阿密達到達懷慶，蔡祿不出城迎接。人城後，阿密達直奔蔡祿衙署，他的部下施放箭矢、火炮抗拒。阿密達率部衝進衙署，將蔡祿父子及其侄蔡鼎席與同謀者一並擒獲，於四月二十四日，押解北京。聖祖對此非常高興，表揚阿密達說：“你此行不過十天，就辦成了這件事，阻止了一場叛亂，朕探為欣慰，但人命至關，需審實罪由，方可正法，不要株連無辜。至於所獲入口，可散給士卒，應重賞受傷人員，以示鼓勵。竹阿密達奉命審訊，獲取了足夠的證據。他們供認，曾幾次派人與楊來嘉聯絡，謀劃投靠吳三桂；還計劃，如清兵來懷慶，關閉城門抗拒，突圍往太行山據守。聖祖據此罪狀，定成死罪，將蔡祿父子、侄兒和同謀者都處斬，其餘“概不株連”。河南懷庚地區緊靠畿輔，鄰接秦、晉、齊、楚，屬“四達”之地。蔡祿與楊來嘉相結，如“撲滅不早，則中州騷動，兵民為不寧矣！”聖祖夕發諭旨，即令速行，為內外所不知。阿密達突然至懷慶，叉出蔡祿之不意，未等他部署抗拒，措手不及之際，就束手被擒，麵“撫定其一軍”，百姓無惶憂，“亂萌銷遏”，從而”大江南北安堵如故”。捉獲蔡祿父子，也消除了清朝的一次政治危機。的確，皂此事件後，在北京地區再沒有發生叛亂的事件，這就保證了後方的安定，以便傾全力平息吳三桂的叛亂。
京城內楊起隆與近畿輔地區蔡祿父子的兩次謀叛事件，深深地震動了清朝統治集團，時時有一種危機感襲來，使它無法安枕。而這一切，都是吳三桂帶來的災難性後果，已經危及到它的生存。聖祖和大臣們對吳三桂的痛恨有增無減。這種切腑之恨很快就轉到了他的兒子吳應熊身上。楊起隆等人的括動，卻使聖祖和他的閣臣們警覺起來，十分害怕再次發生這類事件。由此又想到了吳應熊留在京城，終究是個隱患，倘若他與其父賠通消息，危險會更大。
此時，吳應熊已被拘禁。然而，鑒於楊起隆一夥敢在京城內起事，使朝廷很快意識到，吳應熊的存在，是一個巨大的禍害。於是，便對他動了殺機，必欲除之而後安！三月九日，兵部尚書王熙上奏疏，“請誅逆子”，其奏文大略如下：
逆賤吳三掛負恩反叛，肆虐滇黔，毒流蜀楚，散布偽紮，煽惑人心，今大兵已抵荊南，克期進剿，元凶授首在指日間。獨其逆子吳應熊，素憑勢位，黨羽眾多，撞利散財，蓄養亡命，依附之輩，實繁有徒。今既被羈守，凡彼匪類，蔓引瓜連，但得一日偷生，豈肯甘心受死！即如種種流言，訛傳不止，奸謀百出，未易固防。大寇在外，大忘在內，不早為果斷，貽害非輕。為今之計，惟速將應熊正法，傳旨湖南、四川諸處，老賤聞之，必且魂迷意亂，氣阻神昏；群賊聞之，內失所援，自然解體；即兵士、百姓聞之，公義大激，勇氣倍增。至應熊親隨人等，係累之中，益在無黨，聞發刑部者不下五六百人。人眾則難防，時久則易玩。速敕法司，訊別情罪，重者立決，次者分培各旗，消除內變之根源，掃蕩逆賊之隱禍，淘今日第一要著也。
吳應熊是聖祖的姑夫，為皇室外戚的直係親屬。王熙請殺應熊，實為國家安全計，否則，誰有膽量敢索要皇帝至親人的命！他提了奏請，決不是他一人的主張，可以說，代表了朝廷大臣們的普遍要求。聖祖明白，吳應熊問題的嚴重性質，他探體王熙等的奏請，忠誠可嘉，一心為國家，此中並無任何私人成見口所以，他一點也不怪罪他們。但要他下令處死自己的姑夫，卻不是件容易的事。且不說如何對得住列祖列宗，就是對自己的還年輕的姑母如何交代？處死吳應熊，讓姑母守寡一輩子，讓她承受巨大的痛苦，他這個當皇帝的親侄兒，於心何忍！但吳應熊事關國家根本利害，又不能等閑視之。他在矛盾的心情中沒有作出決定，他要反複考慮，才能從感情的羈絆中解脫出來口但群臣的一再奏請，這使他加快作出最後的裁決。繼王熙之後，對朝政具有最高議決權的議政王大臣會議完全支持他的意見，屢次要求速將吳應熊正法。聖祖無法再拖延下去，他在要大清江山還是要吳應熊二者之間作出了最後的選擇，同意將吳應熊處死。聖祖為此特下一道諭旨，說：“吳三桂以梟獍之資，懷狡詐之計陰圖不軌，自啟釁端，藉請搬移，則行叛逆，煽亂奸宄。荼毒生靈，極惡窮凶，神人共憤！”聖祖的憤恨之情，溢於言表。接著，他又說下去：“朕思亂臣賊子，孽由自作，刑章具在，眾論僉同，朕亦不得而典貸之也。”他本想照廷議，將吳應熊及其長子吳世霖等人都淩遲處死，但又想到吳應熊久在京師人侍，不忍心加以殘酷刑法，予以寬大處理，隻將吳應熊與長子吳世霖絞死，其餘諸幼子免死，沒人官，其他有關重要人犯，分別正法。還有一些有牽連的，隻要能寬大的，聖祖都盡量予以寬大不究。在聖祖思想深處，不能不慮及吳應熊必竟是他的姑父，處死他們父子，他的心情不會是平靜的，他的姑母更不會無動於衷。
