在風聲鶴唳中，程頤始終堅持筆耕不輟。其理學體係的代表作《書解》、《詩解》、《春秋傳》、《論語解》、《改正大學》、《伊川易傳》等，都在此間完成。他在《春秋傳》的序言中說：
“自從秦代以後，《春秋》的學術不再流傳，我為聖人的誌向不能被後代的人理解而哀傷，所以寫作《春秋傳》以闡明它，使後來的人通曉其文字而求得其義旨，懂得其用意而體現其作用，三代的盛況就可以恢複。這部《春秋傳》雖然沒有能夠窮盡聖人蘊藏書中的深奧道理，大體上還能使學習者獲得一個入門的途徑。”
崇寧五年（1106年），程頤自伊川鳴皋遷往嵩縣陸渾山（程村）。以前有很多人請求程頤傳授《伊川易傳》，他就是不肯。如今，在這種草木皆兵的形勢下，程頤擔心其《伊川易傳》有可能失傳的危險，乃扶病軀將此書傳授於程門高足尹焞、張繹。程頤對《易》學的貢獻之一，就是從理論上論述了性理與象數的體用一源、顯微無間的關係。用《二程遺書》記載程頤的話說則是：
“有理而後有象，有象而後有數。《易》因象以明理，由象以知數，得其義則象數在其中矣。”
其嫡傳弟子尹焞也如是說：“先生平生用意惟在《易傳》，求先生之學者，觀此足矣。”
隨著執政權勢的穩固，元祐黨人其實已經所存無幾，黨禁自然開始鬆馳。再加上崇寧五年二月蔡京首次罷相，三月程頤也官複通直郎後退休。隻是不久，風燭殘年的他又由於風、寒、濕等侵襲其肌體，導致肢節疼痛、麻木、屈伸不利，患上了可惡的風痹症，但他仍堅持與疾病作鬥爭。哪怕是彌留之際，還念念不忘指點學生。當他聽到門人說：“先生平日所學，正今日要用。”他十分吃力地以微弱的聲音對門人說：“道，吾用便不是。”門人正準備退出，隻聽見“哎呀”一聲，程頤便撒手人寰了。時為大觀元年（1107年）九月十七日，享年75歲。
由於大觀元年春正月，“以蔡京為尚書左仆射兼門下侍郎”。再次實行草木皆兵的政策，一些政客生怕自己惹禍上身，不敢前往吊唁。朝中隻有哲學家邵溥星夜悄悄從洛陽趕來，“素衣白馬”致祭。
就這樣，一代理學大師程頤死後，僅在門生張繹、範域、孟厚、尹焞四人的張羅下，草草葬於今伊川縣城西1.5公裏處的白虎山下之伊川先塋。
尹焞是程頤晚年的得意門生，程頤對他寄予厚望。程頤曾言：“我死而不失其正者，尹氏子也。”（《伊川淵源錄》卷十一）
程頤的確有先見之明，尹焞在理學南行方麵立下了汗馬功勞。靖康二年（1127年），金兵攻陷洛陽，尹焞闔家被害，他死而複生，輾轉於長安山穀中。
後來，劉豫建立偽朝，禮聘尹焞，尹焞聞訊後夜渡渭水，逃至四川涪州，後在武信尋找到了《伊川易傳》的全本。他因此致力於理學的研究與傳承。
紹興五年（1135年），尹焞被召為崇政殿說書，至九江，時值諫官陳公輔上書攻擊程學，尹焞為維護師門聲譽，堅辭不入朝，後在高宗的勸慰下方勉強就職。尹焞在經筵，為提高理學的地位做了很多努力。後因反對議和，得罪了秦檜而致仕。（《宋史·道學傳》及《宋元學案》卷二十七《和靖學案》）
高宗時，在經筵者多為理學家，如楊時、尹焞、胡安國、朱震（上蔡門人）、範衝（祖禹之子）、張九成（龜山門人）等。他們形成了一個集團，為理學的發展做出了很大貢獻。
作為我國思想史上占有重要地位的兩位哲人，二程兄弟身後與其父程珦埋葬在一起。原來在宋哲宗時，為示尊崇程顥，特賜墳地祭田212畝，並建祠追祀，以後各代亦屢有整修，形成規模。
