乾隆十七年（1752年），全祖望應粵製府請，赴肇慶端溪書院講學，與諸生講述學術流派，改定課文，考證地方故跡，遊光孝寺、七星岩，登閱江樓，寫下很多才氣橫溢的詩文。次年自覺病情轉重，他決意辭歸，當地官紳士子挽留再三，勉強又教授了幾個月，才辭院歸裏。乾隆二十年（1755年），全祖望病情加重，遂命弟子們抓緊整理、抄錄文稿，他口授旨意，將文稿刪去7/10.七月，他終因貧病交迫，心力交瘁，病卒於青石街雙韭山房，時年51歲。身後無以為葬，公議雙韭山房藏書萬餘卷售與盧鎬族人盧址抱經樓，兌得白銀二百兩，草草埋葬於南門外。
四
代有興廢，朝有盛衰。從甲申之變到康乾盛世，中國曆史穿越了百餘年的時間跨度；從天崩地裂到國泰民安，中國社會經曆了大動蕩的時代變遷。一個好端端的大明王朝在頃刻間轟然倒塌，在它的廢墟中不知埋葬了多少無辜民眾，其中不乏悲壯的殉葬者。可歎這些為反清複明而拋頭顱灑熱血的誌士仁人，即使在九泉之下也沒弄清紅牆後麵那些朱明不肖子孫的醜聞。
親曆了明亡清興之際一係列曆史變故，又目睹清朝統治者重新確立君主專製體製的政治大變動之後，浙江學人的學術研究異常繁榮，並以錢塘江為界，分為浙東（寧紹地區）和浙西（杭嘉湖地區）兩學派。浙東、浙西學術同出於明朝最後一位儒學大師劉宗周，同以經世為目的，但浙西學術主要表現為表彰朱烹學術，尊朱以經世；而浙東學術則偏重於史學研究，治史以經史。對兩者不同的學術取向，被稱為浙東史學殿軍的章學誠歸納為浙西尚博雅，浙東貴專家。
以黃宗羲為代表的一批富有創造精神又具有淵博學識的浙東學者，在研究經學的同時，對史學也進行了深入的研究，並取得了突出的成就。他們超越傳統，質疑辨異，反思往事，總結曆史，開展了新的學術研究，開創了新的思想、觀念和學說。梁啟超認為清朝史學開拓於黃宗羲、萬斯同、全祖望、章學誠等人，並自成係統，堪稱清朝史學界的楷模。
作為清朝浙東學派第三代的領軍人，全祖望生當盛世。他上承黃宗羲、萬斯同，下啟邵晉涵、章學誠，為浙東史學薪火傳遞的關鍵人物，被譽為浙東史學大柱；他又上承晚明遺老之學，下啟乾嘉考據之風，為清朝學術由宋學轉向漢學時期的重要人物，在清朝學術史上占有獨特的地位。他在學術上推崇黃宗羲，在史學上受萬斯同影響，治學兼擅經學、史學、詞科，而尤以史學見長，成就是多方麵的。
全祖望在史學研究上有兩個鮮明的特點：其一是他懷著極大的民族愛國主義熱忱，盡己所能搜集整理許多明清易代之際抗清誌士的材料事跡，為他們的民族氣節樹碑立傳、歌功頌德。同時他還發掘出一批以遺民身份拒不降清、堅守氣節的曆史人物，此前這些人曾一直被世人誤認作是消極遁世、逃避現實的。其二是他以學貴自得的思想、融會百家的學風和躬行實踐的主張，翔實地記述了清初學者的風貌，比較準確地反映了清初的學術狀況。由於他對黃宗羲、顧炎武、傅山、李顒、萬斯同、陸世儀等人的傳記重新做了撰寫，使這些曆史人物的學術成就和精神風采得以傳世。
當代史學家倉修良說，有清一代的史學家中，有創見、有貢獻、有作為、有影響的大家多出自浙東學派，而開浙東史學之先河者則是餘姚大儒黃宗羲。全祖望折服於黃宗羲並成為他的私淑弟子，他的史學思想與黃宗羲有頗多共同點，如兩人都主張經史並重，讀經必兼讀史；又都提倡經世致用，事功與學道應該統一並結合。他們在學風上都不做空疏不實之文，反對迂闊陳腐之議，堅持講究求實考信、注重實地調查的治史態度。
對宋、元、明三個朝代理學發展史的清理和總結，是黃宗羲、全祖望的一大貢獻。在他們努力下完成的總結性學術著作《明儒學案》和《宋元學案》，記載了明及宋元三代的學術流遷，梳理了各家各派的學術思想使之劃分歸類，在他們著作中還為理學家們立傳並作一定的述評。尤其是全祖望以大量精力搜集理學家們的生平事跡，發掘了豐富的曆史文獻資料，是對正史的補充和修正。
