賣公立醫院最早開始於1999年。這一年，遼寧海城拍賣了18所鄉鎮衛生院和3所市直醫院，浙江蕭山也出售了全部鄉鎮衛生院，山東的臨沂、四川的通江、射洪也開始拍賣衛生院。
但做得最徹底、引起最多關注和最大爭議的是江蘇宿遷市。2000年，該市開始嚐試以拍賣公立醫院為主要內容的醫院改製，後來這被稱為完全“市場化”的醫改。5年內，宿遷原來的135家公立醫院（衛生院），除保留兩家外，其餘133家均被拍賣。用當地政府的話說“醫療事業基本實現政府資本完全退出”。（相關報道《宿遷醫改，五年激變》。）
對賣公立醫院的產權改革，衛生部以及各級衛生局的態度，似乎一直不太積極。對此，有分析人士這樣評價：“即使單純從利益格局來分析，地方政府、醫院管理者、投資商，都是其中的受益方，而衛生部門利益無疑受損，很簡單，醫院都賣了，管轄範圍無疑大為縮小。”
其實，這一時期在衛生部門內部，對此事的爭議一直持續不斷且十分激烈，“政府主導”與“全麵市場化”兩派的意見相持不下。但到2004年，局麵似乎開始明朗，主張搞全麵市場化的意見占了上風。對公立醫院進行拍賣為主的產權改革，一時間呼之欲出。
其中標誌性的事件，一是時任衛生部政策法規司司長的吳明江，在全國政協舉辦的一次醫改研討會上說，在醫療體製改革中，國家要大踏步後退，政府隻舉辦部分公立醫院；另外一個是國務院法製辦公室科教文衛法製司副司長宋瑞霖，2004年7月公開披露：《醫院體製改革指導意見》正在製定，有望在幾個月內出台，這個意見的中心思想，是醫院改革要走產權改革的道路，國資將逐步退出公立醫院。
這在一直摩拳擦掌準備進入醫療領域的內外資本集團當中，引起了一陣“狂歡”，被他們解讀為“吹響了醫療體製產權改革的號角”。
當時，一位受雇於美國醫療投資集團的專家曾喜滋滋地介紹說至少有60億美元的資本在等著收購中國的醫院。中國醫療機構投融資論壇也在2004年底向媒體透露，有近百億元民營和外資即將介入中國的近百家醫院改製工作。
2005：醫改突然變奏
但準備進入醫療領域的內外資本集團的憧憬，很快就變成無法成真的美夢了。因為2005年一開始，醫改就風雲突變。實際上，風雲突變的跡象在2004年底就已經有所表露。當時剛上任不久的衛生部政策法規司司長劉新明在接受媒體采訪時即放言：“市場化不是下一輪醫改的重點。”
2005年5月初，衛生部副部長馬曉華又發表講話，嚴厲批評了當前公立醫療機構公益性淡化、過分追求經濟利益的傾向，並且著重強調：“應當堅持政府主導，引入市場機製。產權製度改革，不是醫療製度改革的主要途徑，我們決不主張民進國退。”
5月24日，衛生部下屬的《醫院報》頭版頭條刊出了劉新明的一次最新講活，其標題特別醒目：《市場化非醫改方向》。但這一開始並沒有引起社會各界的足夠重視。在許多人看來，這不過又是衛生部以往有關醫改方向爭論的延續。真正引起軒然大波的是兩個新聞。一個是《中國青年報》2005年7月28日報道，披露了國務院發展研究中心《中國醫療衛生體製改革課題組研究報告》的主要內容。這個由發展研究中心社會發展研究部副部長葛延風領銜起草的研究報告，最引人注目的是其一個結論“我國醫改基本不成功”。而此後不久，新華社又公開發表了衛生部長高強7月1日在形勢報告會上所做的《發展醫療衛生事業，為構建社會主義和諧社會做貢獻》專題報告的全文。這個報告也稱此前的醫改問題多多，不能算成功。
至此，醫改風雲突變已成定局。由此引發的激烈爭論和大討論，一直在持續升溫。不過這已經屬於另外一個話題了。
2003年的SARS疫情爆發，已經把中國公共衛生醫療體係的弊端顯露無遺。而醫改讓多數人無法受益反而受損的現狀，更當然會讓提倡以人為本建設社會主義和諧社會的高層，把目光投注到醫改問題上。這就讓人們對下一步的醫改能夠糾偏，使多數人受益，充滿了期待。
2006：新醫改廣泛問計備選方案從6套增至10套
任何一個決策方案在沒有現成完美模式的前提下，必定是一個集思廣益、廣泛問計和不斷修正的過程，尤其是關乎民生的醫改大問題，2006年9月，在新醫改的呼聲中，由發改委、衛生部牽頭的14個部委組織的“醫改協調領導小組”成立，並在同年的10月份，正式在發改委的網站上公開向全社會征集醫改的意見和建議。
“一時間，各種意見和建議源源不斷地從中國的四麵八方彙聚到北京，成為醫改方案製定者的重要參考依據，這一做法讓中國的社會民眾也有機會成為醫改政策的決策者，是一次重大變革。”國際谘詢機構麥肯錫的一位人士也多次向記者表達了他的驚訝。
醫改領導協調小組成立之後，隨即又將關乎醫改方方麵麵的九大課題公開招標，並在2006年年底確定包括麥肯錫、世界衛生組織（WHO）和世界銀行以及中國著名的學府在內的6家獨立研究機構提供各自的備選方案，“計劃內”方案說法浮出水麵。
當時的計劃是“要在2007年的4月份完成招標課題的研究論文，‘十七大’之前也即2007年的10月份將醫改方案的彙總內容上報國務院常務會議討論，形成初步的改革方案”。
