那是個天下不太平安的時代。建安五年（200年）孫策死，孫權繼位。剛被平定的侯官烽火硝煙剛剛散去，建安（今福建建甌、建陽一帶）、漢興（今福建浦城）和南平（今福建南平）又發生騷亂。這些地方的縣令不服孫權統治，要求脫離吳國而自立自治。孫權得報後首先想到的又是賀齊。於是賀齊於建安八年（203年）再次受命領兵入閩。
閩地山高路險，群峰連綿，彎曲山道又多布滿荊棘，且瘴氣襲人。在行進的路上，賀齊就先派偵察兵南下察看地形，為的是少走彎路。接著，賀齊又派人打入叛軍內部。內線情報人員報告他說，賊寇首領洪明、洪進善於山地戰，且布防嚴密，從山邊到山頂有多層縱深防守，北、西、南形成鐵三角防守圈，但叛軍不善於大兵團平地作戰。賀齊很快就形成了自己的作戰思路。他先派小股部隊向敵佯攻，邊打邊退，引誘叛軍下山，然後在山下埋伏大部隊進行伏擊。建安、南平的賊寇洪明、洪進等率一萬多兵馬出戰。他們從來就沒有跟正規部隊交過手，也不懂戰場謀略，很快中計而被賀齊的軍隊伏擊，傷亡慘重。賀齊又指揮部屬要擒賊擒王，先下手將叛軍首領洪明斬殺。其餘叛軍見賀齊的部隊太能打仗，又見群龍無首，便紛紛投降。平定建安和南平的這一年（建安八年，203年），賀齊請得東吳政權批準，在建安設置了都尉府。據說，這是閩地在三國時代建立的第一個州府地方政治軍事衙門。賀齊被孫權任命為“會稽郡南部建安都尉”，成為閩地一名出色的地方官。
賀齊在閩地從事政治軍事的時間不短，頗有政聲。《福建曆史文化名人辭典》將賀齊列為外省籍八閩第一人，可見賀齊在福建曆史上的重要位置。在政治方麵，他的貢獻是規範地方行政區劃，在重要地區建立政治軍事並重的權力機構，給縣級地方官員傳教灌輸治理條款和實施辦法。他以他自己做過縣長的經曆，傳授治民先治吏的謀略，一時政風見佳，百姓生活安穩。在他治下，再未出現地方叛亂。在軍事方麵，賀齊治軍甚嚴，對有過失的軍官兵士，不管是誰，一律嚴厲處罰，毫不手軟。他生性剛烈，說一不二，哪怕某一仗沒有太大勝利把握，隻要他說了打，就必打無疑，絕不妥協動搖。他善於依據不同的地形地物打不同的戰，故而屢屢得勝，幾無敗跡。他最大的優點是喜愛先進兵器，認為隻有用先進兵器武裝的訓練有素的軍隊才能打勝仗。政敵誹謗他，民間議論他，他聽而笑之，不當回事。孫權向他下命令平叛或阻擊曹軍進攻，他要的軍費往往比別的將領多，孫權心痛，勸他少要些，他不幹，要求拿到足夠的軍費和裝備精良的武器後才出兵。在經濟建設方麵，賀齊重視發展農業生產，大力鼓勵百姓種植水稻，為此引領閩地百姓於每年冬季開挖水渠，興修河道，或開墾荒地，做到耕者有其田。他注重農商業和手工業的賦稅征收，為的是補充軍隊給養。
三
建安十三年（208年），賀齊升為“威武中郎將”。那時孫權對賀齊更加重視和重用，常派他帶兵四處平叛，如平定江西上饒之亂、鄱陽湖之亂等，幾乎到了離不開賀齊的地步。賀齊也不負王恩，多次在戡亂中建立奇功，同時還領軍阻擊前來進擊的曹軍，使得東吳孫權政權得以保持穩定。後來，他升任“後將軍”，兼任徐州牧。