如果說山陰前輩劉宗周、王思任、祁彪佳是一批反清忠臣，那麼鄞縣的張煌言、餘姚的黃宗羲和王翊等人則是一代抗清義士。他們以文人、草民舉兵，敢與狂飆般的清軍兵戎相見，足以表現浙東兒女的大無畏精神，盡管未能力挽狂瀾，卻為浙東和江南民眾贏得殊榮。朱之瑜這位凡古今禮儀大典，皆能講究，致其精詳，至於宮室器用之製，農圃播殖之業，靡不通曉的餘姚名儒，其時也憤然拍案而起，投筆從戎，義無反顧地投身到抗擊侵略的武裝鬥爭中。
朱舜水（1600～1682年），名之瑜，字魯嶼，晚年號舜水，浙江餘姚人。他生於明末沒落官宦人家，少時就學於大儒朱永佑，由於天資聰穎，勤奮好學，精研六經，宗法唐朝陸贄，喜讀史，亦擅兵法，世謂文武全才第一人。清兵占領浙江後，監國魯王率領部下進占舟山群島，為了匡複明室、驅逐清庭，當時隻是一介貢生的朱之瑜，幾次奔走於日本與舟山之間，企圖效仿春秋時楚國忠臣申包胥借秦兵複楚之舉，向日本乞師複仇，途中輾轉安南、交趾（均今越南）等地，曆盡艱險。他又與在四明山依山結寨抵抗清軍的領袖王珝結為知己，共謀反清大計，聯絡義軍增援。
清順治七年（1650年），年屆51歲的朱之瑜又一次飄海去日本，卻不料他乘坐的船被清兵發現。清兵白刃合圍，逼迫他髡發投降，但他談笑自若，毫不懼怕，拒不投降，視死如歸。同舟劉文高等人被其義烈所感動，駕舟將他送回了舟山。次年，朱之瑜又東渡日本，準備從安南返回舟山時，舟山和四明山寨卻不幸均為清兵攻陷。魯王走避廈門，朱之瑜的良師益友王栩、朱永佑、吳鍾巒等人，也都先後為國殉節。其中王栩被清兵用亂箭射死，但他至死挺立胸膛，麵不改色，表現了堅貞不屈的民族氣節。噩耗傳來，朱之瑜極度悲痛，王翊殉節之日恰好是舊曆中秋節，此後他終身廢中秋賞月。
複明的希望猶如風雨中的燭光，變得愈來愈渺茫，然而朱之瑜的抗清熱情反而像一把火炬，燃燒得愈來愈熾熱和光亮。他時時以國事為念，審察時勢，密料成敗，故濡滯沿海，艱厄危險，萬死如發。在極其困難的情況下，朱之瑜亡命輾轉，乞師於日本、安南（今越南）、交趾（今越南北部）、暹羅（今泰國）等地，以圖將清庭逐出中原。在滯留安南國時，他被府吏捉去供國王作書記之役。在國王麵前，朱之瑜麵無怯色，神態自若，不卑不亢，直立不跪。國王以殺相威逼，他挺身請刑；以官相利誘，他堅辭不就。這種富貴不能淫，貧賤不能移，威武不能屈的凜然大義和堅貞誌操，使安南君臣對他極為敬重。
清順治十六年（1659年）五月，延平郡王招討大將軍鄭成功再次整軍出擊，和兵部侍郎張煌言在崇明會師北伐，溯長江而上。在鄭成功的軍隊攻克鎮江的同時，張煌言的軍隊也進駐了蕪湖，繼而占據了四府三州二十四縣，捷報頻傳，勢震東南，鋒芒直指南京。這是南明滅亡後，明朝殘餘武裝力量對清朝最大的一次軍事行動。年已花甲的朱之瑜應鄭成功的邀請，參加了這次戰役，他身先士卒，率軍殺敵，克瓜州，下鎮江，試圖與張煌言會師。
由於鄭成功目光短淺，盲目率部屯兵南京堅城之下，貽誤了戰機，導致最終行動失敗，張煌言被俘，鄭成功敗走台灣。分析局勢，衡量利弊，朱之瑜不得不麵對聲勢不可敵、失地不可複的無情事實。但誓死不剃發、不做異族奴的堅定意誌，使他做出了一個無奈而悲壯的決定：學戰國（齊）名士魯仲連義不帝秦的精神，東渡日本，留居長崎。
