康熙二十年（1681年），朱彝尊被授日講起居注官，這是隨侍皇帝左右、記錄皇帝言行的官職。後來又入職文人們無不眼饞的南書房，以其淵博學識而深得康熙皇帝的寵愛，多次被賜參加太和門、保和殿、乾清宮的宴會，而且還特許他在紫禁城內騎馬。朱彝尊於康熙二十三年（1684年）開始編輯《瀛州道古錄》，借編輯之機，他帶著一個善於楷書的學生為他抄書，遇到四方進經史館之書，隨時抄錄，被學士牛鈕彈劾，時人把這事叫做美貶。謫官後，他仍留居京師，潦倒困頓至極。康熙二十九年（1690年），朱彝尊一度官複原職，然而兩年後再度罷官，終於退出了榮辱備兼的仕途，致仕歸裏。
64歲辭職歸家後，朱彝尊就專事著述。家無恒產，隻有藏書三十櫝共八萬卷，自感已經老了，不能遍讀了，他作書櫝銘：奪儂七品官，寫我萬卷書。或默或語，孰智孰愚？康熙四十八年（1709年）七月，81歲的朱彝尊開刻《曝書亭集》，他每日刪補校刊，忘其疲勞，希望在有生之年看到自己的文集問世。同年十月的一天，朱彝尊對次孫稻孫說：吾集不知何時可刻完？年老之人，不能久待，奈何！十三日晚間，又問起刻書之事，但到這天子夜時，他就撒手人寰，無疾而逝了。
在朱彝尊死後五年的康熙五十三年（1714年），《曝書亭集》刊刻竣工，詩人查慎行為之作序。雍正三年（1725年），朱彝尊在去世十七年後，被葬於嘉興百花莊其曾祖朱國祚墓南五裏。康熙皇帝的老師、《康熙字典》總修官陳廷敬為之作墓誌銘。查慎行送葬並作詩雲：
平生載酒論文地，今日偕為執紼行。萬卷書留良史宅，百花莊近相公塋。銘傳有道矢無愧，淚落天傭表未成。十七年來餘痛在，待看宿草慰哀情。
身為詩人、詞人、學者的朱彝尊，最大的成就當數他的詞，在清詞中影響較大。他和陳維崧並稱朱陳，執掌詞壇牛耳，開創清詞新格局。他從順治十三年（1656年）居曹溶廣東布政使司幕下開始填詞到康熙二年為初期，著《眉匠集》；從康熙三年到康熙十七年為中期，著《靜誌居琴趣》、《江湖載酒集》、《蕃錦集》，其中《江湖載酒集》最佳。康熙十八年起至康熙三十一年歸裏為後期，《茶煙閣體物集》中作品基本上是後期之作。朱彝尊主張詞要醇雅，不要多硬語、新腔（《水村琴趣序》），並奉薑夔、張炎為詞壇正宗。同時反對模擬，鼓吹性情，在詞境上追求一種清虛空靈的藝術情趣。他的前期詞作強調表意述誌的主體抒情性；但後期的詞學觀趨向保守，內容多為宴嬉逸樂以歌詠太平。
朱彝尊著作甚豐，計有《曝書亭集》80卷、《日下舊聞》42卷、《經義考》300卷；選輯《明詩綜》100卷、《詞綜》36卷（汪森增補）。他經過八年努力，於1678年輯成《詞綜》，選取唐、五代、宋、金、元詞660位名家的詞2250多首，以作者時代先後為序，附有作者小傳和一些宋、元人的評語，其中存錄了不少優秀作品，至今還不失為中國詞學方麵的一部重要選本。朱彝尊還有醫著《食憲鴻秘》3卷，是食物本草之類，現有刊本行世。
四
