朱厚熜龍顏大怒，當場命令錦衣衛逮捕了為首的八名大員，將五品以上的官員奪去俸祿，五品以下官員進行廷杖，有十六人被當場打死。餘人全部逐出朝廷，分別受到入獄、奪俸、貶官、戍邊等處罰。他用武力平息了這場長達三年的"皇考"之爭。
此後，再無人敢在皇帝麵前提到"統嗣之爭"，這場荒唐的鬧劇才算最終落下了帷幕。所謂"大禮議"之爭，表麵上是"繼統"與"繼嗣"的禮儀形式之爭，而實際上是蘊涵著皇權與閣權的政治之爭，以及學術思想上正統朱（熹）學與新興王（陽明）學之爭。守舊的舊臣閣老們所遵循的是絕對的程朱理學，他們做的任何事情都是按照這個"理"去衡量，逐漸形成了一種形而上學的觀點，認為是普遍存在的根據，也是最深層的價值源泉，沒有一個東西能夠動搖它，萬事萬法都依它而生。楊廷和在"大禮議"一開始就表明："惟宋儒程頤《濮議》最得義理之正，可為萬世法。"而張璁等人所遵循的是新興的王學，即王陽明之學。他的一些主張跟程朱理學恰恰相反，承認人欲，率性而為。正如楊慎等人上書言："臣等與萼輩學術不同，議論亦異，臣等所執者，程頤、朱熹之說也；萼等所執者，冷褒、段猶之餘也。"兩種不同的觀念相撞，自然產生激烈的火花。
新興王學挑戰了一下作為統治者駕馭百姓的好工具--程朱理學，並取得了決定性的勝利，但是，這種新的思想卻給明朝後期的社會帶來極大的負麵影響。
5.特務行業很吃香
西門慶道："你婦人都知道些什麼？陳親家是我的親家，女兒、女婿兩個孽障搬來咱家住著，平昔街坊鄰舍惱咱的極多，常言：機兒不快梭兒快，打著羊駒驢戰。倘有小人指搠，拔樹尋根，你我身家不保。"--《金瓶梅》第十七回
提起明朝特務機構，人們自然會想到錦衣衛、東廠、西廠，圍繞這幾個組織，可說是有著說不完的話題。
早在洪武年間，朱元璋為鞏固皇權，防範臣民造反，就利用特務人員，"專主察聽京大小衙門官吏不公不法，及風聞之事"（劉辰《國初事跡》）。他殺了宰相胡惟庸以後，又設立了專門的特務機構--錦衣衛。
錦衣衛是皇帝的侍衛機構。前身為太祖朱元璋時所設禦用拱衛司。明洪武二年(1369年)改設大內親軍都督府。洪武十五年（1382年）改稱"錦衣衛親軍指揮使司"，表麵上是京城直衛親軍指揮使司的二十六衛之一，實際上則是由皇帝本人直接指揮，隻對皇帝負責，是皇帝侍衛的軍事機構。
明太祖朱元璋設置錦衣衛，按照《明史·職官五》說："錦衣衛掌侍衛、緝捕、刑獄之事，恒以勳戚都督領之……盜賊奸宄，街塗溝洫，密緝而時省之。""侍衛"，本就是皇帝的親兵；"刑獄"，自己可以斷獄；加之"密緝"，則又說明其特務機構性質。明太祖的錦衣衛，則以消滅功臣為目的，羅織罪狀，置無罪者於死地。《明史·刑法誌》說："胡惟庸、藍玉兩（大臣）案，株連且四萬（人）。"大部分功勞都應該算在這些錦衣衛身上，足見其酷烈程度。錦衣衛的首領稱為指揮使（或指揮同知、指揮僉事），一般由皇帝的親信武將擔任，很少由太監擔任。其職能是："掌直駕侍衛、巡查緝捕。"可見，錦衣衛有兩個職責。一是負責執掌侍衛、展列儀仗和隨同皇帝出巡，基本上與傳統的禁衛軍沒什麼兩樣；二是"巡查緝捕"，其實朱元璋建立錦衣衛的初衷也隻是用來鹵簿儀仗，但後來由於他大肆屠戮功臣，感覺傳統的司法機構刑部、大理寺、都察院使用起來不太順手，於是將錦衣衛的保衛功能提升起來，使其成為皇帝的私人偵探。負責偵緝刑事的錦衣衛機構是南、北鎮撫司，其中北鎮撫司專理皇帝欽定的案件，擁有自己的監獄（詔獄），可以自行逮捕、刑訊、處決，不必經過一般司法機構。
南、北鎮撫司下設五個衛所，其統領官稱為千戶、百戶、總旗、小旗；普通軍士稱為校尉、力士。校尉和力士在執行緝盜拿奸任務時，被稱為"緹騎"。緹騎的數量，最少時為1000人，最多時多達60000之眾。錦衣衛校尉一般從民間選拔孔武有力、無不良記錄的良民入充，之後憑能力和資曆逐級升遷。同時，錦衣衛的官職也允許世襲。
明太祖擔心自己死後，下一代皇帝駕馭不了文武功臣，所以他幾興大獄，假借了若幹由頭，連殺帶整，把輔佐他打天下的文武功臣差不多滅了個幹幹淨淨。但是這類案子，事出有因、查無實據，如果交給朝官們按法辦理，就有可能曠日持久，甚至定不了案。所以就把這些案子作為詔獄交給錦衣衛辦理。上至宰相藩王，下至平民百姓，都處於他們的監視之下，對他們的命令隻要稍有拂逆，就會家破人亡。