一般羥基蒽醌類衍生物及其相應的苷類在植物體內多通過羥基或羧基結合成鎂、鉀、鈉、鈣鹽形式存在，為充分提取出蒽醌類衍生物雜質，必須預先加醋酸酸化使之全部遊離後再進行提取。劉玉魁等在提取過程中，首先對蘆薈粉末進行酸化，根據蒽醌苷類與遊離蒽醌衍生物在三氯甲烷中的溶解度的不同，用三氯甲烷充分提取，再經醇沉、鉛鹽沉澱和重結晶，得到蘆薈苷粗製品，最後經Sephadex LH-20凝膠柱，以葡聚糖凝膠分子篩結合層析，以70%甲醇溶液洗脫，最終得到淡黃色蘆薈苷結晶。
周建青等用乙醇和水作提取劑，研究了蘆薈中總蒽醌類化合物的提取條件。結果表明，提取劑的濃度越高，越有利於蒽醌類成分的提取；最佳提取條件是以95%乙醇為溶劑，提取時間1.5h左右，提取溫度80～90℃。影響蒽醌類成分提取率的因素順序為：溶劑濃度＞提取溫度＞提取時間，色素和光照也有一定的影響。
現在，層析法和其他一些新型分離手段也在蘆薈苷的分離提純中得到應用。
孟雲等對蘆薈中蒽醌類化合物進行研究，利用聚酰胺、矽膠柱色譜，結合溶劑分配及重結晶技術，從蘆薈葉液汁的濃縮物提取物中分離得到6種蒽醌類化合物，經波譜和化學方法鑒定，發現有蘆薈大黃素、大黃素甲醚、大黃酚、大黃素和大黃酸，另外還發現一種新的蒽醌類化合物，該物質為黃色晶體（乙醇）。EI-MS：m/z 342[M+]，HR-negative-MS顯示其精確值為341.0666([M-H]-)，從而確定其分子式為C18H14O7；IR(KBr)顯示在3437、1736、1674、1628、1569、1480、1454、1385、1274、1210cm-1等處有最大吸收，說明分子中存在羥基、酯碳基、酮羰基、共軛與非共軛的酮羰基等特征官能團；UV(CHCl3)顯示在432、288、278、258nm處有最大吸收，說明具有1，8-二羥基-9，10-蒽醌結構特征。再經1H－NMR和13C－NMR分析，最終確定其結構為：1，8-二羥基-9，10-蒽酮-3-甲基-（2-羥基）丙酸酯。其結構式如下。
孟雲等將2.5kg蘆薈葉汁濃縮物用10L酸性氯仿提取4h，重複操作，濃縮提取液。將濃縮液溶於質量比為1∶1的乙醇與水混合液，然後依次用正己烷、氯仿分別萃取。將199g氯仿提取物，經聚酰胺柱色譜梯度洗脫(環己烷－苯－氯仿－丙酮－甲醇)，然後對不同極性部分濃縮後再進行矽膠柱色譜分離。經多次色譜分離後，得到300mg蘆薈大黃素、40mg大黃素甲醚、45mg大黃酚、55mg大黃素、20mg大黃酸和35mg新蒽醌類化合物，即1，8-二羥基-9，10-蒽酮-3-甲基-(2-羥基)丙酸酯。
劉玉魁等根據蘆薈中所含蒽醌苷類與遊離蒽醌衍生物在三氯甲烷中的溶解度的不同，提取蘆薈中蘆薈苷，再精製得到蘆薈苷純品。將風幹後的蘆薈粉末，加三氯甲烷回流提取，振搖，趁熱過濾，遊離蒽醌衍生物溶入濾液中，而蒽醌苷則留在殘渣中。殘渣揮幹三氯甲烷後，將其置於索式提取器中，用95%乙醇水浴回流提取，趁熱過濾。棄去濾渣。向濾液中緩慢加入5%氫氧化鉀溶液，攪拌，調節pH至9～10，靜置30min，使蒽醌苷的鉀鹽沉澱，過濾，沉澱以95%乙醇洗滌3次，置真空幹燥箱中，在0.8MPa，60～70℃狀態下，減壓幹燥，得總蒽醌苷的鉀鹽。再加入95%乙醇，使沉澱懸浮於乙醇中，緩慢加入冰醋酸，調節pH至中性，水浴加熱，趁熱抽濾。濃縮濾液，加醋酸鉛試液，振搖混勻，待沉澱不再繼續出現，過濾。將沉澱懸浮於水中，以H2S脫鉛，過濾，濾液用1%氫氧化鈉調pH至中性，重結晶，過濾，得到粗製蘆薈苷晶體。經Sephadex LH-20凝膠柱，用70%甲醇溶液洗脫，依次得到：蘆薈大黃素雙葡糖苷、大黃酚葡糖苷、蘆薈苷等。
黃丹鳳等采用高速逆流色譜(HSCCC)和矽膠柱色譜結合的方法，從蘆薈幹粉中分離製備了高純度的蘆薈苷A(純度為98%)和蘆薈苷B(純度為96%)樣品，並采用快原子轟擊質譜(FAB-MS)和核磁共振氫譜(1H-NMR)以及GOESY(gradient-enhanced nuclear Overhauser effect spectroscopy)等方法對所得的兩個蘆薈素異構體的立體構象進行了確認。