建安十三年（208年），東吳境內丹陽郡之黟縣（今安徽黟縣東）、歙縣（今安徽歙縣）不斷發生地方豪強和軍事武裝反吳暴亂事件。當時孫權主力正包圍合肥。為穩定境內局勢，孫權便派賀齊率領軍隊前往鎮壓。此時叛軍首領金奇正率領叛軍駐紮在安勒山；另一頭領毛甘率萬戶屯守馬聊山；還有黟縣頭領陳仆、祖山等率領兩萬叛軍駐紮在南部的林曆山。此役史稱“林曆山之戰”。林曆山四麵懸崖絕壁，高數十丈，山路狹小，險境縱深，一夫當關，萬夫莫開。叛軍居高臨下，賀軍難以仰攻。戰爭打得十分殘酷，叛軍不太奇險的地方被賀軍攻破，但賀軍傷亡不小。陳仆和祖山的兩萬人馬憑險扼守，臨高下石，伴以亂箭，賀齊官兵久攻不下。但賀齊畢竟是久經疆場的老將，有著豐富的作戰經驗。第一招還是深入了解，察看地形，摸清敵人底細。他借著夜色繞敵背部勘察敵情，弄清敵軍準確位置。第二招，采取久圍不打、斷其後路的謀略，將叛軍苦困在山上。第三招，采取伏擊援兵的辦法，割斷山上山下的軍事、兵員、情報、信息和給養補充等一係列聯係，迫使山上叛軍作困獸鬥。第四招，在此前基礎上派員做策反和離間，以及分化瓦解工作，迫使叛軍內部瓦解、意誌渙散。第五招，采用軍事解決戰鬥的原則不變，但主要是夜戰方式。他們抓住叛軍戰鬥力嚴重下挫的戰機，選擇叛軍不備的隱蔽棧道，精選輕捷、勇猛之士兵，乘著夜色，以鐵戈穿石為梯潛爬上山，再用麻繩以援下，連續讓兵勇士卒攀登而上，直接插入敵背，乘敵無備而偷襲。一時間殺聲震天，山搖地動。叛軍被打得驚慌失措，沒抵抗幾下就放棄扼守的天險要地，落荒而逃。賀齊大軍隨即登上山頂收複敵寨，就這樣一舉殲滅了盤踞在林曆山中的陳仆、祖山叛軍，斬首7000級。由於叛軍主力被殲滅，加上此前做了分化瓦解和策反工作，見大勢已去的歙縣金奇和毛甘便被迫率軍投降。賀軍大獲全勝，平定了整個黟歙地區。賀齊這一次的出奇製勝，被視為中國古代戰爭史上山地攻堅戰的重要戰例。
建安十六年（211年），吳郡餘杭人郎稚率領軍隊反叛，又是賀齊率軍征討。賀齊這回采用的是大兵壓境的戰法，以先進的武器裝備和絕對優勢的兵力，很快將叛軍消滅。又過了兩年，即213年，豫章（今江西南昌）彭材、李玉等起兵作亂，達萬餘人。孫權再派賀齊領軍征討。賀齊認真研究叛軍的情況後，決定采取早先用過的離間和分化瓦解之策略，派人打入叛軍內部作臥底，策反與彭材有矛盾的頭目，離間與李玉有過節的將領。然後在發兵作戰中，派手下勇猛之士直接與彭材交手，斬殺彭材於戰場，又將不服者就地鎮壓，迫使被瓦解的其餘部眾投降。賀齊便挑選叛軍中精壯者千人，收編為自己的軍兵，以解決自己的兵源問題。
黃武二年（223年），吳國有位叫晉宗的湖北武昌守將，率軍叛吳投魏。魏文帝曹丕封他為蘄春太守，同時又命令晉宗帶兵還鎮蘄春（今湖北省蘄春西南），防守邊界。晉宗為了表功，時不時領兵渡江襲擾吳國邊境城邑樂安（今湖北武昌境內）。孫權氣憤之餘還是派賀齊領軍出征討伐。
滾滾長江東逝水，浪花淘盡英雄。三國時代，在這波濤洶湧的長江中段，曾經上演過多少驚心動魄的輝煌戰事！這次賀齊所要進行的“蘄春之戰”，不過是其中之一。以往，賀齊率軍多打陸戰而少打水戰。這回征伐晉宗必須水陸合成作戰，這對賀齊是個嚴峻的考驗。他首先向孫權要來麋芳、劉邵等水兵數千，與他的步兵進行合同操練，主要練水陸部隊如何配合與協同作戰。其後，賀齊要求並說服孫權給他足夠經費裝備先進兵器。為此他這次不惜拿出大本錢購買最豪華先進的戰船，噸位超出敵軍的數倍。曆史書上說他奢侈華麗，兵甲器械都極為精良漂亮，所乘的戰船都雕鏤彩飾，弓弩矢箭都取上好材料。再後，在戰法上，賀齊此戰采取偷襲的方法，乘著大夏天季節不利作戰，江麵上又有洪水，以及敵軍麻痹大意的時機，憑借他的戰船大吃水深、武器裝備精良、部隊訓練有素且能協同作戰的優勢，夜裏突然發兵襲擊晉宗所部，很快殲滅敵軍主力，俘虜晉宗，借機收回失地蘄春。
黃武六年（227年），賀齊老死在與敵殺伐的征戰途中。