程顥此次上疏之後，時貶為河北安撫使的三朝宰相韓琦再次上疏請罷青苗法，神宗在朝廷上不禁歎息曰：“朕始謂青苗等法，可以利民，不料害民如此矣！”乃諭輔臣道：“青苗法既不便行，不如飭令罷免。”
王安石頓時急得像熱鍋上的螞蟻。他回想起自己擔任地方官時，在治下實行《青苗法》，曾大受百姓歡迎。他不信如今真的會遭到百姓反對。他擔心自己的變法有毀於一旦的可能，於是，一方麵對皇上采取軟抗——稱病不朝，另一方麵速令自己的親信返京，彙報在南方推行《青苗法》的情況。
王安石的那個親信姓李名定，曾為秀州(今嘉興市)判官，為安石弟子，自秀州被召，入京時遇右正言李常。李常問道：“君從南方來，不知百姓對《青苗法》的反映如何？”
好大喜功的李定答道：“老百姓是一千個讚成，一萬個擁護。”
李常愕然道：“果真麼？舉朝方爭論是事，除執政外，大都均稱不便。”
李定覺得自己升遷的機會到了，即去謁見王安石，並投其所好地稟告道：“《青苗法》很是便民，為何京師傳言不便？”
王安石大喜道：“這便叫作無理取鬧呢。改日入朝，你須要明白上陳，舌戰群臣。”
結果，李定在朝堂上口若懸河，大讚屬下積極實施《青苗法》，並取得了良好的效果。王安石趁機排斥異己，並說，程顥從義理的角度出發，也許有幾分道理。而從具體實施情況來看，他的上疏顯然是杞人憂天了。從而導致神宗不僅沒有采納程顥的建設性意見，居然還將附會王安石的李定擢為監察禦史裏行。
麵對王安石偏聽偏信，一意孤行，程顥雖然感到非常失望，但他仍然決定作最後一搏。
當年四月十七日，程顥再次奮筆疾書，寫成《再上疏》給神宗趙頊，指責王安石主持變法是“一二臣實與大計，用賤陵貴，以邪幹正”，他說：“聰明人做事就像夏禹治水那樣，讓洪水順其自然地從低窪的地方流走，做的是無事之事；舍棄這種辦法而到險峻的地方去築堤防水，說不上是聰明。自古以來為振興政治而提出的措施，沒有朝廷內外的輿論都說不可以而能夠有成績的，何況還排斥忠良之士，阻攔和抹殺公眾輿論，使卑賤的人欺侮高貴的人，邪惡的人侵犯正直的人呢！即使僥幸有一點小成績，然而使追求功利的臣子一天天受重用，崇尚道德的風氣一步步遭到破壞，尤其不是朝廷的福氣。”最後，他強調指出，當權者在政治上思考與處理問題要順民心，要以理服人，不能以勢壓人、盛氣淩人，獨斷孤行等等。
程顥知道，自己上疏中的“用賤陵貴，以邪幹正……興利之臣日進，尚德之風浸衰，尤非朝廷之福”（《二程集》P458）等言辭，雖然切中要害，但卻與自己的身份不相符，肯定會激怒王安石及其親信。
然而，他更在意自己的人格，有話決不藏著掖著。當他看到自己中肯的意見得不到重視，朝廷不容他，他也不情願與那些在他眼中的專橫、霸道、不可一世的功利之徒為伍。便毅然提出辭呈，表現出大丈夫“道不同不相與謀”的氣節。
這樣一來，程顥便把“尚德”與“興利”的對立關係，演化成“公心”與“私心”、“天理”與“人欲”、王道與霸道的對立關係。
其實，在王安石的親信看到程顥的上疏後，正想追究程顥以言犯上，擬按宋朝律例黜逐程顥。但他們把處分意見向王安石稟報時，王安石認為，程顥雖然與自己的政見相左，但他敬重程顥的忠良。再說，與其他的激進反對派相比，程顥對王安石新法的反對相對要溫和得多，而且是否定之中有肯定。諸如，程顥認為，王安石推行的《免役法》還是切實可行的。所以，王安石並不同意對程顥深究。有程頤《明道先生行狀》記載為證：“荊公與先生（指程顥）雖道不同而嚐謂先生忠信。”
正在此時，趙頊讓王安石去研究程顥遞交請辭一事，王安石建議，不如來一個順水推舟。於是，趙頊采納王安石的意見，將程顥排擠出改革智囊團，讓其出去擔任提點京西刑獄。
哪知，程顥以《辭京西提刑奏狀》，堅辭不受；後隻得改差簽書鎮寧軍（澶州）判官，程顥這才書《謝澶州簽判表》，謝恩赴任。就這樣，程顥結束了居職九個月的伴君如伴虎的京官生涯。
反對派領袖司馬光在長安得知此事後，亦上疏請求退職，並稱讚程顥不論是作為一個“政治”的人，抑或是作為一個“社會”的人，其人品是無所挑剔的。
這期間，與程顥同朝為官的蘇東坡，貶到湖州。到了1079年7月28日，官居太守的他也因反對變法陷於一個被文學史家稱為“烏台詩獄”的案件中。神宗皇帝深知蘇東坡的才華，再加上他的祖母光獻太皇太後竭力要保護蘇東坡，蘇才於1080年出獄，被貶為黃州團練副使。
蘇東坡到黃州後，難得悠閑，在黃州生活四年又四月，創作頗豐，計作詩220首，詞66首，賦3篇，文169篇，書信288封，合計740篇（《蘇東坡黃州作品全編》，丁永淮、梅大聖、張社教編注，武漢出版社出版）。其中，寫下了《念奴嬌·赤壁懷古》的千古絕唱。詩雲：
“大江東去，浪淘盡，千古風流人物。故壘西邊，人道是，三國周郎赤壁。亂石穿空，驚濤拍岸，卷起千堆雪。江山如畫，一時多少豪傑。”
一天，當蘇東坡得知二程氏兄弟早年曾在黃州府屬下的黃陂縣望魯台（又稱鳳凰台）讀書，就特地到此一遊。他剛到望魯台，當激情吟誦起程顥的《春是偶成》時，忽然，程顥早年的半邊聯（上聯），一下子閃入了他的眼簾，隻是下聯尚未對出。蘇東坡駐足欣賞，上聯是：“？？雲間神仙府。”
蘇東坡看了半天，認不出開頭的兩個字。善於對絕對的他眉頭一皺，有了：第一個字是“碧”，第二個字是“空”，合起來是：“碧空雲間神仙府”。
接著，蘇東坡還立即提筆續成了下聯：“？？山中隱士家。”第一個字是“險”，第二個字是“峽”，合起來就是：“險峽山中隱士家。”蘇東坡落筆後，乘興而遊，忽然又發現了牆西壁有一首詩：