吳三桂在起兵時，已經考慮到他的兒子吳應熊的安危，或存僥幸心理，誤以為聖祖不敢加害他的兒子，必以吳應熊為人質，作為將來要挾他的一個籌碼呢。吳三桂又一次錯誤地估計了聖祖。兒子與孫子被絞死了，他們都做了朝廷與吳三桂之間政治鬥爭的犧牲品。
吳應熊父子被處死的事，由朝廷發布公告，通告全國。吳三桂得到這個不幸的消息時，正在飲酒，霎時，臉色大變，不禁手發抖，杯子放了下來，淚水悄悄地湧出了眼眶，悲愴地說：“今日真是騎虎啊！”他的意思是說，騎虎難下。吳三桂這個人，一貫“善持兩端”，左右逢源，進退有據。他造反後，頗有點後悔，有過“下虎背”的念頭。而現在他的兒孫被誅”已表明朝廷同他勢不兩立，必欲消滅他而後罷兵。到了這步田地，他騎在“虎背”上還能下來嗎？所以他才口吐真言。說出騎虎難下之意。果如兵部尚書王熙所料，處死吳應熊，骨肉被殘，這對一個年過六十歲的老人來說，精神受到了一次巨大而沉重的一擊。他第一次意識到，他為保全自己的利益，已經開始付出血的代價。將士的鮮血，他並不吝惜，而自己的骨肉付出生命與鮮血，就是對他稱周王的代價！在聽到這個消息的一瞬間，他的精神幾乎到了崩潰的邊緣。他的內心充滿了痛苦，由此而引起他對前途的惶惑，他似乎感受到了一種不祥，在此後的日子裏，這種不祥時時在向他逼近。盡管如此，他還是不甘心向命運屈服，他沒有別的選擇，隻能沿著自己的道路走下去，走下去……
吳三桂起兵僅三個多月，已領有滇、黔、楚、蜀四省，事情並沒有到此結束，不久，福建、江西、浙江、廣東、陝西等省或地區相繼叛清，越過了河南、河北，直刺清朝的心髒北京，更遠至長城以北，也燃起了叛亂的烽火。此次叛亂，發展之快，來勢之猛，波及之廣，規模之大，都是空前的。如何看待吳三桂發動的這場戰爭，確實是一個值得重視並需要回答的問題。事實表明，這場動亂，已遠遠超出吳三桂個人與朝廷的利益之爭。從廣泛的意義講，它顯示了漢民族同異民族統治者的再次大較量。因為參加和響應吳三桂起兵的，無一例外都是漢人，其主要成份或骨幹，都是原明朝降將、李白成、張獻忠、鄭成功餘部及南明殘餘部屬。兵士也是漢軍，並吸收了當地漢人百姓參加。他們跟吳三桂有聯係，很多人卻絲毫無聯係。他們不喜歡異民族建立的這個新政權。事變後，據清官方統計，”逆臣竹共有二十六人，其中二十人是明朝降清武將，其餘六人並未作過明朝的官，有兩人還是清初進士呢。又據統計，各省布政使以下文職，“從賊官”五百二十三員。這就是說，原明官、漢人成了這次事變的主要參加者和維織者。清入關雖已三十年，而人們對這個新主人仍存有疑忌，不願接受這一無法改變的現實。當有人——一個有名望的人，敢於率先行動，他們就會隨之而行動起來。吳三桂就扮演了人們所希望出現的角色，故他振臂一呼，萬人響應。
廣西地接雲、貴，形同一體。三桂一發難，聖祖就想到了廣西，力圖固守，以牽製和阻止叛軍北進。他毫無遲疑地任命孔有德的女婿孫延齡為“撫蠻將軍”，令其堅守。他以為加恩重用，孫延齡必能忠於朝廷，不會發生變故。他不時地關注廣西方麵的軍情。康熙十三年二月二十一日，他還給孫延齡、都統線國安、巡撫馬雄鎮、提督馬雄等廣西軍政要員發出指示：“保固粵西，惟你們是賴。今大兵已抵武昌，倘賊犯武阿（湖南武岡）、寶慶（湖南邵陽），你們即率所部官兵，進捌叛軍之後，大兵迎擊於前。量此逆醜，自可克期撲滅。你們身在地方，必有確見，要同心協力，謀定而後行動，以不負朕倚任之至意。事平之後，自將帥以至卒伍，朝廷都不吝重賞。凡有機密軍情，可報告給寧南靖寇大將軍勒爾錦。”聖祖的指示，表達了朝廷對他們的重托和殷切希望。他具體地指授了方略，要他們搗吳三桂軍之後，而清援軍迎擊於前，兩下夾擊，以消滅叛軍於湖、粵之間。但吳三桂的戰略出聖祖意料之外，他擻下武岡、寶慶等地，直奔沅州、常德一線。清軍增援也遲遲沒到，聖祖的計劃隨之落空。即使如此，如果孫延齡堅守住廣西，對吳軍的後方將構成一重大威脅。