從此以後，《伊川易傳》便成為洛學學術體係的裏程碑了。
不僅如此，程頤還成為洛學“涪陵學派”的啟蒙人物。
涪陵學者譙定就是在其學術威名影響下，決定從程頤學《易》經，並深得伊川洛學之精髓，後自成“涪學”。北岩鉤深堂一時“名流彙集，後學輩出”，有“文風齊兩蜀，仙洞接三都”之譽。宋代著名理學家、詩人如尹焞、羅從彥、陸遊、朱熹、範成大等，接踵至涪或憑吊先師，或聚徒傳道，或登臨勝境，或題詠刻壁。難怪有人說：“宦海折戟，偏安涪陵，這是程頤的不幸，卻是涪陵的大幸。”
紹聖元年(1095)，校書郎、《神宗實錄》檢討官、著名詩人與書法家黃庭堅，被新黨指控其修《神宗實錄》中的記載有“多誣”之處，貶黃庭堅為涪州別駕，安置黔州(今四川彭水)；元符庚辰(1100年)，再轉任宜州（今四川宜賓）。起程前，他特地到程頤點易洞和講學之鉤深堂舊地重遊，並親筆題寫了“鉤深堂”三個大字。被人鐫刻於石壁之上，更使鉤深堂名聲大振。
宋嘉定元年（1208年），涪州知州範仲武在此建立北岩書院，其正堂奉安伊川先生塑像，範仲武親自在程頤塑像兩側撰寫對聯。聯雲：
伊洛溯淵源，誠意正心，一代宗師推北宋；
涪江彙藪澤，承先啟後，千秋俎豆煥西川。
洞內的砂石壁上刻有程頤的傳人尹焞之《偶感貼壁》，還配有詩文：
少蒙師教指迷津，老讀義經味入神。
無限青山隨意好，強來騎馬踏紅塵。
到了南宋，程頤的繼承者朱熹遊曆此地時，亦有題詩：
渺然方寸神明舍，天下經綸具此中。
每向狂瀾觀不足，正如有本出無窮。
程頤的巨著雖然大功告成了，但恢複新法的宋哲宗，卻在其寵臣的慫恿下，繼續對已經落水的程頤痛打之，下令“焚書坑儒”，企圖追毀程頤的全部著作。
實際上，由於程頤的著作對鞏固封建統治有用，經朝中某些重臣授意，在其門人的保護之下，隻是象征性的做了做樣子，其著作大都被保留下來了。
元符三年（1100年）正月，24歲的宋哲宗病死。宋徽宗趙佶繼位，由討厭新政的向太後垂簾聽政。於是，她再次起用元祐黨人，廢除變法新政。九個月後，向太後患病歸政，宋徽宗正式執掌大權。
次年四月，程頤遇赦還洛，複任宣德郎。十月，複通直郎職，掌管西京國子監。此時，四方來學者又漸漸增多，如張繹、張厚等。其中，長嚴毅清苦，篤誌求道，從學楊時，又師程顥、程頤的羅從彥，不惜鬻田自福建千裏迢迢前來向程頤問《易》。後來，羅從彥在沙縣洞天岩顏樂齋講學，著《中庸說》、《豫章文集》。羅學成後，成為洛學閩學化的關鍵人物。其《觀書有感》詩雲：
靜處觀心塵不染，閑中稽古意尤深。
周誠程敬應粗會，奧理休從此外尋。
《自警》詩雲：
性地栽培恐易蕪，是非理欲謹於初。
孔顏樂地非難造，好讀誠明靜定書。
這二首詩都將周、程並列，前詩以“周誠程敬”為學者探尋“奧理”之窠窟，後詩以明道《定性書》為周子“孔顏樂處”之擴張。闡發濂溪及明道、伊川一脈融貫。
然而，好景不長。不久，“輕佻不可以君天下”的徽宗，將年號改為“崇寧”，言即心為繼承神宗當年推行的王安石之“熙寧變法”。徽宗任用蔡京為宰相，蔡京創立講義司，利用中央政權對思想學術進行嚴密的專製統治。
