南京失陷後，群雄乘機紛起，各路山大王為了拉大旗作虎皮，不遺餘力地鑽到朱家垃圾箱撿破爛，尋覓收羅殘留的皇族胄裔。於是杭州的潞王朱常淓（1645年）、應天的威宗太子王之明（1645年）、撫州的益王朱慈炲（1645年）、福州的唐王朱聿鍵（1645～1646年）、紹興的魯王朱以海（1645～1653年）、桂林的靖江王朱亨嘉（1645年）等的南明政權的微縮版相繼出籠，其中以魯、唐二王政權稍具實力。稍後在廣州和肇慶又冒出唐王朱聿（1646年）和桂王朱由榔（1646～1662年）兩個南明政權。至於其他龍遊、揭陽、夔州、南澳的極微型政權，更是不值一提了。
在明末清初那一幕幕令人眼花繚亂的滑稽戲中，卻穿插著一段段永載青史的悲壯事件，湧現出一個個流芳百世的民族英雄。弘光元年（1645年），當清兵連破揚州、嘉定、杭州等城，寧波已成浙東孤城時，當地的貢生董誌寧等六狂生拍案而起，召集數千百姓於府城隍廟起兵抵抗。抱病趕來的明舊大臣錢肅樂被公推為義軍領袖，舉人張煌言也參加了這次誓師抗清集會。之後他受錢肅樂之托，奉表到天台請明宗室魯王朱以海到紹興行監國事，並被任為翰林院編修、兵科給事中。
次年五月，清軍渡過錢塘江，魯王在石浦守將張名振護衛下自台州出海逃往舟山，張煌言趕回鄞縣故裏，與老父、繼母、妻子、兒女訣別，追隨魯王而去。殊不知福州唐王與紹興魯王一山二虎，彼此各不相讓、摩擦不斷，使魯王無法登陸舟山，遂流亡福建。張煌言與張名振重返浙東與舟山地區，招募義軍，在四明山的平岡結寨而守，與大嵐山寨的義軍首領王翊聯合抗清，破上虞，克新昌，拔滸山，威震四明山方圓八百裏。
魯王在張名振擁戴下於1649年駐蹕舟山，張煌言被授兵部左侍郎。時隔兩年，清軍兵分三路攻舟山，張煌言和張名振力圖圍魏救趙，奉魯王命率軍北上攻吳淞。然而舟山卻遭到清兵的重兵圍攻而失陷，張煌言、張名振隻得率部泛海至廈門依附鄭成功。新的機會促成了張煌言同抗清名將鄭成功的聯合抗戰，1652～1655年，張煌言與張名振、鄭成功的武裝力量合兵三入長江，曾二抵燕子礬，但均因兵力單弱，無功而返。
1658年，永曆帝封鄭成功為延平郡王、招討大將軍，張煌言為東閣大學士兼兵部尚書。當年乘清軍進犯雲貴之際，以福建為據點的鄭成功謀劃向內地大舉深入，他率領十萬水師，攻占樂清，進取溫州，張煌言率軍與之會師。但在進入長江前，颶風將鄭成功戰船毀壞，使作戰計劃受挫，大軍被迫撤回廈門。次年，鄭成功再次整軍出擊，張煌言與他在崇明會師，聯軍北伐，溯長江而上。在鄭成功的軍隊攻克鎮江的同時，張煌言的軍隊也進駐蕪湖，繼而占據了四府三州二十四縣。捷報頻傳，震動東南，湘、贛、魯、豫等省誌士紛紛前來聯係，準備響應。接連的勝仗，使抗清形勢一度出現曙光，氣息奄奄的南明朝廷似乎有了一點生氣和活力，但這究竟是起死回生的跡象還是回光返照的表現？
無情的事實粉碎了天真的幻想，勝利隻不過是失敗和滅亡的煙幕彈。在眾寡懸殊的情況下，鄭、張二人各自孤軍深入，兵力分散。而這時清軍又施緩兵之計，諸府州縣要求商談求和，使鄭成功一時忘乎所以，麻痹輕敵。張煌言對此深感不安，寫信給鄭成功，希望他迅速攻打其他郡縣並命令陸軍急攻南京。然而鄭成功卻耽於酒宴，坐失良機，乃至清軍援兵溯江殺來，措手不及。在突遭失利後，為了保存自己一方實力，他竟置張煌言軍於不顧，撤鎮江、瓜洲及駐守長江流域的軍隊，徑自率兵回廈門去了。
