正當這位年青的曆史學家漫遊中國作訪古旅行的時候，中國的商人地主卻在積極準備為了中國絲織物的銷路，而打開通達中亞細亞的國際道路。當時漢武帝從張騫的報告中，知道了通達中亞細亞，有兩條道路：一條是從新疆越過帕米爾高原，另一條是從雲南經由印度。因此漢武帝就想打通這兩條道路。
不久，在長安城中，吹響了遠征軍的號角，而司馬遷就出為西征巴蜀以南，南略邛、昆明的先鋒。但他遭遇到西南夷人的抵抗，沒有完成他的政治任務，就回到長安了。
司馬遷回到長安時，他的父親，正病倒洛陽。生病的原因，是因為沒有參加漢武帝封泰山的典禮。在當時，參加這種典禮，是一種光榮；不能參加，是一種恥辱。司馬遷趕到洛陽，他父親已在垂危之中，不久就死了。唯一的遺囑，就是要司馬遷完成他的著作。
漢代的史官是世襲的。司馬遷在他父親死後的第三年，繼任為太史。以後，他就把寫作曆史當作他父親的遺囑而執行。他在皇家圖書館，整整搜集了五年的資料，才寫定了他的著作綱領。到太初元年（公元前104），司馬遷便開始寫著他的不朽的名著《史記》。
平靜的著述生活，不過五年，災難就從天上飛來。天漢二年（公元前99），司馬遷因為遭到李陵投降匈奴案子的牽連，受了腐刑。
假如司馬遷有錢，也可以贖罪，但他家貧；假如有人替他向漢武帝解釋，也許可以減罪，但他的親戚朋友不為一言；因此，他的命運是決定了。當受刑之前，他也曾想自殺，但一想到他的著作尚未完成，就毫無慍色地忍受酷刑。
自從遭受腐刑以後，司馬遷不但肉體變成了殘廢，精神也受到了最大的摧殘。他往往“居則忽忽若有所亡，出則不知所如往”。簡直有些神經錯亂的現象。但為了完成他的不朽的著作，他鎮靜下來，發憤著書，以至於死。
二
司馬遷唯一的著作是《史記》。這部書，上起傳說時代的“五帝”，下迄漢武帝。全書一百三十篇，其中本紀十二篇，書八篇，表十篇，世家三十篇，列傳七十篇。自從有了這部書，西漢以前的古史，才第一次放出光明。
《史記》是中國曆史學出發點上的一座不朽的紀念碑，這大概是沒有人否認的。不過司馬遷的不朽，不僅因為他寫成了一本《史記》，特別是因為他開創了一種前所未有的新的曆史學方法，即紀傳體的曆史學方法。
所謂紀傳體的曆史學方法，就是以人物為主體的曆史學方法。這種方法，是將每一個他認為足以特征某一曆史時代的曆史人物的事跡歸納到他自己的名字下麵，替他寫成一篇傳記。這些人物傳記，分開來看，每一篇都可以獨立；合起來看，又可顯示某一曆史時代的全部的社會內容。《史記》就是用這樣的曆史學方法寫成的。
在紀傳中，又分本紀、世家與列傳。本紀記皇帝；世家記貴族；列傳記官僚士大夫。雖作為主題的人物政治地位不同，但以人物為記事的主體，則是相同的。
本紀和世家、列傳也有不同的地方。那就是本紀雖亦以人物為標題，但並不是傳記體，而是編年體。所謂編年體，即將某一皇帝時代所發生的史實，按照事件發生的先後，依次記錄。實際上，本紀就是世家與列傳的綱目，而世家與列傳則是本紀的注文。
例如，《漢書》記李陵投降匈奴事，《武帝紀》中隻說：天漢二年五月，“騎都尉李陵將步兵五千人出居延北，與單於戰，斬首虜萬餘級。陵兵敗，降匈奴。”而在《李陵傳》中，則詳述李陵和匈奴作戰以及他投降的經過。
除紀傳以外，有書有表。書的內容，是總述社會經濟政治乃至意識形態，可以說是人物列傳的總序。表是排比史事或人物的世次或年代，可以說是人物列傳的附錄。但書表在《史記》全書中所占的篇幅是很少的。例如在《史記》一百三十篇中，本紀、世家。列傳共占一百一十二篇，書、表合計隻有十八篇。
紀傳體的曆史學方法，在今天看來，當然已經陳舊，而且有很多缺點；但在今天以前兩千年前，司馬遷能開創這樣一種曆史學的方法，是值得讚歎的。
司馬遷不朽，不僅由於他開創了這種曆史學的方法，而且在於他具有遠大的曆史見識。他的見識之遠大，首先表現在他的眼光能夠投射到中國以外的世界，即以世界規模研究中國曆史。例如，他在《史記》中，已經注意到中國境內的少數民族，如匈奴，西南夷，東越，南越；並且注意到中國以外的世界，如朝鮮及大宛、烏孫、康居、奄蔡、大月氏、安息等中亞細亞諸國。
其次表現於他的眼光能夠投射到曆史上的社會的每一個側麵。例如他在《史記》中，不僅注意到表麵的政治現象及文化思想宗教等等，而且注意到社會經濟的演變，他的有名的《平準書》是後來各代史書的“食貨誌”的典範。
最後而又是最重要的，是表現在他能把眼光投射到社會的每一個階層。例如他在《史記》中，不僅替皇帝寫本紀，也替失敗的人物項羽寫本紀；不僅普貴族寫世家，也替地主階級的“叛逆”陳涉寫世家；不僅替官僚地主、商人、學者、藝人寫列傳，也替下層社會的人物如遊俠、刺客、龜策日者（占卜的人）等等人物寫列傳。