康熙二十年（1681年），朱彝尊任江南鄉試副考官時，聽說江蘇常熟縣人、著名藏書家錢曾（錢謙益的族孫）剛剛寫完《讀書敏求記》，其中著錄有不少錢家深藏的孤本秘籍，許多學者、藏書家都想一睹為快，他不禁為之心動。但錢曾在家把書鎖在書篋中，出則隨身攜帶，秘不示人，朱彝尊知道心急吃不了熱豆腐，隻好耐心地等待機會。
一天晚上，江南布政使龔某遍召當地名士到南京秦淮河遊賞，錢曾也應邀出席。席間，朱彝尊偷偷地以黃金翠裘賄賂錢曾的書童，讓他取出《讀書敏求記》，然後叫待命於密室的十多個抄書生連夜抄寫該書，再把原書偷偷放回錢曾的書篋。事後朱彝尊將此事告訴錢曾，錢曾十分生氣，鑒於《讀書敏求記》尚未刻錄，他要求朱彝尊保證不將此書外傳，朱彝尊答應了。
時人聽說此事後，莫不認為朱彝尊愛書之情深切，於是把這事謔稱為雅賺。朱彝尊的雅賺，既未將原作竊為己有，也未損壞書本分毫，事後又明示作者、遵守約定，可謂事雖不雅，但賺亦有道。相形之下，那位大唐明君李世民采用雞鳴狗盜的伎倆，奪人所好，騙取《蘭亭集序》真本，致使王氏後人辨才痛心疾首、驚悸而亡，可謂惡劣。騙而不知錯，偷而不知羞，盜而不知恥，殺人而不知罪，即使在封建時代也是不可原諒的。然而沒想到餘毒未盡，謬種流傳，目睹當今社會乃至文壇、學界，悠悠萬事中的奇聞，芸芸眾生中的百態，總不免與騙、盜、欺、殺牽連。潘多拉魔盒一經打開，魔鬼的幽靈就再也收不回了，唐太宗誠然並非打開魔盒的第一人，但他就不應該對此負責嗎？
朱彝尊好書成癖，酷愛藏書，在清初浙西藏書樓中，他的曝書亭和潛采堂最為有名。朱彝尊的藏書生涯始於清順治十五年（1658年），那時他自嶺南歸裏，訪豫章書肆時購得五箱圖書。但恰逢清政府大興文字獄，家人唯恐受到株連，遂將其藏書中涉及明史者盡行焚棄。挫折並未挫敗朱彝尊收書之心，他依然遊訪故地名跡，為尋訪兩座並稱於世的明朝藏書樓天籟閣與萬卷樓而到秀水（今浙江嘉興）。兩座藏書樓分別為項元汴、項篤壽兄弟所有，當朱彝尊見到項氏天籟閣時，但見樓傾書散，空留門上詞客題詞，感慨係之，他寫詩歎曰：
墨林遺宅道南存，詞客留題尚在門。天籟閣書今已盡，紫匣白莧種諸孫。
後來偶遇項氏，聞有萬卷樓舊藏殘軼，就不惜重金購得。他又借抄範氏天一閣、黃氏千頃堂秘本，以及通過美貶、雅賺等手段獲得眾多藏書，到他去官歸田時已擁有圖書三萬餘卷。歸田後，他又陸續獲書四萬餘卷。
康熙三十六年（1697年），朱彝尊到平湖探望病重的老友李彥貞，李將自己的著作《放鷳亭集》和二千五百餘卷藏書一並托付給他。朱彝尊70歲時前後獲書總計八萬卷，修建曝書亭貯藏，書亭的匾額為其同年的著名學者嚴繩孫所書。朱彝尊大部分藏書是傳抄的，自是非常珍惜，所有藏書鈐印於卷首，一麵刻朱公戴笠小像，一麵鐫白文十二字曰：購此書，頗不易，願子孫，勿輕棄。記下了朱氏收藏圖書曆盡的辛勞、艱難，表明了他希望子孫後代能珍愛圖書的拳拳之心。
朱彝尊故世後，其藏書較完好地保存了數十年，乾隆年間修《四庫全書》時，朱氏後人曾獻珍本六十八種供采錄。然而再稍後，至清嘉慶、道光名臣阮元到浙尋訪曝書亭時，已是一片桑田，片瓦全無，此時距朱彝尊謝世不過百年。滄海桑田、世事多變，項元汴藏書樓的榮衰故事又為朱彝尊的曝書亭所重演。好在阮元是一代文宗，也是性情中人，感到曝書亭在康熙年間曾名重一時，就此傾圮未免可惜，乃在原址上加以重建。現存的曝書亭，就是在阮元重建的基礎上重修的。