與此同時，作為計劃外的方案提供者，北師大、人大和清華的學者們也在暗暗進行著自己的方案製定，並同樣引起了大規模的討論和爭議。
首先是北師大的方案在6套計劃內方案上交之前正式麵世，當時主要製定者之一的顧聽教授也開始廣泛接受媒體的采訪，表達了他們實現“全民醫保”的設想，同時也引發了關於“中國醫改要學誰”的四國模式之爭。
人大則專門成立了“中國人民大學衛生醫療體製改革與發展研究中心”，由長期從事醫療保險研究的王虎峰教授掛帥，從醫療保障製度的角度闡述醫改建言，並最終獲得醫改協調小組的認可而成為“第八套”方案。
“第九套”方案主要製定者之一的清華大學劉遠立教授也不止一次地對《第一財經日報》表示，從醫改課題招標開始，清華大學的學者就在利用和哈佛大學的合作資源，自己出資低調研製方案，擬定在“時機成熟的時候提交”。
據透露，在“清華方案”將要上交之前，中國衛生部主管官員多次約請方案的主要製定者進行當麵的交流和溝通，希望能從國際的經驗中找到合適的借鑒。
每一個方案都代表著一批學者的理想和改革精神，在醫改方案的產生過程中，從來都不乏學者的智慧，但是一直以來，在醫改中扮演關鍵角色的醫院和藥企對正在製定的新醫改方案幾乎集體失聲，而當前方案參與者也沒有一個醫院、藥企的人。關鍵角色的失聲被稱為是“怪現象”，也為外界批評。
盡管此前有內部消息表明，世界衛生組織在被邀參與醫改方案製定以後，也曾向中國的醫院和醫師協會組織的專家請教，並通過他們對中國的醫療衛生和醫院發展等具體問題進行交流。但是這些組織本身並沒有任何公開的反應。
直到2007年的9月，北京醫藥行業協會才組織了在京的10家大型醫藥企業人士參與研討，就當前醫藥行業發展所麵臨的困境問題公開向相關機構建言，希望能在新醫改方案中照顧到，並出台政策改善當前經營困境的現狀。
對這件利益攸關的大事，醫院和醫生並沒有像經濟學家、政府部門甚至普通民眾那樣，各自尋求表達的渠道與機會，反而沉默異常。直到lI月底，醫學專家、中國工程院院士秦伯益在廣東省醫學會90周年慶典上感慨“目前這麼多醫療改革方案中，沒有一部是出自於衛生係統內部”；而此時，醫改9套方案都已經經過多輪的討論和修改之後，由醫改協調領導小組上報國務院常務會議討論了。
2008：新醫改進入實踐年
2008年1月7日，北京京西賓館三樓會議室。為期兩天的全國衛生工作會議在此召開。全國各地衛生官員們專注地聆聽著，不時伏案做筆記。
此次會議，新醫改方案基本框架和相關配套政策基本成型。將進一步聽取各方意見，方案經國務院批準後，2008年將選擇部分地區開始新醫改試點工作。此次會議之後，新醫改將正式進入實施階段。
至此，從醞釀到方案初現雛形，中國醫改走過了三年多艱辛曆程。如果說2007年是各種醫改方案爭論年，2008年將是新醫改方案走向試點的關鍵一年。
從新醫改討論以來，衛生部門醫改方案的核心思路在於，政府向全體國民提供公共衛生服務和最基本醫療。但各方對“基本醫療”的界定一直存有爭議。此次會議上，衛生部首次明確了“基本醫療”的範圍和內容。
除了明確基本醫療的內容，衛生部再次強調財政補助公立醫療機構的重要性。補供方（醫院）還是補需方（醫保）是新醫改討論以來的核心爭論點。目前，新方案中已經明確供需兼補。
從現行製度看，補需方已成政策現實。去年7月，國家啟動79個城市居民醫保試點。2007年12月底，財政部社保司官員表示，未來中央和地方財政要不斷地投入到需方（擴大補助範圍、提高補助標準。2008年，將從現行的40元提高到80元）。
除補需方，有專家也強調補供方才能切斷醫院以藥養醫，真正控製醫療成本，減輕醫療費用增高。
而補供方如何補？究竟補供方能補到多大範圍？也就是說，政府財政是否投入到所有醫院？日前召開的全國人大常委會上，陳竺對人大所作的“醫改”報告中已有思路，即政府新增衛生投入重點用於公共衛生、農村衛生、城市社區衛生和城鄉居民基本醫療保障。其中，農村衛生、城市社區衛生就是“補供”的範圍。
對於之前各地出現的“惠民醫院”爭議，衛生部此次也給出了明確的回應。
業界對2006年起開辦的“惠民醫院”的討論主要集中在一點：如何保證其持續運營？因為其不以盈利為目的，對特定人群（低保、低收入，“三無”貧困人口）減免醫療服務費用，保證他們都有病可醫。
“惠民醫院”存在的細節問題還包括，如果在政府政策鼓勵下，惠民醫院的數量有所增加，政府怎樣才能保證始終有足夠的資金撥給醫院？政府補貼金額數目應怎樣確定？政府的財力能夠支撐多少家“惠民醫院”等。
衛生部就以上問題明確表態：“‘濟困醫皖’為促進公立醫院回歸公益性質探索了經驗，值得肯定。”觀察人士分析，衛生部門對“濟困醫院”的肯定，反映了其對公立醫院改革的思路：社區衛生機構政府投入，采取收支兩條線，以此切斷醫、藥利益鏈條。
如果把2007年稱作中國新醫改理念公開交鋒和決策年，2008年則是新醫改實踐年。