這時，王安石的新學又被蔡京等人篡改為打擊舊黨及一切異己的思想武器。程頤是元祐學術、政治的代表人物，自然被列為打擊的重點目標。
崇寧二年（1103年）四月，範致明上書論程頤“入山著書乞覺察”，奏書打著先王、聖人的旗號，將洛學說成是“私議”、“邪說”，並要求像孔子誅殺少正卯那樣處置程頤。奏書咄咄逼人地說：
“臣聞私議害國，私智非上，先王之所禁；而邪說誣民，處士橫議，亦聖人之所不容。謹按：通直郎致仕程頤，學術頗僻，素行譎怪，專以詭異聾瞽愚俗。……勸講經筵則進迂闊不經之論，有輕視人主之意；議法太學則專出私見，以變法神考成憲為事。……未嚐心伏前日之罪。穎洛之凡庶節操不立之徒往往為先生弟子，名目標置。朝廷有大政令，則其徒更唱迭和，指而議之，敗壞風俗，莫此之甚！真鄉原之亂德，治世之奸民也。原其罪惡不在鄧析、少正卯之下。此而不治，何以純一道德？”（李心傳：《道命錄》卷二）
這個充滿火藥味的奏書，簡直是絕妙的荒誕劇。二程理學本是要學為聖人的，此時程頤卻被強加上“鄉原”、“奸民”等莫須有的罪名。
四月三十日，聖旨下，程頤被“追毀出身以來文字，除名，其入山所著書令本路監司常切覺察”（同上）。朱熹在《伊川先生年譜》中對此事發生的原因進行分析解釋道：
“崇寧二年四月，言皆論其本因奸黨論薦得官，雖嚐明正罪罰，而敘複過優。今複著書，非毀朝政。於是有旨追毀出身以來文字，其所著書令監司覺察。”（《伊洛淵源錄》卷四）並勒令他解散學館，不許他再行聚徒講學。
接著，蔡京對思想學術的迫害進一步擴大升級。七月，講義司奏言：
“泗州姚孳乞天下之士皆不得在外私聚生徒，即使邪說詖行無自流行。看詳。若不帳外私聚生徒，即不係置學之處，子弟無從聽讀，難以施行外，其邪說詖行非經賢之書及元祐學術政事，不許教授條禁。欲遍行曉諭，應私下聚學之家並仰遵依，上條取進止。”（同上）
七月十三日，朝廷下詔：“元祐學術政事不許教授指揮。”此後，朝廷又多次下過此類不得以元祐學術政令教授學生的命令，並多次詔令燒毀元祐學人的書籍版印，而首當其衝的則是“三蘇”、黃庭堅的蜀學著作。自秦以來，專製政權對學術思想的禁錮手段，大多如此。而蜀、洛二學在元祐年間相爭不已，此時卻同遭厄運了。
八月，朝廷頒布了元祐黨人的姓名，並下監司長吏所刻石。在株連的97人中，程頤以“死黨餘官”，位列第二十三。於是，又有言者論伊川先生聚徒傳授，乞禁絕。
迫於形勢的壓力，也是為了保護同仁，程頤隻得遷居到伊闕（龍門）之南，還遣散了四方學者。但他並沒有讓學生們放棄自己的理想和學術，而是告誡弟子們：“各尊所聞，行所知可矣，不必及吾門也。”（《道命錄》卷二“崇寧二年十一月”）以減少無謂的犧牲。
崇寧三年（1104年）六月丁已，徽宗下詔將所謂元符奸黨統統劃歸為元祐奸黨。徽宗“親書刻石於文德殿之東壁，又命蔡京書而頒之天下”（《道命錄》卷三）。徽宗和蔡京皆為曆史上著名的書法家，他們親寫的“元祐奸黨名錄”定有很高的藝術價值，可惜，沒有保存下來，今天無法賞閱到。