對朱彝尊來說，與曝書亭同樣有紀念意義的是北京一座不起眼的院落。這座位於宣武區海柏胡同16號的院子，是他被彈劾降職後，從黃瓦門遷來並居住的寓所。因院裏有兩株紫藤，朱彝尊就把此地取名古藤書屋。在六年的謫居生活中，朱彝尊並沒有消沉擱筆，而是用兩年時間撰寫刊印了曆史上第一部，也是當時最大的一部研究北京地方史誌的專著——《日下舊聞》，為北京留下了一部珍貴的地方文獻。
久住京都，朱彝尊目睹了北京宮殿的輝煌，井邑的多彩，真乃《詩經》中所說四方之極。同時北京曆史悠久，為遼、金、元、明首都，留下了大量的文物古跡，但卻缺乏專門記錄北京曆史的典籍，著實令他遺憾。於是朱彝尊從康熙二十五年（1686年）起，開始了《日下舊聞》的創作。何謂日下？此詞取自唐朝文學家王勃名篇《滕王閣序》中望長安於日下一句，後人因而把日下比作長安，從而有日下比作京都的說法。朱彝尊沿襲了曆史上的習慣，把他編輯成的這部京城史料書命名為《日下舊聞》。
為了完成這本著作，朱彝尊不辭辛勞，白天到郊野椎拓殘碣古碑，訪問山僧野老；晚上在燈下對照古籍，馳騁古今，必定要使訪問的和書上寫的加以對照，直到沒有遺憾才愜意。由於北京宮室、城池的位置幾經變化，且故老淪之，遺書散失，曆年愈久，陳跡愈不可得尋，所以他注意搜集北京曆史資料，從1600多種古籍中選錄曆代有關北京的記載和資料，以類相從，加以排比，輯錄了北京地區的山川地理、文物古跡和風情物產，詳細記載京師地理沿革，著錄曆代有關典章製度、遺聞舊事，可稱為研究北京的小百科全書。
《日下舊聞》全書分為十三門，分別是星土、世紀、形勝、宮室、城市、郊坰、京畿、僑治、邊障、戶版、風俗、物產、雜綴，共四十二卷。刑部尚書徐乾學看過後，認為可以保存傳世，遂出資刊刻雕版，於康熙二十七年（1688年）九月出書。《日下舊聞》一書編著後，康熙年間的名士徐元文、徐乾學、薑宸英、張鵬、高士奇等都為此書寫了序言。《日下舊聞》一書收集、保存了許多史料，加之輯錄古碑殘碣，許多文獻可資考證。此外，不少古籍殘失，也靠此書保留了史實。
隨著清廷大興土木，不斷修建園林、宮殿、官署等，北京的城池、宮殿，尤其是皇家園苑發生了很大變遷，到距《日下舊聞》成書近百年之際，朱彝尊所撰錄的內容已遠遠不夠了。於是乾隆命竇光鼎、朱筠等根據朱彝尊編輯的《日下舊聞》加以增補、考證，再收錄康熙、雍正及乾隆皇帝的詩文，於乾隆五十年至五十二年刊刻出《日下舊聞考》（也叫《欽定日下舊聞考》）一書，成為中國封建社會最大、最完整的記錄北京曆史、地理、城坊、宮殿、名勝等資料的選輯。
北宋歐陽修在《玉樓春》一詞中說：人生自是有情癡，此恨不關風與月。為情癡狂，本不奇怪；為官癡狂，亦有先例；為財癡狂，更是今勝於昔。而朱彝尊的癡狂卻是為書、為史、為文學、為中華文化。