那一天，李時珍特別高興，因為他編著這部《本草綱目》，目的本來不隻是在總結前人的經驗，一切新的經驗他也要推廣，能夠在這方麵多收獲一些，他就更覺得自己這個工作對人有用，心裏也就更高興了。
這個工作是十分艱巨的。李時珍聽父親從前對他說過，編一本新“本草”，必須把全國出產的藥物都重新考察，這話他一直記在心裏。遇到一些藥物解釋不了，依靠古書和當地群眾提供的知識都不能解決，他就計算好了這種藥物的生產季節，趕到那個出產的地方去親自調查，為了查訪一棵藥草，跑上幾十裏百來裏的路，是常有的事兒。他出外時，又丟不下家裏看病的事情，來去匆匆，更顯得辛苦。
明朝中期以後，講求實際、崇尚實踐、主張經世致用的社會思潮，對李時珍有很大的影響。所以.在重修“本草”時，李時珍強調，本草“雖曰醫家藥品，其考釋性理，實吾儒格物之學”。主張“醫者貴在格物”。正是在這種思想指導下，李時珍決定深入荒山野地去實地考察、周遊。
父親逝世之後，公元1565年（明嘉靖四十四年），李時珍開始了籌劃已久的周遊四方之行。由於此行工作量極大，於是李時珍決定帶徒弟龐憲和次子建元一同去。龐憲，忠厚老誠，踏實肯幹，又聰慧伶俐，拜李時珍為師後，不僅醫學上長進很快，而且藥學方麵也很有見識，常常受李時珍之托，到各地采回許多藥物標本。次子建元，擅長繪畫，可以幫助李時珍現場繪製藥物圖樣。
三人從蘄州出發，先到漢陽，然後取道河北上。他們有時搭船，有時乘車，有時步行，有時雇毛驢騎。每天行蹤不定，遇到藥物標本多的地方，就多采一段時間，細細考察，如果沿途收益不大，便走遠一些。在哪裏住宿，全隨考察需要而定。
李時珍帶著龐憲、建元常常肩背藥筐，親自到山林、田野、江湖去觀察，采集藥物標本，廣泛搜集民間治病的經驗，虛心向當地老百姓學習、請教。農民、漁夫、獵人、樵夫、藥農、果農、工匠、走訪名醫、山野道士，都成了李時珍的老師和朋友。他從藥農那裏知道，澤漆和大戟不是曆代本草記載的同一藥物；他從道士那裏知道了昇汞、土黃的製造方法和藥物價值；他從走方郎中那裏學習了麻黃、蟾酥毒的藥用方法；他從獵人、漁夫那裏知道了許多動物髒器的藥用價值。