不僅如此，程頤也深知自己肩上責任重大，忠於職守，他經常以向趙煦皇帝講書的機會，借題發揮，議論時政。希望以自己的言傳身教來影響年幼的趙煦。所以，他每次進講，臉色很莊重，接著便委婉地勸諫。
當他聽說趙煦在宮裏盥洗時，看見地上螞蟻，為不傷生，便避開螞蟻而行。程頤便問兒皇帝：“有這回事嗎？”
趙煦回答說：“是，真怕傷害它們？”
程頤便循循善誘地對他說：“隻有把這樣的愛心推廣到四海去，才是做帝王最重要的方法。”
再說司馬光執政以後，見太皇太後高氏對自己言聽計從，越覺激發忠忱，誓死報國，無論大小政務，必親自裁決，不舍晝夜，加上自己本身兩次中風的舊疾，最後老病新疾一起向他襲來。
這時，在江寧府養病的王安石，看到司馬光不分青紅皂白地廢除以及將要廢除所有新法，改革成果被毀於一旦，他的追隨者也是樹倒猢猻散，這猶如一付急火攻心的催命湯，結果王安石於元祐元年（1086年）四月憂鬱地撒手人寰，享年66歲。
王安石病故的噩耗傳來，沉屙不起的司馬光也為之感傷。也許是他們畢竟兩度同事，曾一度侍候幾任皇帝；也許是其人將死，其言也善，司馬光因此還特地寫信給執政的呂公著，囑其“優加厚禮”（《司馬溫公文集》卷十，《與呂晦叔第二簡》），朝廷接受了他的建議，並追贈王安石為太傅。不意，同年九月，司馬光也緊步其政敵的後塵溘然長逝了，時年68歲。
司馬光的病歿，如晴天霹靂，令朝野震驚。太皇太後因此頒詔，皇帝輟朝三日向這們撥亂反正的重臣致哀，黎民百姓則紛紛購買司馬光的畫像在家裏設靈堂祭奠。
更可怕的是，保守派如喪考妣，他們因失去了一位一言九鼎的領袖而自亂陣腳，最終一分為三。
在程頤在奉命主持司馬光的治喪期間，即司馬光屍骨未寒之際，就暴發了以程頤為首的洛黨與以蘇軾為首的蜀黨之間的矛盾，並逐步公開化。
當時，程頤一方麵代父親撰寫《代家君祭司馬溫公文》，稱頌司馬光“誠貫天地，行通神明”，“心期行道”，“救弊除煩”，“死生既極於哀榮，名德永高於今古。”（《二程集》p641）另一方麵十分虔誠地按照孔子之禮公祭亡靈。
正在這時，新皇頒布大赦令（“方明堂降赦”），文武百官在參加完慶典後，準備前去吊唁司馬光。程頤極力阻攔，主張慶吊不同日。並援引《魯論》振振有詞地說：“子於是日哭則不歌。”當時就有人反唇相譏說：“孔子隻是說‘哭則不歌’，而沒說歌而不哭呀！”（“哭乃不歌，未嚐雲歌即不哭。”）
早就對程頤不滿的蜀學首領、翰林學士侍讀蘇軾，趁機在大庭廣眾之下大放厥詞，對程頤的迂腐作法進行了無情的嘲諷，頓時引起一群朝臣冷笑，令程頤十分難看。於是洛、蜀之間“遂成嫌隙”（《續資治通鑒》卷八十），繼而發展至洛、蜀門人之間的激烈鬥爭。
盡管蘇軾做得有點過分，但程頤有一個致命的弱點——缺乏寬容精神。好友邵雍在臨死前曾規勸程頤應“得饒人處且饒人”。
那是邵雍在氣息奄奄時，程頤正在其榻前，邵特地以手勢助說話，有氣無力地對程頤說：“麵前路徑，須常令寬。路徑窄，則自無著身處，況能使人行也？”（《河南程氏文集·遺文》）
麵對好友臨終囑咐，程頤雖然表示自當注意，但他說話辦事仍然稟性難移。
到了元祐初年，呂公著雖然身為宰相，但他十分看重程頤的意見，“凡事所疑，必質於伊川”，而程頤更是以一個臣子的赤膽忠心，“議論褒貶，無所顧避”（《伊洛淵源錄》卷四），向呂公著一吐為快。
這樣一來，一方麵使程頤的名聲越來越大，吸引了許多讀書人紛紛向他拜師問學；另一方麵他也因經常不講情麵地對大臣們指手劃腳，直言招怨，引起了一部分朝臣對他的強烈不滿。
盡管程頤為此招惹了不少人，但他並不以為然，依然我行我素地較真。宋神宗的喪事還沒有辦完，冬至那天，百官對小皇帝上表致賀，程頤咬文嚼字地指責說：“節氣變換，此時皇上對神宗的思念正深切，請求改祝賀為安慰。”有的大臣認為他是有意借題發揮。
神宗喪事結束後，幾名主事官員請求皇上，是否開始奏樂設宴。在一旁的程頤又居高臨下地訓斥道：“喪事結束後而舉行祭神之禮，尚且應當依據事情的需要來決定奏樂，現特地為喪事結束而奏樂設宴，豈不是把喪事當喜事來辦了？”頓時說得主事官員麵麵相覷，誰敢明目張膽地犯上？隻好無奈地聽從了他的意見。
程頤按照“理”的要求，以師道尊嚴對兒皇帝趙煦的言行，同樣也是嚴加約束，毫不留情。
他認為“天下治亂係宰相，君德成就責經筵”（《河南程氏文集》卷六《論經筵第三劄子·貼黃》），所以，他“每當進講，必宿齋豫戒，潛思存誠，冀以感動上意”。他指出，要達到至誠境界的途徑，在於對道的信仰深厚，對道的信仰深厚行動就會果決，行動果決對道的遵守就會牢固，仁義忠信的準則不離開心，勿忙緊急的時候必定在心裏，顛沛流離的時候必定在心裏，出門、在家、說話、沉默的時候都必定在心裏，久久而不喪失它，就能安穩地停留在心裏，動作和儀容展轉都符合禮的規範，而邪惡的思想就無從產生了。小皇帝覺得他有點過於嘮叨。
元祐二年（1087年），按照慣例，為保證皇帝的健康，準備在盛夏時節給正在讀書的趙煦皇帝放暑假。
對此，程頤深為不滿，他先於三月二十六日，上書太皇太後高氏，“輔導少主，不宜疎略如此”，認為不應給皇帝放假，建議將侍臣講讀的地方由邇英閣移到崇政殿或延和殿等其他寬涼處。
為此，看不慣程頤言行的朝中大臣顧臨毅然站出來與程頤唱對台戲，在上書高氏奏狀中明確提出反對意見，並嚴正指出在殿上講讀不妥。
程頤得知後，十分惱火，於四月份再次上書太皇太後，引經據典地對顧臨進行了義正辭嚴的反駁。太皇太後與哲宗趙煦不得已，下令修展邇英閣，而程頤覺得這太奢侈，便以辭職相挾，堅持不讓步。
更有甚者，程頤還要求把趙煦在宮中的一切衣、食、住、行、言都向他報告，以便他有的放矢地施教。在程頤看來，自己如此執著敬業，是為皇上和國家的未來著想。哪知，終因遭到大臣們的指責，他的這些要求幾乎全部落空。