在流亡海外的二十三年中，朱之瑜對故國一直念念不忘，對複明至死耿耿於懷。他以單身寄孤島，抱節比田橫自勉，在其《避地日本感賦》二首中，深切地抒發了懷念故國的悲憤之情：
漢土西看白日昏，傷心胡虜據中原。衣冠誰有先朝製？東海幡然認故國。
廿年家國今何在？又報東胡設偽官。起看漢家天子氣，橫刀大海夜漫漫。
服飾衣著具有鮮明的時代和民族特征，在飄零異域的二十三年中，朱之瑜依舊身著明服，每日向南而泣血，背北而切齒。正如黃遵憲在《日本雜事詩》中所描述的那樣：
海外遺民意不歸，老來東望淚頻揮，終身和食興朝粟，更勝西山賦采薇。
在寄寓東瀛的二十三年中，朱之瑜常寄信給國內子孫，教誨他們農圃漁樵，自食其力；百工技藝，亦自不妨，惟有虜官決不為耳。他堅決要求出國來探望他的孫兒，必須是我中華炎黃子孫的堂堂形象，一到長崎，便須蓄發，如大明童子舊式；另作明朝衣服，不須華美。其（滿清國）頭帽衣裳，一件不許攜入江戶！
二十三年中朱之瑜一直企盼著中原恢複的一天，為此他的生活十分節儉，死時居然儲蓄了三千餘金，將此作為他為反清複明大業所籌措的經費。彌留之際，朱之瑜留下遺言：予不得再履漢土，一睹恢複事業。予死矣，奔赴海外數十年，未求得一師與滿虜戰，亦無顏報明社稷。自今以往，區區對皇漢之心，絕於瞑目。見予葬地者，呼曰故明人朱之瑜墓暞，則幸甚。他的弟子德川光國滿足了他的願望，親筆為之題寫墓碑明徵君子朱子墓。
梁啟超在朱公年譜的附錄中說：我做朱舜水年譜在他死後還記了若幹條，那是萬不可少的。他是明朝的遺臣，一心想驅逐清庭，後半世寄住日本，死在日本。他曾說過：漢土不光複，他的靈柩不願回到中國。他自己做了耐久不壞的靈柩，預備將來可以搬回中國。果然那靈柩的生命，比清庭還長，至今尚在日本。假使我們要去搬回來，也算償了他的誌願哩。我因為這一點，所以在年譜後記了太平天國的起滅及辛亥革命、清室遜位，直到了清朝覆亡，朱舜水的誌願才算償了。假如這年譜在清朝做，是做不完的，假如此類年譜沒有譜後，是不能成佳作的。在年譜的文末，梁啟超以一句點睛之筆告慰先賢：先生卒後之二百二十九年，辛亥，清宣統三年，清室遜位。
三
17世紀初明清嬗代之際，在大江南北相繼站起一群思想家、哲學家。其中有五位均參加過明末的抗清鬥爭、失敗後又都致力於學術的著名學者，並稱為清初五大師，他們分別是經學家、史學家、思想家、地理學家、天文曆算學家、教育家黃宗羲（1610～1695年），畫家、哲學家、科學家方以智（1611～1671年），思想家、史學家、語言學家顧炎武（1613～1682年），思想家、哲學家王夫之（1619～1692年）以及朱之瑜。他們不僅有中國思想啟蒙之父之譽，而且均以崇高的民族氣節受到後人尊奉。
五位大師在學術思想上的共同特點是，他們對貌似繁榮昌盛的明王朝在頃刻間土崩瓦解這一曆史事實，進行了深刻的追思、反省，試圖以儒學的憂患意識和變革現實的主張，喚醒民眾，解救社會。在他們的倡導下，實學思潮應運而生，因勢而進。正如梁啟超所言：他們不是為學問而做學問，是為政治而做學問。他們許多人都是把半生涯送在悲慘困苦的政治活動中，所做學問，原想用來做新政治建設的準備；到政治完全絕望，不得已才做學者生活。
