自從漢武帝采納了董仲舒“獨尊儒術”的建議，儒家從先秦諸子百家中脫穎而出，實現了從儒學到經學的華麗轉身，一躍而成為占統治地位的主流思想。2000年來，儒家思想就像一棵枝繁葉茂的大樹，不斷分出新的枝椏，開花結果，生生不息。
“古”、“今”相爭兩千年——古文經學與今文經學
古文經學是經學中研究古文經籍的學術流派，古文經是指秦始皇統一中國以前的儒家經書。大家都知道，秦始皇統一中國後為了進一步統一思想，就聽從李斯的建議焚書坑儒，將民間所藏的儒家經典付之一炬。在這個過程中，很多儒生冒著生命危險把一些古文經書給埋藏起來。漢朝建立之後這些經書被陸續發現，這些被發現的書籍又被獻給了西漢政府。
今文經則出現在西漢建國後。由於先秦時期的儒家經典都被焚毀，各地的藏書也還沒有發現，於是漢初的一些老儒就根據自己的記憶將儒家經典背誦出來，口耳相傳，再由弟子用漢初的隸書將經文和解釋記錄下來，從而形成了今文儒家經典。
今文經出現之後，少數老儒開始建立私人學校，聚眾講學，漢文帝的時候設立了經學博士官，當時的經學博士官主要有三位，他們分別是傳授《詩經》的申培公和韓嬰，還有傳授《尚書》的伏生的弟子歐陽生博士；到漢景帝時又增加了三個博士官，他們是詩博士轅固生、春秋博士董仲舒及胡毋生；到了漢武帝的時候根據公孫弘的建議，設置詩、書、易、禮、春秋五經博士，於是又增加了禮經博士官和易經博士官。後來漢武帝又聽從董仲舒的建議“罷黜百家，獨尊儒術”，儒家學說就此統治了兩漢的學術界。這些被設為博士官的學者學習和研究的都是今文經，所以他們就被稱為今文經學派。
後來公孫弘又建議博士官可收弟子50名，也享受一份俸祿。兩漢的時候，五經博士官數以及弟子人數都不斷增加，已經形成了一個擁有政治勢力的學術團體。他們在對經學解釋及對政府體製、政策的意見上，形成了特殊的觀點。
可是這個時候古文經學派也悄悄地發展起來了，漢哀帝時古文經學派的劉歆在校對儒家經典時發現，古文經不但在文字上與當時立於學官的博士們所學的今文經不同，而且有的博士在傳授弟子時隻傳授今文經，不傳授古文經，這一點他非常不滿。他上書漢哀帝，指責今文經為秦代焚書之後新編的經書，根本就殘缺不全。所以劉歆請求立古文經《毛詩》、《左傳》、《禮》於學官。可是他的建議遭到了研習今文經的太常博士的群起反對，無奈之下劉歆隻好離開了長安。
西漢末年，王莽想要篡權，提出了“王田”的主張，要將土地收歸國有，他利用《周禮》關於井田製的說法，作為立論依據。《周禮》屬於古文經，因此古文經學地位得以提高。漢平帝時，設立五個古文經博士，以此和今文經學對抗。
東漢建立之後，劉秀利用讖語來鞏固新生政權，他提倡今文經，廢除古文經。讖緯之風嚴重影響了東漢經學的今古兩派。東漢中葉以後，古文經學慢慢壓倒了今文經學，著名古文經學大師如衛宏、賈逵、馬融、許慎等人，都以學術取得高官。他們有幾千弟子，勢力非常大。古文經學派斥責今文經學派是附會讖緯的妖妄，他們強調文字訓詁對於治經的重要性。為了能夠準確解釋儒家經書，古文經學者在文字、音韻、訓詁方麵作了精深的研究，提出了一些非常有價值的學術觀點，撰為著述，如齊歆認為“六書”是漢字造字的基本法則，揚雄著《方言》，許慎著《說文解字》等，都有相當程度的科學性，受到古今學者的高度重視，到今天仍然是我們理解古代文化典籍的鑰匙。
到了東漢末年，儒學大師鄭玄以古文經學為根本，吸收今文經學的主張和觀點，綜合兩派，遍注群經，成為漢代經學的集大成者。到了唐朝的時候，唐太宗命令孔穎達統一眾說紛紜的古文經和今文經，於是孔氏撰寫了《五經正義》，書中摒棄了今古文的門戶之見。
宋代學者拋開舊注，直接從經文中尋求義理，敢於懷疑和獨立思考，結果建立了“宋學”。一直到清代，乾嘉學者所用的學習方法，被稱為“漢學”、“樸學”，無論吳派、皖派還是揚州學派，都和古文經學相近。隻有常州學派繼承了今文經學，依據《公羊傳》以及董仲舒等人著作，闡發孔子的“微言大義”，以此來表達自己的曆史哲學和政治態度，影響了龔自珍、魏源、康有為等思想家，至此，經學上的今古文之爭宣告結束。