二程墓坐北向南，平麵略呈長方形，東西長205米，南北寬137．5米，總麵積約50畝。墓園包括程墓和程祠兩部分。祠廟在前，墓塚在後，四周有圍牆。園內有古柏500餘株，蒼勁挺拔。墓園西北角為程氏三先生墓塚，呈品字形排列，上為二程之父程珦墓，左為程顥墓，右為程頤墓。墓前均豎有墓碑一通。墓前神道兩側置有明代增設的石刻儀仗石人、石獅、石羊等，多已殘損。墓前祠廟內有大殿、卷棚、東西廂房各3間，均為近代建築，祠院內兩側分別豎立有明清時期的重修碑四通。
二程墓園雖曆經千年風雨滄桑，但在當地政府、人民及程姓裔孫的保護下，其古建築、文物、自然景觀基本完好。近年伊川縣又投資800萬元，改造重建，並於園南辟地40餘畝，新建二程文化廣場，內建牌樓石坊、廊亭碑刻，錯落有致，廣植花木，四時常青，與著名之龍門石窟相輝映，是古都洛陽又一旅遊亮點。
2005年，二程後裔們在二程文化廣場中心樹立了二程夫子青銅塑像，銅像身高4米，基座2.5米，總高度6.5米，以古樸端莊自然的造型麵對正門：程顥居左，笑容藹然，使人感受“如坐春風”的氛圍；程頤居右，頷首傾聽，神色端肅，讓人想見“程門立雪”情景，神情畢肖，栩栩如生。他們身著儒服，並肩而立，猶如漫步於新建的“伊皋書院”，步履安詳，喁喁交談，話家常，探學術，談心得，以一派學者風度笑迎八方遊客，垂顧程姓裔孫，其栩栩如生的氣質攝人心魄。而且碑文上的二程簡介中，赫然寫著“湖北黃陂人”。
程顥、程頤在世雖然曆盡磨難，但逝世後卻身價百倍。他們所創建的“天理”學說在中國古代思想史上具有重要地位，對我國古代政治思想和哲學思想都產生了重要而深遠的影響，並受到了後世曆代封建王朝的尊崇，以致逐步演變成為我國古代封建社會後期近千年的占有統治地位的思想。
宋寧宗嘉定十三年（1220年），賜諡程顥為“純公”，程頤為“正公”。理宗淳佑元年（1241年），又追封程顥為“河南伯”，程頤為“伊陽（或伊川）伯”，並“從祀孔子廟庭”。元明宗至順元年（1330年），又下詔加封程顥為“豫國公”，程頤為“洛國公”。明景泰六年（1455年），詔令二程祠以顏子（即顏淵）例修建，規製比於闕裏，前後殿廡齋室等房共六十餘間，祭文稱頌二程“闡明正學，興起斯文。本諸先哲，淑我後人”。
清康熙元年（1662年），詔令二程（程顥、程頤）後裔流寓他方者，除正額外，概行豁免雜派差徭。康熙二十五年，二程進儒為賢，位列孔子及門下、漢唐諸儒之上；次年康熙皇帝又賜給兩程祠“學達性天”匾額；四十一年，朝廷決定每年給祭銀四十兩，支給門子二名。乾隆十六年（1751年），皇帝派使臣禦祭二程，祭文稱“道光豐石，功著遺經”，“學本誠明，性方成大”，是百世的“真儒”和“哲人”，先後撥給祭田共690畝，讓程頤的二十五代孫五經博士程奉箴隨駕到曲阜祭祀孔子。
在二程的故鄉黃陂，在北宋年間便建有紀念性建築“清遠亭”，後更名為雙鳳亭，作為“中國名亭”入編《中國名勝大辭典》；到了明景泰年間，又在在二程昔日讀書的魯台山腳下，修建了一座形若飛鳥的建築物二程祠，後更名二程書院、望魯書院（學堂）和師範學堂，成為培育黃陂精英的搖籃。眼下，當地政府又斥資恢複重建程鄉坊等，再現昔日“魯台望道”、“花柳前川”等景觀。