在五位儒學大師中，除了朱之瑜外，其餘四人都是著作甚豐、名重當時，那麼朱之瑜呢？由於朱之瑜重事功而輕文學，又遭國破家難、顛沛之累，在自己的國土上並沒有留下鴻篇巨製，隻有十五首詩收錄在《姚江詩存》中，幾無影響。他屈於明室，而伸於本邦，為東鄰日本人點撥了儒家思想及學問，並且在那裏留下了《朱舜水先生文集》（德川光國父子刊正）、《安南供役紀事》、《陽久述略》、《釋奠儀注》等著作。康有為曾作詩讚頌朱之瑜：明末朱舜水先生避地日本德川儒學之盛自此傳焉。今二百五十年，德川公國順舉改碑祭，名侯士夫集而行禮者四百餘人。吾在須磨，不能預盛典。附以五詩以寄思仰。其中兩詩曰：
學學東流二百年，派支盛大溯河先。生王難比死士瓏，日本千秋思大賢。
孔子已無丁祭拜，學風掃地喪斯文。我遊印度佛教絕，一線儒傳或賴君。
作為一個流亡他國的晚明遺民，朱之瑜並未因改朝換代和背井離鄉而中斷對明朝覆滅曆史教訓的分析總結。他抱著仆之視貴國同為一體，未嚐有少異於中國也的精神，在日本收徒講學，傳播中國文化，自覺地承擔起以學術更新文明的使命。他一麵滿腔熱忱地教學傳道，以研修和傳授儒學為最大樂趣；一麵矢誌不移地反清複明，以光圖基業、堅守民族氣節為畢生己任。
朱之瑜強調實學，重視史學，講學東瀛，譽滿扶桑。在哲學上，他反對唯心史觀的理學，提倡知行合一；反對專在理學窮研，強調知識應從日常生活實踐中求得。在史學研究上，他主張經簡而史明，經深而史實，經遠而史近，得之史而求之經，亦下學而上達也。他通過講學將中國的治學之方、簡牘之式、科試之製、用字之法，大力傳播於日本。同時朱舜水也將中國當時先進的農業、醫藥、工程建築、手工工藝傳授給日本民眾，並親自加以指導。朱之瑜還根據西湖和廬山的風景特色，替德川光國設計了為其祝壽的園林——後樂園；並以他設計的《學宮圖說》，建造了東京的聖堂。
他的學術思想和教學實踐，衝擊了當時日本上層人士崇尚儒法、空談佛理的僧侶主義傾向；他的崇高品格和淵博學識，給日本社會帶來了深遠影響。聽過朱之瑜講學的人都說：前皆做昏夢，今日始知耳。
後來的日本學者評價說：天佑以還，儒學以經世治民為要道，不務空理虛論，皆舜水所賜也……不惟後來明治維新受此良好之影響，即於朱氏學說本身發揚而光大之，其功亦偉矣！梁啟超在評論朱之瑜時也說：中國儒學化為日本道德基礎，也可以說由舜水造其端。舜水人格極為高尚嚴峻，所以日本知識階層受其感化最深。
在日本思想史上，活躍著朱子學、古學、水戶學三大學派，而它們都與朱之瑜的思想有著密切的關係。朱子學的兩大派係之一主氣派著重繼承和發展了朱之瑜的經世致用思想，主博學、尊知識、倡實行、蓄經驗，構成了別具一格的日本朱子學。古學沿著朱之瑜批評宋明理學的道路，發展為具有無神論思想的樸素唯物主義學派，為實證科學在近代日本社會的傳播奠定了基礎。水戶學發揚了朱之瑜重史、尚史、尊史的史學思想，結合日本國情，演繹為忠君愛國、倒幕維新的社會思維，成為明治維新原動力之一。這三大學派各以其獨特的思想，形成了一種注重實證、講究經世致用、倡導改革致強的思想潮流，推動日本社會向前發展。