鄭成功軍隊一撤，張煌言頓時陷入四麵楚歌的境地，獨木難支。他曾西進與李自成殘部荊襄十三家義軍聯係，希望重整旗鼓，舉兵再戰，但沒有成功。計劃失敗後又遭清軍夾擊，全軍覆沒，他不得不偕同僮仆楊冠玉化裝潛行兩千餘裏，在沿途人民保護下才得以返回浙東。勢單力薄、孤掌難鳴的張煌言在浙東家鄉仍滿懷信心，不懈努力，不久重新樹起反清大旗，於1660年率部複在台州臨門島駐紮。當他與抗清誌士聚會時，感到十分欣喜，發出無聲的感歎並寫下了《賦得相逢俱是歲寒人》一詩：
相逢俱是歲寒人，遲暮偏驚搖落辰。鴻雁接天關塞影，漁樵滿地雪霜身。論交四海慚兄弟，抗節千秋泣鬼神。此日炎趨應不少，道旁裘馬正紛綸。
無奈大勢已去，時不再來，重新創造一個抗清的暖春氣候談何容易。張煌言雖然竭盡全力，卻已無力回天了，不得已他讓將士分散隱蔽，自己則匿居浙東距南田島六十裏的懸嶴島，希冀潛伏待起。生活在荒島海灘上，仰望海鷗翔海，俯瞰牡蠣鋪灘，生活已經艱難，而前景又很渺茫。黃宗羲後來在《兵部左侍郎蒼水張公（煌言）墓誌銘》中，憶及其摯友的崢嶸歲月時，不禁發出一聲感歎：念昔周旋鯨背蠣灘之上，共此艱難。
三
張煌言最終未能遂願，叛徒徐元將他告密，使其不幸在住所被捕。清廷對張煌言的才能聞名已久，更深知他在明末遺民中的威望之高和影響之深，因此令浙江提督竭力勸降。不管是搖唇鼓舌的說服，還是甜言蜜語的勸誘，對於張煌言來說，都是一派胡言、一通廢話。他嚴正宣告：父死不能葬，國亡不能救，死有餘罪。今日之事，速死而已。隨著張煌言的被捕，燃燒了二十餘年的浙東抗清火炬，終於油盡火滅。
浙東民眾，從寧波到杭州，在聞訊張煌言遭捕後，十分關切他的生命安危，四處探聽他的押送行蹤。在張煌言由寧波押往杭州那天，當地鄉親千餘人聚集江邊，擺上香案跪地，默默地為他送行，莫不淚眼盈眶、悲憤填膺。張煌言穿著寬衣博袖的明朝衣冠，走下囚轎，穩步走到江邊，撩袍下跪，撮土為香，朝鎮海方向拜了四拜，祝禱道：大明兵部尚書孤臣張煌言辭別故裏。說罷站起身來，以深情的目光環顧父老，向送行的百姓行跪拜禮：煌言向父老鄉親們告辭了！叩頭拜了四拜，然後義無反顧地從容登船。
囚船緩緩離岸前行，耳聞身後人們的一片哭聲，張煌言十分感動，在船上揮筆寫下了《甲辰八月辭故裏》一詩：
義幟縱橫二十年，豈知閏位在於闐。桐江空懸嚴光釣，震澤難回範蠡船。生比鴻毛猶負國，死留碧血欲支天。忠貞自是孤臣事，敢望千秋春史傳。
船過錢塘江西岸頭蓬鎮時，一個和尚投詩於船，詩雲：馳騁東南征戰多，海隅孤臣陷網羅。此行莫作黃冠想，靜聽文山正氣歌。張煌言看後，含笑而許。入夜，星稀月明，萬籟俱寂，他思情如潮，回顧自己舉兵二十年的戎馬生涯，勝敗起落，雖未完成複國大業，但也無愧於君國了。這時看守他的差役史丙以低沉的聲調唱起了《蘇武牧羊》古曲，張煌言心領神會，披衣而起說：你也是有心人啊！然而我誌已定，你不必擔心。說罷，扣舷琅琅和之。麵對素不相識的人們對他忠君愛國的激勵，張煌言感慨係之，在船上寫下名詩《甲辰八月辭故裏》（其二《入武林》）。
押送到杭州後，張煌言自然引起了各方關注。一方麵清廷還企圖做最後的努力，勸降張煌言；浙江提督趙廷臣親自出馬，以名利權位相誘，隻要點一下頭，即許以兵部尚書原職。另一方麵杭州百姓聞訊後，紛紛前來探監，以各種方式表達對張煌言的無比敬仰之情。對清廷的勸降，張煌言當然嗤之以鼻，在獄壁上題下了一首浩氣長存的《放歌》：