不斷犯忌的尹章義在學術上果敢立言自成學派，很快被學術界所接受。眾多的台灣縣、市、鎮來人請他撰寫地方誌。新店、泰山、彰化等台灣地方誌均由他撰寫完成。每撰寫一部地方誌，都要掌握大量的史料。尹章義所帶的研究組的研究人員常多達五十餘人。由於他治學風格嚴謹周密，同時又極講效率，使凡跟他一起從事研究的年輕人都願意長期跟他一起工作。因為他們從他身上學到了真正的本領。尤其當他們在整理的大量史料中發現能推翻偽史的材料時，那種歡欣鼓舞的氣氛猶如在盛大的慶典之中。經尹章義研究史料小組工作磨煉出來的年輕人，隻要一提曾在他那裏工作過，沒人不另眼相看。
尹章義先生的史學生涯顯然和他個人的經曆有著不能割舍的關係。生於動蕩長於硝煙，身在台灣根係大陸，耳濡目染分裂的中國現實，每日懷著無比的厭惡卻又無奈地聽憑統治者的擺布……他在這樣的生活裏不能不在曆史中尋求慰藉。越讀越感興趣，甚至在當兵時還用班固等人的史書做枕頭。他曾立誌做一位史學家。他崇拜司馬遷、班固的治史風格，並將兩人的長處及短缺之處作了深入的比較。他氣貫長虹地要集兩位大史學家的長處於一身。
勤奮的勞動總會帶來豐碩的成果。他揮灑春秋筆，在短短的幾年內，已出版了十餘本專著、近百篇學術論文或評論等。憑著初生牛犢不怕虎的氣概和極其縝密的治史風格，尹章義迅速奠定了自己在史學界的地位。
二
用生命治學研究摻雜著苦難與歡樂的吾土吾民史。沈潛傳統、重視原始史料，不把台灣史孤立研究，兼顧中國、亞洲曆史。
“治史讓我尋得安身立命之所，生命與學問相結合，精神氣度不虎虎有生氣也難。”
這是尹章義很有個性的自我坦言。
治史者，擔起曆史重負是責無旁貸的。戮穿謊言史觀是一方麵，立言立行更不可忽視。自一九八七年起，尹章義往來奔走於東京、台北之間，不求報償地為台籍日本兵向日本政府與國會爭取賠償，同時亦是爭回一份因曆史錯誤所喪失的正義。
在大聲疾呼要為“二·二八”事件平反後，尹章義又為老兵返鄉探親事大力聲援。當這一切已造成聲勢之後，尹章義便早已轉移到新的疆場。“掌上千秋史，胸中百萬兵。”尹章義安身立命的新店碧潭“萬山千水樓”內，容著全中國九百六十萬平方公裏的土地，上下五千年的空間。他實在有做不完的事兒。
正是這種胸襟使他自一九八七年起，不時將目光的焦點移到大陸來。在他看來，台灣的過去現在和將來，始終被一種“砸斷骨頭連著筋”的血脈牽扯在一起。這血脈就是大中華的曆史文化。它將細胞的基因頑固地、不可動搖地植入每個中國人的體內。從某種意義上講，狂哮台灣要獨立的那些島民，實際上是那些最清楚自己是中國人的人。從心理上講，是曆史上中央政府的無能導致的臣民的反叛。反叛在世界各國都有，不足為怪。但要鬧獨立出中國，是萬萬行不通的。尹章義就要從曆史文化裏大做文章，從根基上動搖台獨的基礎。當然，對於有著博大的曆史胸懷的史學家來說，這並不能完全覆蓋他探討整個中國文化的目的，他著眼的是中國的未來。
一九八八年大陸訪問考察之後回到台灣，他立即在台灣《中國時報》上刊出名為“沒有幻想，隻有無知”的文章。主要表達了自己在大陸的觀感，同時針對長期的兩岸隔絕以及刻意的醜化、貶低的宣傳，造成了百姓普遍的無知的現象，大聲疾呼去實地考察。緊接著，他又應YOP青年總裁同盟之邀，去演講“統獨”與大陸的投資問題。在那次演講中，他提出“企業家無祖國，資本無國界”的哪兒有錢賺就上哪兒去的理論。演講結束那一刻他提出口號：
“中國大陸是好市場，去晚了沒份兒！”
於是掌聲雷動。申寶集團總裁陳田鈺、殷琪，非常支持他的觀點，並邀請他找時間作第二次演講。這足以表明尹章義的觀點在台灣引起的重視。