一次暑假，程頤受命與孫覺、顧臨等一起審定國子監舊條例。這位執拗公，又以義理的要求，麵對那些昔日草擬國子監條例的太學主持者，毫不留情地對舊條例幾乎是全盤否定，讓人無地自容。禮部尚書胡宗愈聽說後，十分惱怒，竟上奏高氏與皇上，請求以“破壞祖宗之法”為由，解除程頤的職務。
又一次，在程頤給趙煦講課間隙，活潑好動的少年趙煦突然對窗外的春風楊柳萬千條頗感興趣，便站在柵檻上順手折斷了一根樹枝。
程頤認為，這與理學的規範相悖。於是，他立即在大庭廣眾之下嚴肅地批評了趙煦。他說，皇上的一言一行一定要符合理學的規範，給萬民做表率。時下陽春時節，正是萬物複蘇的時候，豈能無故折斷柳條？
頓時，趙煦被他說得臉紅脖子粗，雖然當麵勉強地表示認錯，但心中鬱鬱寡歡。在坐的官員，則在背後對程頤發泄不滿，認為他像訓斥鄉間小孩子一樣地對待聖上，弄得皇帝“不悅”，有失君臣禮儀。就連極力舉薦他來的司馬光，聽說後也覺得他做得太過分，“聞之變不悅”。
自仁宗以來，皇帝的說書官都是侍立講讀，而程頤卻以師道尊嚴為由，始終堅持坐著講課。
當時年已八旬的文彥博以太師身份任宰輔，對小皇帝十分恭敬，常常侍立終日。哲宗多次對他說：“太師少休。”
可是，趙煦每次都頓首謝恩，但文彥博仍侍立不去。
於是，有人問程頤：“文潞公（文彥博）貴為宰輔，對皇上尚且如此恭敬，你為何倨傲呢?”
程頤以維護師道、布衣尊嚴的態度解釋說：“潞公雖然是三朝老臣，但他畢竟是臣事（幼）主，不得不恭。吾雖然是布衣，但卻是皇上之師，師徒之間有師道尊嚴，豈敢不自重?吾與潞公所以不同也。”（均見《程氏外書》）而且說，他這樣做，更重要的不是讓小皇帝尊敬自己，而是讓皇帝自幼養成尊敬師長的良好習慣。程頤同皇帝如此較真，還與其個性也是分不開的。他一生端謹整肅，身為文人，卻無絲毫閑情逸致，凡琴棋書畫，花鳥魚蟲之類，一無所好，且視之為玩物喪誌。雖然他的獨樹一幟，被文潞公等讚其“真侍講也！”（《伊洛淵源錄》卷四《伊川先生年譜》）但大多數大臣覺得他這是對聖上之大不敬，聖上也日益對其不滿。
不僅如此，程頤對自己分外之事亦毫不含糊，往往不給人留情麵。
一日，程頤前往經筵給皇帝說書，他等了半天未見哲宗趙煦蹤影，經詢問宦官，方知趙煦因患瘡疹而未到邇英殿。
於是，程頤前去質問宰相：“皇帝不到邇英殿，太皇太後不應當單獨坐在那裏召見百官。況且主上有病，大臣裝作不知道，不問安，這是對皇上之大不敬！”宰相怕這位老學究較真，第二天，便率領百官奏請問候皇上的病情。程頤也因此招致“大臣亦多不悅”（同上）。更為他日後運乖時蹇埋下了伏筆。
文人相輕是古往今來的一大弊病，程頤與蘇軾自然也不能免俗。
那是宋神宗元豐八年(1085年)三月，哲宗趙煦嗣位，太皇太後高氏臨朝聽政。朝廷致力於清除王安石變法影響、恢複祖宗舊製的工作，前後曆時九年。至此，支持變法的政治派別，被時人稱之為“元豐黨人”，反對變法一派，則被稱之為“元祐黨人”。帝國政治陷入黨爭的泥沼，不可自拔。