全祖望繼黃宗羲、黃百家（黃宗羲的三子）之後，用十年時間續修成了具有相當規模的學術史著作——《宋元學案》，其中約1/3篇幅是由他撰寫的。學識十分淵博的全祖望，還對全書內容進行了修訂、次訂、補定，體例方麵也較《明儒學案》有所創新。如除了對理學家作傳和輯其著述之外，增加了附錄和記載傳授關係的材料；又在每一學案之前列表，表明案主的學術淵源和師承統係；還用附錄代替師說，對全書進行概括，遂使學術史著作臻於完善。
一生清貧，晚年更是貧病交加，全祖望卒於51歲，真可謂盛年早逝，英雄氣短！但他以驚人的毅力著述不輟，留下的著作多達三十餘種四百餘卷。他在37歲時三箋《困學紀聞》，42歲時補輯《宋元學案》，45歲至48歲的晚年仍朝夕不倦地七校《水經注》，臨終前還自編文集。其著述還有《困學紀聞三箋》、《七校水經注》、《續甬上耆舊詩》、《經史問答》、《讀易別錄》、《漢書地理誌稽疑》、《古今通史年表》、《錢忠介公文集》、《鮚埼亭集》等。
《鮚埼亭集》是最能體現全祖望治學精神的文集。在這部以記錄明末清初學者、忠臣、義士事跡為主要內容的著作中，通過評、傳、碑銘、論、記、跋等各種體裁文章，表彰了一大批明末忠節之士，翔實地記述了很多地方文獻與掌故遺聞，同時還兼涉辨析學術源流、探討史書編纂、考證曆史事實等許多方麵。所附《經史問答》十卷，則為答弟子董、盧、張等所提問的經史疑義而作。
在清朝學者中，全祖望的學識極為突出，他的著作為我國文化寶庫增添了珍貴的遺產。清嘉慶、道光名臣、著名學者阮元評價全祖望說：經學、史才、詞科三者，得一足以傳，而鄞縣全謝山先生兼之。
全祖望有一副很有名的楹聯，掛在寧波白雲莊正廳廊簷，白雲莊是萬斯同、萬斯大故居，更是黃宗羲開設證人書院之處，乃盛極一時的清朝浙東學派的學術重地。聯雲：
倜儻指揮天下事，風騷驅使古人書。
倜儻指揮天下事，安邦治國，建功立業，曾是全祖望的偉大理想，也是其先師黃宗羲、萬斯同的崇高願望。但他們高潔傲岸的節操、安貧樂道的誌趣，豈能為殘酷而鄙俗的時代所容？理想再大，願望再高，也隻能被束之高閣，棄之野外。然而蟄居浙東一隅之地的高士們，誌比天高，心如止水，他們寵辱不驚，閑看庭前花開花落；去留無意，漫隨天外雲卷雲舒。天馬行走於曆史星空，名士著述於白雲深處，他們風騷驅使古人書，成就卓著，影響深遠。
失之東隅收之桑榆，時代曾使幾位大儒備受委屈，而曆史卻讓他們華麗轉身，於是才有了中國思想啟蒙之父黃宗羲名傳千古，布衣修史萬斯同流芳百世，史學大柱全祖望永垂不朽。又正是由於他們薪火相傳，孜孜以求，皓首窮經，於是才有了獨擅勝場並不斷走到高峰的浙東史學。
浙東鄉民對史學大柱、浙東史學派集大成者全祖望十分愛戴，為表彰和銘記他的功績，特於嘉慶二十年（1815年）將其神位附祀於南城張蒼水、錢肅樂二公祠後。清末，甬人建謝山先生祠於西郊。他死後葬在六世祖全少微、父全騏墓之南，墓呈橫長方形，墓碑上刻全謝山太史墓。2006年6月，全祖望墓與黃宗羲墓、萬斯同墓以及白雲莊一並作為浙東學派史跡列入全國重點文物保護單位。
2008年底，在寧波月湖桂井巷口，出現了一位獨步沉思的陌生老人，一手背拿著書稿，一手欲放還收。兒童相見不相識，笑問客從何處來？老人沒有作答，隻是輕輕地吟下一詩：
儂家日月湖頭住，題過楊技又桔枝，慚愧慶封新樂府，誰叫傳遍冶春詞。
於是，人們頓時明白了，是他們祖輩敬仰的鄉賢全祖望回來了！
從此，全祖望的銅像麵對著生他、養他的月湖，也麵對著後人對他的瞻仰，永遠落地生根了。