從1842年《死魂靈》第1部問世到1852年果戈理逝世，是他的思想危機時期。
《死魂靈》第1部出版後，果戈理受到了反動勢力的攻擊。1842年果戈理再次出國。他和進步文學界疏遠了，他的貴族偏見和宗教情緒抬高，世界觀中消極的一麵占了上風。他認識到社會“處在十字路口”，認識到農奴製社會瓦解的趨勢，但卻不理解資產階級革命的意義，而把古代宗法製社會理想化。1847年他發表了《與友人通信選錄》，書中否定了過去創作中某些藝術形象的真實性，宣揚從道德、宗教方麵改善社會，使進步的知識界感到痛心和憤怒，特別是別林斯基在著名的《致果戈理的信》（1847）中，對於果戈理對人民利益的背棄進行了嚴厲的譴責和原則性批判。果戈理沒有反駁，但也沒有改正自己的錯誤。果戈理在《死魂靈》第2部中企圖描寫改惡從善的乞乞科夫和一些正麵的地主和官僚形象。由於這種思想傾向的錯誤，招致了藝術上的失敗。果戈理的思想危機是在階級鬥爭激化的年代，已覺醒的貴族擺脫不掉本階級沉重思想影響的悲劇。
著名喜劇《欽差大臣》（1836）是俄羅斯現實主義戲劇發展中的新階段。作品描繪了30~40年代農奴製俄國官僚統治的真實畫麵，《欽差大臣》是對專製、官僚製度的諷刺，對賄賂、盜竊公款、橫暴、墮落和卑鄙的揭露。果戈理說：“《欽差大臣》中，我把那時所知道的俄羅斯的全部醜態，把一切非正義的行為集中在一起，統統加以嘲笑。”高度的概括性和猛烈的諷刺、嘲笑是果戈理成熟期創作的特征。劇本前的題詞“臉醜莫怪鏡子”表明了作品的現實主義特色。
《欽差大臣》通過一個彼得堡的花花公子赫列斯達可夫被縣城的官吏們誤認為欽差而引起的喜劇性衝突，深刻揭露了官場的腐敗和罪惡。以市長為代表的縣城官吏們的行為和心理，概括了媚上欺下、殘暴愚昧、無惡不作的俄國官吏的特點，構成了一部“完備的關於俄國官僚的病理解剖學教程”。
果戈理在劇中通過刻畫其他官吏和地主形象，補充了市長和赫列斯達可夫的性格特征。這裏有自稱“自由思想者”的法官、一個濫用職權的屠夫；有專在“告密”方麵“盡責”的督學；有專為好奇而亂拆信件的郵政局長；橫行霸道的警察；散布謠言的地主……通過他們相互間的勾心鬥角，果戈理成功地描繪了官僚集團和貴族內部的矛盾，這是一幅生動多彩的官場現形圖。
果戈理用喜劇手法概括了社會典型形象。他把笑提高為諷刺和譴責社會罪惡的手段。他認為，在《欽差大臣》中沒有一個正麵人物，唯有笑是個正麵形象，“一下子把一切嘲笑個夠”，就是說，把笑當成鞭撻沙皇統治的有力武器。果戈理正是通過笑啟發人們深思。赫爾岑認為在果戈理的笑裏有著某種革命的東西，這不是沒有道理的。
《欽差大臣》演出後在當時進步文學界和反動派之間引起了一場激烈的爭論。統治階級代表和反動文人力圖貶低劇本的意義，說它是對俄羅斯社會的誹謗，是罪惡。別林斯基卻正確指出喜劇的悲劇性，肯定了果戈理在形成俄國民族戲劇中的重大貢獻和他的喜劇的人民性和民主主義思想基礎。但是，在沙皇專製壓迫下，果戈理感到害怕和苦悶，終於在1836年離開祖國，僑居巴黎、羅馬等地。果戈理在《欽差大臣》中其實並不根本否定專製製度，他想用美來教育台下的市長和赫列斯達可夫之類的人，從道德說教的角度批判沙皇專製製度，幻想他們改邪歸正，幻想有正直的欽差出現。
《欽差大臣》中的反麵人物的名字已成了通用詞彙。列寧不止一次在論戰中引用過它們。列寧把愛吹牛的孟什維克稱作“赫列斯達可夫”。
《死魂靈》（第1部，1835~1842）是果戈理創作的頂峰，是批判現實主義的偉大名著。果戈理說過，他要在《死魂靈》中把“整個俄羅斯顯示出來”，要“用不倦的雕刀，加以有力地刻畫”，使地主、官僚以及資產階級的性格“分明地，凸出地呈現在讀者眼前”，用“分明的笑和不分明的淚，來曆覽壯闊的人生”。
《死魂靈》無情地揭露了沙皇俄羅斯社會，揭露了農奴製度下貪得無度的地主和悲慘的農奴生活，揭露了沙皇官僚機構的無恥和醜惡，並反映了農奴製的日趨瓦解以及新的資本主義關係的發展。
整部小說由乞乞科夫為購買死魂靈（即死農奴的名單）而周遊俄羅斯貫穿起來。
果戈理善於用典型的細節描寫來塑造人物形象。在一係列地主形象中，最先出現的瑪尼羅夫是懶惰、虛偽、假文明、好空想、不務實際的貴族寄生蟲，地主階級中知識分子的典型。
女地主科羅皤契加的個性和瑪尼羅夫完全相反，她不用任何紗幕掩蓋自己的愚蠢無知，她沒有任何空想。這個形象的貪婪、閉塞、淺薄、狹隘，反映出小地主經濟和資本主義的聯係。