到了憲宗的孫子武宗繼位後，大太監劉瑾掌權，宦官勢力再度興起，西廠複開，由太監穀大用領導。好笑的是，西廠與東廠雖然都受劉瑾的指揮，但兩者之間不是互相合作，而是爭權奪利，互相拆台。為了改變這種情況，劉瑾又自建了一個內行廠，由本人直接統領，其職能與東廠、西廠一樣，但偵緝範圍更大，甚至包括東、西廠和錦衣衛。一時間，錦衣衛、東廠、西廠、內行廠四大特務機構並存，緹騎四處，天下騷動。直到五年後，劉瑾倒台，武宗才下令撤銷西廠和內行廠。
錦衣衛、東廠、西廠合稱廠衛，是明朝專製主義中央集權統治高度強化的標誌之一。這類係統，基本上貫徹於整個明王朝的始終。《明史·刑法誌》把它們與"廷杖"加在一起，稱之為："明之自創，不衷古製。"一語道破了貫穿明王朝的特別專製的酷政性質。
6.平民組織鬧黨派
即令堂候官取過昨日科中送的那幾個名字與他瞧。上麵寫著："王黼名下書辦官董升，家人王廉，班頭黃玉，楊戩名下壞事書辦官盧虎，幹辦楊盛，府掾韓宗仁、趙弘道，班頭劉成，親黨陳洪、西門慶、胡四等，皆鷹犬之徒，狐假虎威之輩。乞敕下法司，將一幹人犯，或投之荒裔以禦魍魎，或置之典刑，以正國法。"--《金瓶梅》第十八回
中國古代多把為政治私利而結成的排斥異己之宗派集團稱為"朋黨"，故《論語》雲：君子"群而不黨"，《荀子》曰："朋黨比周以環主圖私務，是篡臣者也。"然而事實上，受儒家思想影響的士大夫們，一麵叫囂著不要結黨營私，另一麵卻又竭盡全力地組織自己的利益集團。他們把不聽任自己的集團稱為朋黨，同時組成一個反對集團來共同討伐，在不知不覺中，另一種形式的朋黨利益的團體也出現了。大臣們互相指責對方為朋黨，並因此而引起黨爭、釀成黨禍，其最烈者如東漢的黨錮之禍，唐代的牛、李之爭，北宋的新舊兩黨，以及明代的東林黨爭。
明朝建立之初，上上下下都受到過戰爭的破壞，人們一心想修補戰爭創傷，穩定社會，再加上朱元璋等人的勇武果敢，此時的明王朝處於百廢待興的局麵，所以，太多的矛盾都被這股熱潮所掩蓋。等到明代走到中後期，統治階級內部的鬥爭逐漸開始顯露出來，進而變得十分複雜尖銳。自從明成祖時起，宦官開始囂張起來，逐漸成為一個特殊的集團，在宮廷中形成一種勢力，並且得到皇帝本人的支持。
嘉靖時，宦官的勢力受到排斥，而轉變成權臣專政的局麵。故世宗、穆宗、神宗時"內閣始專"。內閣大學士開始有首輔、次輔和群輔的區別。首輔位極人臣，一切朝政都歸其調度。為爭奪首輔的權位，大學士聯冊結黨，攀引門生,互相傾軋排擠,采用各種權術打敗競爭者，形成長期的門戶之爭。如張璁因迎合世宗，在"大禮議"後成了內閣首輔，"頤指百僚，無政與抗者"。及至後來，夏言、嚴嵩、徐等也都通過類似的手段先後彼此取代。特別是嚴嵩入閣二十年，執牛耳凡十五年，一意媚上，竊權罔利，"握權久，遍引私人居要地"。
萬曆時期，出現了以地區鄉土為界限劃分出的幫派，其實這種以鄉土為界限的黨派每朝每代幾乎都有，畢竟中國人還是比較注重鄉土情結的。萬曆時期所謂的"老鄉"黨派不但多，而且勢力大。這些黨派有山東人的齊黨，湖北人的楚黨，安徽宣城人的宣黨，江蘇昆山人的昆黨，浙江人的浙黨，而以後者（浙黨）聲勢較大。浙黨首領沈一貫、方從哲先後出任過內閣首輔。除了這些，還有一個大的黨派，這一部分人在經濟上沒有什麼豪門巨富，政治上沒有什麼勢力，隻是一廂情願地為了挽救明朝的統治危機，形成的一股政治力量，被他們的反對者稱為"東林黨"。
萬曆三十三年（1605年），被明朝政府革職的吏部郎中顧憲成，與同好高攀龍、錢一本、薛敷教、史孟麟等人，在他的故鄉無錫東門東林書院講學。顧憲成認為："官輦轂，誌不在君父；官封疆，誌不在民生；居水邊林下，誌不在世道，君子無取焉。"因此他們經常"諷議朝政，裁量人物"，抨擊當權派。一時"士大夫抱道忤時者，率退處林野，聞風響附"，一部分在職官吏如李三才等也"遙相應合"。東林黨就是以此而得名。
宣黨首領湯賓尹是宣城人，昆黨首領顧天峻是昆山人，浙黨首領沈一貫、方從哲都先後出任內閣首輔，本身就是當權派的人物。這些黨派相互之間也有矛盾，但他們卻有一個共同的目標--"務以攻東林排異己為事"。
明神宗萬曆的皇後無子，王恭妃生子常洛（即光宗），鄭貴妃生子常洵（即福王），常洛為長。但神宗寵愛鄭妃，欲立常洵，乃遷延不立太子。雙方焦點就集中在這立誰為太子的事情上。內閣大學士王錫爵、沈一貫、方從哲等先後依偎萬曆身邊。而東林黨人上疏反對，各黨派又群起反對東林。
萬曆十四年朝廷對策時，顧憲成針對皇太子冊立問題直言不諱指出："皇太子國之本也，忠言嘉謨國之輔也，兩者天下公也。鄭貴妃即奉侍勤勞，以視天下猶皇上一己之私也，以一己而掩天下，亦以偏矣。"萬曆二十一年再次上疏："昔人有言：天下事非一家私事。蓋言公也。況以宗廟社稷之計，豈可付之一人之手乎。"東林黨與對立各派之爭，並不僅僅是在冊立太子的問題上，還有其他別的方麵的東西。如史書所說，"以立儲(皇太子)為主腦，三案為餘波，察典特報複之具"。於是有"國本"之爭、三王並封之爭、福王就國之爭。僅在立太子的問題上，東林黨和它的反對派就有長達二十餘年的爭論。這期間，雙方都還利用其他事件不失時機地打擊對方，其中"京察"就是一個作為打擊對方的手段。