不過，科舉考試時代，也有意想不到的事情發生。洪武三十年，朝廷又開始了一輪科舉考試，本來一切都很順利，可是，到了發榜這天，就亂了。原來這次發榜，高中之人全部都是南方舉子，北方舉子一個也沒有。恰好本次主考官也是南方人，於是，北方舉子們認為主考官有作弊嫌疑。舉子們紛紛來到吏部，要求吏部對這次科舉給個合理解釋。當時聚集在首都南京城的南北舉子們，因為這件事也是橫眉立目，打架鬥毆不斷。這件事情，很快就傳到朱元璋耳朵裏。
朱元璋找來主考官劉三吾，這是一個正直的官員。事實上，北方舉子沒有上榜，並不是劉三吾搗鬼，而是南方舉子的答卷確實比北方舉子答得好。朱元璋心裏也清楚劉三吾沒有錯，但是，為了平息這件事，就讓劉三吾在榜上寫上幾個北方舉子，可這個劉三吾卻是個死腦筋，總是認為他沒錯，北方舉子就是不如南方舉子，拒絕執行皇帝的命令。朱元璋很生氣，二話沒說，把劉三吾和其他幾個考官撤了職。另派一批人去重新審核試卷。結果，這次派去的人，也是一群死腦筋，看過卷子後，仍然認為還是南方舉子好，堅持劉三吾的觀點。朱元璋更來氣了，指責官員們這是互相包庇，一起蒙蔽自己，盛怒之下，把這些官員們革職下獄，嚴加拷問，結果事情鬧得越來越大，到後來這些官員甚至跟十多年前胡惟庸案件扯在一起，全部問斬。
後來，朱元璋親自擔任主考官，重新組織了一次考試，這次考試的結果，出人意料，與前次的結果截然相反，高中之人全部都是北方舉子，南方舉子一個也沒有。事情鬧成一鍋粥，朱元璋跟大臣們較勁，他從一個極端走向另一個極端。為了防止類似事件再次發生，朱元璋規定，從此以後，南方跟北方分卷考試，最後按照南方60％、北方40％的標準取士。
明代鄉試、會試頭場考八股文。當然，能否考中，主要取決於八股文的優劣了。八股文即用八個排偶組成的文章，分為破題、承題、起講、入手、起股、中股、後股、束股等組成部分。題目一律用《四書》、《五經》中的原文，回答時隻能依照題義闡述其中的義理，內容必須以程朱學派的注釋為準，措辭要用古人語氣，即所謂代聖賢立言。格式也很死，結構有一定規範，字數有一定限製，句法還要求必為對偶。
朱熹曾經為四書注疏，他的這些想法很適合統治者的需要，用來壓抑麻痹天下學子。明朝科舉的八股文就是要求考生的答卷必須符合朱熹的意思。在固定的思維、固定的模式下，學子們要完成決定他們命運的文章。這種方式選出的人才很多都是"書呆子"。明朝學者宋濂形容經過八股選出來的人才："與之交談，兩目瞪然視，舌木強不能對。"明末清初著名學者顧炎武憤慨地說："八股盛而《六經》微，十八房興而二十一史廢。"又說："愚以為八股之害，甚於焚書。"士人為了掙得功名，皓首窮經，揣摩聖賢的言行和時文的筆墨。到了後來，連經書也不讀了，隻"記其可以出題之篇，及此數十題之文而已"(顧炎武《日知錄·擬題》)。清代徐大椿有譏刺士人的《道情》說："讀書人，最不齊。爛時文，爛如泥。國家本為求生計，誰知道變作了欺人技。三句承題，兩句破題，擺尾搖頭，便道是聖門高弟。可知道，《三通》、《四史》是何等文章，宋皇、漢祖是哪一朝皇帝？案頭放高頭講章，店裏買新科利器。讀得來肩背高低，口角噓唏。甘蔗渣兒，嚼了又嚼，有何滋味？辜負光陰，白白昏迷一世。就教他騙得高官，也是百姓、朝廷的晦氣。"幾句話，鮮明形象地刻畫了當時讀書人的可笑與酸腐，道出了八股文對人的傷害。
每件事情都有它的兩麵性，八股文也並不是一無是處，它還是有一定用處的，比如吳敬梓在他的《儒林外史》中曾經寫道："八股文若做得好，隨你做什麼東西，要詩就詩，要賦就賦，都是一鞭一條痕，一摑一掌血。"因為八股文有固定格式，所以寫八股文的時候，隻要有內容寫，依照固定格式，直接向裏麵填詞就可以了，對於初寫文章的人來說，八股文也倒是能夠作為一個文體寫作的基礎課程來講。黎錦熙《國語運動史綱》說:"明初八股文漸盛,這卻在文壇上放一異彩,本是說理的古體散文,乃能與駢體詩賦合流,能融入詩詞的麗語,能襲來戲曲的神情,實為最高稀有的文體。"在有明三百年中，八股文名家輩出，如王鏊、錢福、唐順之、歸有光、金聲、章世純、羅萬藻、陳際泰，都是其中的佼佼者。
洪武三年（1370年）八月，新王朝的第一次科舉開始了。在全國各直隸、省舉行鄉試，洪武四年二月，在南京舉行首科會試，錄取貢士120名。連同各省的舉人，立即予以授官。這正是明太祖意欲改變過去元朝官員素質低下的情況，最終實現"中外文臣皆由科舉而進"目標的第一步。與此同時，太祖也對敢於反抗，拒絕參加科舉，不與朝廷合作的文人采取嚴厲的鎮壓。總之，太祖給士人安排了惟一的一條路：就是參加科舉，反對的一律殺無赦。一場科舉定乾坤，使士人除了為明王朝效力外別無他途。