日本朱子學派的一個重要派別就是省庵學，該學派扭轉了日本朱子學嚴重的脫離實際、偏於玄想的僧侶主義傾向，推出了偏重於經濟論（經國濟民的理論）的新思想，其影響之久遠，波及明治維新。促成日本朱子學發生轉變的動力是省庵學，而省庵學的創始和發展人正是朱之瑜的知己、高足弟子安東省庵。朱之瑜通過施教的自由學風，使安東省庵跨越了傳統、褊狹的朱子學門檻，鑄成了博采眾家之長的省庵學。省庵學融合了朱之瑜的經世致用思想，形成了注重實際的特點。安東省庵也因其嶄新的省庵學而成為關西巨儒。
朱子學派的另一個重要派別是以木下貞幹及其弟子新井白石為代表的木下學，他們兩人直接或間接地受到朱舜水思想的熏陶和影響。木下貞幹是朱之瑜的摯友，他在朱之瑜的經邦弘化、治國理民思想感召下，倡導為學當有實功、有實用的學風，為日本社會培育了一批經世致用之材。在木門英才中，有籌劃國計民生的政治家、有善於應付外邦的外交家、有熱心興學辦教的學者和教育家，而其中的新井白石更是一位在日本曆史上了不起的經世家。朱之瑜的舜水學對新井白石的學術思想有重大影響，而新井白石又是朱之瑜經世致用思想在日本的實踐者。
盡管新井白石不是朱之瑜的親傳弟子，但由於木下貞幹的熏陶和再傳，使他不僅對朱之瑜的人品精神充分了解並肅然起敬，而且自覺地擔起了繼承、闡發和傳播舜水學的責任。新井白石的哲學著作《鬼神論》，對於神、靈魂、宗教等敏感問題提出了最開明的見解，闡發了他的排佛觀點，在當時佛教充斥的日本乃是石破天驚的一聲吼叫，擴大了朱之瑜排佛興儒的影響。新井白石通過同傳教士西多蒂的問答寫成的《西洋紀聞》一書，是日本禁教後第一部研究西方的著作，對西方先進的自然科學和技術的重視及提倡，也是他稟承朱之瑜經世濟民、重視實用技術思想的表現。新井白石承襲了朱之瑜古為今用的史學思想，開創了日本史學研究的新階段。
作為封建政治家的德川光國，從朱之瑜那裏吸取了經世濟民、移風易俗、興辦教育、培育人才和以善政治國理民的經世思想，成為日本水戶學的創建者。朱之瑜的無神論思想也影響了德川光國，使他成為日本曆史上有名的敢於斥釋反神、開明通達的封建統治者。他還從朱之瑜那裏吸取了儒家忠君愛國、大義名分的思想和重史、尊史、尚史的史學觀念，水戶學派也以其研究史學的特點而著稱於世。
在朱之瑜的史學思想感染下，德川光國以其遠見卓識，決定設立彰考館，並薈萃天下英才於一堂，合力編纂《大日本史》。他聘朱之瑜為顧問，朱之瑜的嫡傳高徒、尤擅史學的安積覺為總編輯。安積覺繼承了朱之瑜大義名分、忠君愛國的倫理思想和借古鑒今以振綱紀的史學思想，並以此作為《大日本史》的指導精神。《大日本史》完成了將忠君愛國精神灌輸到日本國民中間的任務，後來成為尊王攘夷、尊皇倒藩的明治維新運動的思想基礎。從編纂《大日本史》起的二百三十餘年，水戶學者皆受光國精神的感化，完成了修史事業，開日本史學界新紀元，更造就了水戶學一大學派。
無論是前期水戶學還是後期水戶學，其一脈相承的尊王攘夷思想對日本近代社會發展產生了重要影響。德川末期發生的關係到日本社會命運的尊王倒幕運動，皆應歸功於提倡漢學。而竭力弘揚漢學的便是朱之瑜，他親自撰寫的《湊川碑文》曾被參加明治維新的誌士們廣泛傳誦。黃遵憲曾就此事在《日本雜事詩》中寫道：
叩閽哀告九天神，幾個孤忠草莽臣。斷盡臣頭臣筆在，尊王終賴讀書人。
朱之瑜在日本講學二十餘年，栽培了眾多有識之士，對日本的教育發展和思想進步做出了重大貢獻。在流寓日本期間，除水戶學派和省庵學派外，朱之瑜還與當時日本不同流派的許多知名學者有直接或間接的交往，他的學行風範對這些學派也有不少影響。如江戶時代著名經學家、古學派的山鹿素行，發揚了朱之瑜批評宋儒理學的精神；江戶時代著名哲學家、仁齋學（崛川學派或古義學派）的伊藤仁齋對佛教和鬼神的批判，也是朱之瑜學脈的傳承。
四
在古代中國，能活到耄耋之年的長壽老人少之又少，而如此長壽的名人名士更是鳳毛麟角。但如果用放大鏡在長壽名士的名單中尋找，你會驚訝地發現兩位長壽名士，他們不僅都以學問淵博、思想深邃、著作豐碩而同被稱譽為清初儒學大師，而且又都以具有堅貞不渝的民族氣節、矢誌不渝的愛國情懷為後人崇仰。無獨有偶的是，兩位大師還是同代（明末清初）同鄉（浙江餘姚）並同為反清誌士的摯友。此二人就是名揚日中兩國的朱之瑜和黃宗羲。朱之瑜以83年的艱辛歲月，書寫了一部奔波抗清、流亡教學的沉重而又光輝的身世；活到86歲高齡的黃宗羲，則由黨人、遊俠而轉變並成就為中國思想啟蒙第一人。
