和錦衣衛有密切關係的一種刑法，叫"廷杖"，即殿廷上責杖進諫觸怒或有過失的大臣，以提高皇帝的威權。行刑者為錦衣衛校尉，他們都受過嚴格訓練，技藝純熟，能夠準確根據司禮太監和錦衣衛指揮使的暗示而掌握受刑人的生死。如果這執行人兩腳像八字形張開，表示可留杖下人一條活命；反之，如果腳尖向內靠攏，則杖下人就隻有死路一條了。錦衣衛抓人，往往先在僻靜地方打一頓，名為"打樁"，而後再送入獄。一般說來，一入獄門，便無生理，入獄者"五毒備嚐，肢體不全"（傅維鱗《明書》卷七三），足見用刑之殘酷。以致錦衣校尉過門，臣民如臨大盜，弄得人心惶惶，怨聲載道。為平息民怨，洪武二十年，朱元璋下令焚毀錦衣衛刑具，並停止其詔獄權。洪武二十六年（1393年），他就下詔"內外獄無得上錦衣衛，大小鹹經法司"。還算有點人性，錦衣衛權力縮小，國家走向"法治"。
明世宗初年，錦衣衛職權又開始縮小，改為"惟察不軌、妖言、人命、強盜重事"（《明史·刑法誌》），即把矛頭專門指向政治上的反對派和民間宗教團體。
然而，在這之前，明成祖奪取帝位時，為鎮壓反對派，在錦衣衛中增設北鎮撫司，專治"詔獄"，為害更烈。
並且明成祖還建了與錦衣衛相同性質的東廠。東廠始於明成祖，一開始就是從收買建文帝身邊的宦官、刺探消息起家的機構，其特務性質更為明顯，所以正式建立後即專以宦官負責，專門"緝訪謀逆妖言大奸惡等"。
在明成祖眼裏，錦衣衛到底是外官，終不如內官可靠。在發動"靖難之役"奪取了侄子的皇位後，朱棣的精神一直處在高度緊張中，一方麵，建文帝未死的流言不時出現，另一方麵，朝廷中的很多大臣對新政權並不十分支持。為了鞏固政權，朱棣迫切需要一個強有力的專製機構，設在宮外的錦衣衛使用起來並不是很方便，於是決定建立一個新的機構。在朱棣起兵的過程中，一些宦官出過大力，所以在他心目中，還是覺得宦官比較可靠，而且他們身處皇宮，聯係起來也比較方便。
永樂十八年（1420年），明成祖朱棣增設東廠，設立於北京東安門北。職掌與錦衣衛相同，其屬官、隸役均由錦衣衛官卒中選任，再收羅一些地痞流氓做爪牙。所不同的是：皇帝指派親信宦官做東廠的提督，一般由司禮監秉筆太監第二人或第三人擔任，稱"督主"；錦衣衛向皇帝報告要具疏上奏，東廠可口頭直達；皇帝還賦予東廠督主以監督錦衣衛人員的權力。這樣，廠權高於衛權，宦官又直接控製廠權，使宦官擁有隨意逮捕、刑訊、殺戮臣民的特權，從而加速了宦官專政的進程。
那時，每月初一，東廠派出成百上千隸役到各官府及錦衣衛去聽會審大獄、考掠重犯，叫"聽記"；或去各官府、各城門緝訪，叫"坐記"。東廠隸役聽到什麼秘密上報，叫"打事件"，要及時報告隸役長--襠頭，再由東廠督主直轉報皇帝。連民間瑣事、夫妻口角也得連夜報進宮去，弄得朝野內外"上下惴惴，無不畏打事件者"（《明史·刑法誌》）。
東廠是後來居上。由於東廠督主與皇帝的關係密切，又身處皇宮大內，更容易得到皇帝的信任。東廠和錦衣衛的關係，逐漸由平級變成了上下級關係，在宦官權傾朝野的年代，錦衣衛指揮使見了東廠廠主甚至要下跪叩頭。
明憲宗成化十三年（1477年），為加強特務統治又增設西廠，設於舊灰廠，人員比東廠多一倍，以宦官汪直為提督。汪直利用西廠"屢興大獄"，建立五個月，"士大夫不安其職，商賈不安於途，庶民不安於業"（《明史·商輅傳》）。特務活動範圍已不限於京師，"自諸王府、邊鎮及南北河道，所在校尉羅列"（《明史·汪直傳》），民間鬥雞罵狗，也在緝拿之列。汪直專權六年，"冤死者相屬"，公卿懾服。西廠特務偵緝各地，引起朝野反對，後被迫撤銷。明武宗時大宦官劉瑾專權，又恢複西廠，劉瑾倒台後又被撤銷。
西廠成立，本來隻是為了替皇帝刺探消息，但汪直為了升官發財，拚命地構置大案、要案，其辦案數量之多、速度之快、牽扯人員之眾都遠遠超過了東廠和錦衣衛。西廠在全國布下偵緝網，主要打擊對象是京內外官員，一旦懷疑某人，就立刻加以逮捕，事先不必經由皇帝同意，之後當然就是嚴刑逼供，爭取把案件弄得越大越好。對一般百姓，其一言一行隻要稍有不慎，就會被西廠以妖言罪從重處置。
在這種情況下，西廠僅僅成立5個月，就弄得朝野上下人心惶惶，以大學士商輅為首的輔臣集體上書，向憲宗痛陳西廠之危害，並將汪直辦下的不法之事一一舉報。憲宗收到奏章後為之震驚，於是撤銷西廠，遣散了西廠的人員。但沒有西廠的日子總讓憲宗覺得沒有安全感，一個奸臣戴縉在得知皇帝心思後，主動上書，大肆吹捧汪直。憲宗大喜，立刻恢複西廠，廢與開之間，隻相隔一個月。汪直複出後，更加嚴酷地辦案，戴縉也得以升職。
在此後的五年裏，汪直領導西廠又辦下了無數"大案"，將反對自己的朝臣如商輅等一一剪除，他的權勢也達到了極點。但俗話說"物極必反"，汪直極度膨脹的權力不能不引起皇帝的警覺，在其後的權力角逐中，汪直失敗，被調出京城，西廠也隨之解散。幾年以後，汪直在失意中死去。