建立大蒙古國。隨之西征服西域畏兀兒政權，南滅西夏、金、大理、南宋，招服吐蕃，建立元朝，統一了中國全境。元朝的統一，是中國第一次全國大統一，對中國多民族國家的發展起了重大作用。蒙古國被明朝所滅。後蒙古族主要部分仍居北方，與明朝相對峙。
明朝時期，這時期的中國社會是由封建經濟的複興到崩潰和資本主義因素的產生時期。這時期的中國各民族，各有不同程度的發展，各族的居住或遊牧地區基本固定了下來。他們是：東北有女真、錫伯、赫哲、畢喇爾（鄂倫春）等；北方有韃靼（時稱蒙古）諸部、索倫、達呼爾等；西北和西域有回部、畏兀兒（由回紇、回鶻等演變而來）、阿薩（突厥人、烏孫人、蒙兀兒人融合體）、月即別、乞兒吉思、瓦剌等及二城邦（葉爾羌汗國和吐魯番）；西方（今西藏）有西蕃等；西南有羅羅、僰人、麼些、韃靼、回紇、西蕃、栗些、和泥、西番、怒人、俅人、峨昌、結些、回回、百夷、哈瓦、蒲蠻、仲家、狄人、洞人、仡兜、苗人、瑤人、佯黃、木佬等；中南和東南有土蠻、苗蠻、僮人、洞家、瑤人、佘人、黎蠻、仫佬、水家、茅灘、高山番等。東北女真在這時期有巨大的發展，明初，女真人分布於鬆花江流域和黑龍江中下遊，東至於海。被分為建州女真、海西女真、野人女真三部分。明建立遼東、奴兒幹（今黑龍江下遊、直屬中央）等指揮使司及衛、所等各級行政機構，以管理女真地區。並在撫順、寬奠（今遼寧寬甸）等地開設馬市，以便女真各部互市。明萬曆十一至十六（公元1583-1588年）年間，建州女真首領努爾哈赤統一女真各部，創立軍政合一的八旗製度。四十四年（公元1616年），努爾哈赤在赫圖阿拉（今遼寧新賓縣西老城）建立“後金”政權。天聰九年（公元1635年），皇太極廢舊有族名，改稱‘‘滿洲”。崇德元年（公元1636年），改“後金”為‘‘清”。順治元年（公元1644年），清軍入關，奪取全國統治大權。