還有一位也稱得上與朱之瑜同鄉的先輩、籍貫山陰的南宋愛國詩人陸遊（在南宋、明、清三代，餘姚、山陰均屬紹興府），在86歲時痛懷死去原知萬事空，但悲不見九州同的心情，走到了人生的盡頭。與朱之瑜的反清複明一樣，他一生為抗金、恢複而四處奔波、大聲疾呼、身體力行、親臨前線；最終也與朱之瑜一樣，為未能親眼目睹中原的恢複和祖國的統一而感到莫大的悲痛和難以瞑目的遺恨。
在陸遊衰年之際，宋寧宗開禧二年（1206年），南宋朝廷下令伐金。但由於投降勢力的破壞，加之主帥韓侂胄用人失察，北伐遭挫。開禧三年（1207年）十一月，以史彌遠為首的賣國集團發動政變，殺了韓侂胄，用匣盛了他的頭，遺使攜往金國議和，訂立了喪權辱國的《開禧和議》，北伐宣告徹底失敗。陸遊聞訊後悲痛萬分，寫了一首《春晚即事》詩，傾吐一腔憂國憂民的情懷。這一年陸遊83歲，也恰好是朱之瑜臨終的年齡，他的詩道出了朱之瑜的心聲，仿佛就是為朱之瑜留下的。詩曰：
漁村樵市過殘春，八十三年老病身。殘虜遊魂苗渴雨，杜門憂國複憂民。
耄耋儒生，憂國憂民；區區布衣，耿耿此心。朱之瑜與陸遊一樣，也為家鄉人民所敬重和仰慕，餘姚人民在家鄉先後為他和其他三位桑梓先賢嚴子陵、王陽明、黃宗羲建立了先賢故裏碑亭，嚴子陵碑和王陽明碑建於清乾隆十九年（1755年），朱之瑜碑和黃黎洲碑建於清末。碑亭坐北朝南橫向排列著四塊紀念碑。這四座仿石質碑，原置於老西門外姚江邊，俗稱接官亭處，後幾經遷徙至此。1967年遭破壞，1982年按原貌重建。
四塊碑均有亭額，明徵士朱舜水故裏碑的亭額是勝國賓師，讚頌朱之瑜以明朝遺民受到異邦君臣尊重的德行。楹聯是東海蹈曾甘，家耄遜荒，千載斯文歸後死；南天擎獨苦，臣心如水，一江終古屬先生。其描述了朱之瑜毅然東渡日本，甘願流落異邦，卻貧賤守誌，同孔子一樣肩負著保存華夏文化的重任；讚揚他如南明的擎天柱石，維護氣節的心跡像水一樣明澈可鑒，崇高的品格也如江河行地、萬古長存。
1995年，原姚江朱氏老三房宗祠被辟為朱之瑜紀念堂。這是一座清末建築，坐落在餘姚龍泉山南麓的龍山弄內，自南至北順山勢建造，沿縱軸線依次為門廳、正廳、後廳。在紀念堂展示著較多與朱之瑜相關的文獻資料，其中別具特色的是他在日本的圖錄、照片等遺跡，日本友人回贈的有關朱之瑜的圖像、墨跡、書籍等文物，反映了其光輝的一生中的閃光點。
1982年，日本朱舜水先生紀念會、日中文化交流協會為紀念朱舜水逝世三百周年，在餘姚龍泉山建造朱舜水先生紀念碑。是年五月二十日，以日本參議員戶葉武為團長的代表團一行專程來餘姚，參加紀念碑的揭幕式。碑正麵是著名書法家沙孟海行書朱舜水先生紀念碑，碑背麵刻著紀念中日文化交流之先驅朱舜水先生逝世三百周年，落款是日本朱舜水先生紀念會，日本—中國文化交流協會。碑後種有兩棵中國蒼鬆，碑前為日本友人帶來的兩棵柏樹，象征朱公浩氣如蒼鬆翠柏一樣萬古長青。
兩千多年前，偉大的史學家司馬遷在其巨著《史記·孔子世家》中，引用《詩經·小雅》之句讚美孔子：《詩》有之：高山仰止，景行行止。雖不能至，然心向往之。古人有高德者則慕仰之，有明行者則而行之。雖然不能達到這種程度，可是心裏卻一直向往著——這是司馬遷對孔子的頌揚和膜拜，但又何嚐不是日本學者和人民對他們心中的孔夫子——朱之瑜的頌揚膜拜！
三十多年前，在1980年2月12日的《人民日報》上，發表了現代詩人臧克家的一篇文章，標題為說和做——記聞一多先生言行片段（後改為《聞一多先生的說和做》）。文章讚揚現代著名學者、詩人、民主革命戰士聞一多的治學精神：仰之彌高，越高，攀得越起勁；鑽之彌堅，越堅，鑽得越鍥而不舍。其實這何嚐不是大儒朱之瑜的求學和育人態度！
龍山雲氣降豪英，時世屯難義誌亨。皇運何當開寶曆？虜塵不敢汙冠纓。魯連憤恥蹈東海，枋得精忠事北行。異境術空人亦去，汗青長照寸丹誠。
這是一位日本學者獻給朱之瑜的一首詩，一首讚譽這位桃李滿東瀛的日本孔夫子之詩，一首感恩鋪架中日兩國人民友誼橋梁的先賢之詩。