次年二月，程頤為通直郎、充崇政殿說書，為哲宗皇帝講書時，蘇軾則任翰林學士侍讀，與程頤同侍哲宗皇帝。
但是，程頤任講官深受元老重臣的信賴，“呂申公(公著)為相，凡事有疑，必質於伊川。進退人才，二蘇疑伊川有力，故極口詆之。”（《二程集》第343頁）由此產生了他們之間在政治上的互相猜疑和詆毀。繼而出現程頤“在經筵，歸其門者甚眾，而蘇軾在翰林，亦多附之者，遂有洛黨、蜀黨之論。二黨道不同，互相非毀”（《續資治通鑒長編》卷四百七十一）。
程頤為人行事，“多用古禮”，蘇軾謂其不近人情，“深嫉之”（明.陳邦瞻《宋史紀事本末》卷四十五）；關於“人情”，蘇軾認為，“道”是順應人們自然感情的原則，而不是強製性的“勉強力行”。尤其是蘇軾和程頤在皇帝麵前或朝臣之間爭寵鬥勝的名位之爭，最後導致了洛、蜀門人之間的鬥爭。
洛黨即以程頤為領袖，以朱光庭、賈易、尹焞、張繹等為羽翼；蜀黨以蘇軾、蘇轍為領袖，呂陶、孔文仲、孔平仲等為羽翼。此外尚有包括劉摯、梁燾、王岩叟、劉安世等的朔黨，則依違於洛蜀之間，而更多地傾向洛黨。
程頤的門人賈易、朱光庭對蜀黨攻擊程頤心裏感到不平，便聯合起來攻擊蘇軾。到了元祐二年（公元1087年），蜀黨黨朋接二連三地發動了對洛黨的強勢反攻。蘇軾甚至運用奏狀的重武器對付程頤，他說：“臣素疾程頤之奸，未嚐假以辭色。”劉安世論稱，程頤與歐陽棐（歐陽修之子）、畢仲遊、楊國寶、孫樸交結執政子弟，號為“五鬼”；孔文仲極力彈劾程頤，諫議大夫斌仲則因蜀黨之意稱程頤為“五鬼”之魁，“汙下儉巧，素無鄉行；經筵陳說，僭模忘分；遍謁貴臣，曆造台諫；騰口間亂，以償恩仇。致市井目為‘五鬼’之魁。請放還田裏，以示典型。”（同上）盡管疏中雖多誇大貶抑之詞，企圖置洛黨死地，但亦非空穴來風，而是多有實指，具有很大的煽動性。
洛、蜀之爭的結局是兩敗俱傷。
元祐二年（1086年）八月，在蜀的炮轟下，程頤被罷崇政殿說書之職，回到洛陽去管理西京國子監，繼續他的講學生涯。
就在蜀黨歡慶勝利、鞏固自己的陣地的骨節上，不意，蘇軾也於元祐四年被逐出朝廷，外放杭州任知州。
元祐時代的洛黨、蜀黨，是封建的“品級聯合”之中舊黨豪貴內部依地方勢力而結合的互相傾軋的集團。洛蜀黨爭也反映為洛學與蜀學的學術宗派之爭。
與此同時，洛蜀黨爭乃是舊黨內部的宗派傾軋，和新舊黨爭是不同的。不論是洛黨還是蜀黨，他們都共同反對新黨及其政策。蜀黨的核心人物“二蘇”，在神宗朝均因對抗王安石新法被貶；舊黨取得政權後，同時召入，先後任翰林學士。蘇軾於元祐時任至兵部尚書；蘇轍權吏部尚書，使契丹還，為禦史中丞。
元祐五年（1090年），就在程頤政治上失意之際，其父程珦於正月十三日在西京國子監公舍壽終正寢，享年85歲。程頤隻好告假在家閉門丁憂，其間，他揮淚撰寫了《先公太中家傳》（《二程集》p646-653），以文人特有的方式追思父親不平凡的一生。並於當年四月十日將父親下葬於伊川先塋。