程顥的個人魅力，也受到神宗趙頊的青睞。
趙頊還是太子時，就天性好學，讀書或者研討學問時，常常廢寢忘食，宋英宗皇帝不得不派內侍去製止他。趙頊的老師在講習經史時，他常常按照師道尊嚴的要求，率領弟弟們向老師行大禮，中外為之感動，交口讚之曰：賢。
趙頊早就聽說程顥學識過人，所以他繼位後曾多次召見程顥，專門聽取他的治國治學意見。趙頊每次會悟程顥，均以師禮相待，臨別時，必定說：“朕真想經常見到卿啦！希望以後盡可能多地抽出時間聽取您的高見。”
程顥則利用天賜良機，不卑不亢，仗義執言；他大膽陳述自己的政治見解，勸趙頊預防尚未滋生的私欲，以及不要輕視天下的讀書人，務求以誠心來感悟皇上。即“以正心窒欲，求賢育才為先”，“以至誠仁愛為本”。
對這位學者的赤膽忠心，年輕的皇帝趙頊則彬彬有禮地俯著身子，連聲說：“當聽卿言而警惕之。”不管皇帝的上述表態是否真實，但程顥委實盡了一個做臣子的責任，對皇帝是認真負責、以誠相待的了。
又一天，趙頊再次與程顥傾心交談，趙頊從容不迫地提出了一係列問題，程顥則滔滔不絕地逐一作了回答，彼此談得十分投機，不知不覺時間已到了正午，是報時官前來催促，程顥才急步退出。
內廷太監特地對程顥提醒道：“禦史大人，你的高論的威力可真不小哇，竟讓皇上忘記了用膳！不過，皇上的龍體要緊，你今後可得適時而止！”
盡管趙頊十分敬重程顥，但由於改革派的詆毀，他們把程顥說成是一位充滿理想化色彩的迂腐夫子。趙頊因此未能將程顥的建設性意見與王安石的變法有機結合起來付諸實施。
熙寧二年（1069年）九月，王安石極力主張立常平給斂法，即青苗法。程顥根據他長期在基層工作的經驗，以及他四月份到全國各地考察的情況，再次向趙頊進言，希望萬萬“不可賣祠部度牒作常平本錢”。但程顥僅此而已，並沒有在公開場合反對王安石的變法。為此，趙頊詢問王安石，希望他對程顥的質詢作出解釋。
王安石卻對趙頊說，程顥是隻知其一，不知其二。“今度牒所得，可置粟四十五萬石。若凶年人貸三石，可全十五萬人……（《續資治通鑒》卷六十七）如此惠及百姓之大好事，何樂而不為？”
趙頊覺得王安石說得有理，從此召見程顥少了，對他的進言也不太重視。王安石與程顥也漸行漸遠，他們的歧見也逐步公開化。
盡管如此，程顥為了盡一個言官和臣子的責任，也是為了堅持自己的政治理念，仍然一如既往地進諫，先後撰寫了《論王霸劄子》、《論十事劄子》、《論君道》、《論養賢劄子》等著名奏疏，向宋神宗表達了自己對治國安民的政治主張。闡發君王當行王道，要得天理之正。而程顥平時與大臣們論及國家大事時，包括論及王安石的變法，都以十分謹慎的態度對待王安石的“功利”，從不隨意發表議論，即“未嚐一語及於功利”（《續資治通鑒》卷67）。
大權在握而執拗的王安石，不顧大臣們的紛紛反對，於熙寧二年七月，頒行第一個新法《均輸法》。他希望通過推行此法，能夠采取節省運輸費用、降低購價、有計劃地調運的原則，以保證官府支出，又節省開支。
到了九月，又推出《青苗法》。此法規定，由農戶自願向官府借貸，加息二分或三分，糧食收獲後納稅時歸還，以免借貸地主、商人的高利貸。十一月，頒布《農田水利法》，用以獎勵各地官府、農戶開墾荒地、興修水利。
大臣們更是群起而攻之，先是兩派的代言人司馬光與呂惠卿進行麵對麵的朝廷辯論，繼而有範鎮的《請罷青苗法》、趙瞻的《廷對》等。
當然，也有官員迎合王安石的，如王廣淵就因強行推行《青苗法》，導致百姓的負擔不斷增加。程顥因此毅然拋出了對其彈劾案，但由於有王安石為其撐腰壯膽，導致彈劾案無疾而終。
此消息不脛而走，激起了一批中央和地方官員的強烈憤慨，大家紛紛對新法進行口誅筆伐。諸如，次年二月，一批地方官如韓琦、歐陽修、劉庠、薑潛、富弼等連篇累牘地上書，堅決拒絕執行《青苗法》。但王安石依然我行我素。
程顥見王安石完全聽不進大臣們的意見，如果任其發展，勢必造成全國動蕩，貽害百姓。於是，他也由參與變法改革，公開轉向批評變法改革了。但他對王安石的變法不是全盤否定，而是持建設性的批評態度，有選擇性地反對其要害之處。
熙寧三年三月四日，程顥在聽取了孫覺、呂公著、張戩和李常等大臣的意見後，他突然眼前一亮：要想讓王安石完全停止實施《青苗法》已不可能，不如對《青苗法》提出部分修正意見。於是，次日上朝時，麵對新黨、舊黨就《青苗法》進行唇槍舌劍的爭辯，他則上書《諫新法疏》，來一個折衷方案，並不反對施行《青苗法》，隻是要求停止實施《青苗法》中硬性攤派貸款和預先扣除利息等有可能對國計民生危害較大的條款。麵對群臣意見相左，神宗沒有明確支持哪一方，當廷宣布改日再議。
眾人退出崇政殿後，程顥忽然聽到背後有人叫自己，他回頭一看，卻是司馬光。當下連忙施了一禮，問道：“司馬大人有何指教？”
司馬光冷笑了一下，說道：“禦史大人，指教不敢。隻是大人雖然有經濟治國之材，風骨向來令人佩服，今天之表現卻不能讓人苟同。為人臣子的，若明知某事不妥，當以死諫，豈可以柔媚行之？”
程顥不動聲色地說道：“大人所說雖然有理，但是凡事過剛易折，剛柔相濟，方更顯難能可貴。何況若以《青苗法》而論，其弊雖然讓在下顧慮良多，然而其利，亦讓人不能不心動。如果僅僅因為看到弊端，就斷然否定，不敢有所作為，這種行為，似勇實怯，我也不能苟同。更何況荊公箭在弦上，若能以利克弊，豈不是皇上之幸，百姓之幸？”
聽了他的這一番話，許多旁聽的官員也在一邊暗暗點頭，司馬光這才恍然大悟，他笑著對程顥道：“光剛才差點誤會禦史大人了。想不到你有此等胸襟，真乃高見也！”