康熙十三年三月十五日，耿精忠在福州宣布同清朝脫離美係，自此以後，視清朝為敵國，同它鬥爭到底。
耿精忠屬下諸將官都隨他叛變。地方大員也多投降，惟有福建總督範承謨是否支持他起兵，他沒有把握。因為他知道範承謨為人正直，為官清廉，對朝廷一向忠順不貳，如得知他背叛朝廷，他真不知範承謨持何種態度。範承謨是清初最著名的文臣範文程的次子，追溯遠祖，可追到宋代的範仲淹。他們是名門後裔，從小就受孔孟的嚴格訓練和教育，忠君報國，清廉做人，已成了範氏家族的傳統。範承謨從小就受到良好時家庭教育，於順治九年中進士，初任席吉士，升至秘書院學士。康熙七年，授外職，出任浙江巡撫，勵精圖治，吏治為之廓清，深得百姓愛戴。妊職三年，因病請求解除職務，朝廷已允，當地百姓紛紛要求他留任。聖祖接受請求；讓他繼續留杭州任職。康熙十一年十月，聖祖還是把他調離杭州，提升為福建總督。聖祖知他為官清廉，品學純正，才大膽提拔他。他想辭去，聖祖不允。要求進京覲見，陳述病情，於十二年七月，回到北京。聖祖召見了他。詢問病情，即命禦醫到他家中給他治病，賜藥餌，關懷備至。他的病稍好，聖祖就催他盡快上任。行前，聖祖情長意深地說：“閩海海氛未靖（指鄭氏），地方困苦已極，為天下第一煩劇要地。卿廉能泰著，亦為天下最，故特倚任。”。賜給冠服、鞍馬，以示朝廷隆恩。
福建總督原駐漳州，因為將要撤藩，命移駐福州。範承謨到福州不多日子，就爆發了吳三桂叛亂。他觀察耿精忠，看出他“有異誌竹，時加防備。他曾報請朝廷，要到沿海地區巡曆。他的目的，是脫身離開這裏，萬一情況有變，便於及時征調兵馬。此事還沒有定下來，耿精忠就發動了叛亂。
事先。馱精忠已謀劃好，就在三月十五日一大早，派手下人到範承謨的衙署請他有要事相商。來人照耿精忠編好的一番話，說：“王守製數月（指精忠的父親剮去世，他守孝日期未滿），未親理軍務，今有海寇遊蕩，乘雲南多事，萌發窺我之心，訛言四起，眾情深惑。王今新接到固守地方的命令，不敢以私心廢棄公事，願與諸公會商護內防外之策。因為喪服未釋，不便親來就教，敬遣下員促駕前來。”不一會兒，福建巡撫劉秉正來約他同行。劉是漢軍正紅旗人，初為直隸雞澤縣知縣，順治九年授雲南道監察禦史。此後升遷很快，到順治十六年已升至寧夏巡撫，康熙五年補福建巡撫。耿精忠在謀反叛時，他參與其事，因為他已暗從耿精忠謀反，耿精忠怕範承謨不來，特令劉約他同來，以消除範承謨的戒心。範承謨就問他，所商何事？近有何消息？秉政支吾不清，用別的話來掩飾，承謨心中頓生疑竇。他早將生死置之度外，坦然應允，同劉秉政騎上馬，並轡而行，一直入耿精忠府第，他感到氣氛不對，隱然有一種殺氣。他自知已陷虎口，勢無退理，便挺身上前，昂然而入。
耿精忠哪裏是跟他“議事”！他把範承謨騙來，是要他表態支持叛亂的。他一到議事廳，耿精忠的黨徒就亮出刀刃，一派殺氣騰騰。耿精忠要他做出選擇，要麼降、要麼死。範承謨見此情景，義憤填膺，罵不絕口，耿精忠下令，當場把他逮捕。有一二名士卒不認識範承謨，上前誤把劉秉政的胳臂抓住。其黨羽馬九玉急忙申斥：“不幹巡撫事！”劉秉政低頭無語，兩頰微紅。馬九玉一揮，令他退下，他惶恐斜趨而出。耿精忠見範承謨倔強，叫人把他押下去，關在一間土室裏，他絕食十天，沒有死。範精忠派巡撫劉秉政來勸降，一見麵，範承謨上前就是一腳，秉劉政沒提防，竟撲倒在地。範承謨笑著說：“逆賦本該死，我先奪其魄！”劉秉政被斥回，耿精忠又使人問他；“聽說你曾與杭州的水月和尚交遊，還記得他曾給你寫過什麼話嗎？”範承謨斥責說；“我家世代尊奉孔孟，忠孝大節，豈是死生所能奪！即使水月作過預言，也必以忠孝勸人，豈肯妄言禍福？你回去告訴你的主子。善自為計，不要取滅族之禍！”耿精忠囚禁了範承謨，連同他的家屬五十餘人，也都拘捕起來。
範承謨大義凜然，深深感染了他的部屬和看守他的人役。他的部屬，有一個叫張福建的，決心救他，持刀奪門麵人，斬殺數名看守士兵，終因寡不敵眾，力竭而死。看守範承謨的，有一個蒙古人，叫嘛尼，已受耿精忠“散騎鄖”之職，他有感於範承謨忠義，秘密救出範承謨，事情敗露。耿精忠十分惱怒，將他處以磔刑，嘛尼厲聲說：“我寧願與忠臣同死，不願與逆賊同生！”
耿精忠還不打算馬上處死範承謨，令人嚴加看守，百般折磨他。他被押兩年間，沒換過一件衣服，通身生蟣虱蚊蠅，任其鑽咬，蓬頭垢麵，疾病纏身；每天僅吃半盂飯，隻求速死！天天他都罵一陣，然後寫詩文，沒有筆硯，就用“燒桴存煤”，寫在牆壁上，有一篇“自序”。曆數身世，洋洋二千餘言……
耿精忠囚禁了範承謨，再沒有人敢反對他。如有不從的，馬上被處死。耿精忠大權在握，自稱“總統天下兵馬上將軍”，比吳三桂稱“元帥”自低一格。他效法吳三桂，蓄發易衣冠，改穿明朝服飾。私鑄錢。名曰“裕民通寶”。
他大封從叛的將領，以曾養性、白顯忠、江元勳為將軍；所屬佐領黃國瑞、林芳孫、廖廷雲、李似桂、護衛夏季旺、呂應計、長史陳儀、陳斌等一大批人，都加給新的職務，分授都督、總兵官等職。
耿精忠的反叛，進一步加深了清政權的危機。聖祖不能等閑視之，當機立斷，迅速作出反應，削其王爵，發通告致討：
逆賊耿精忠，庸懦無能，癡愚寡識，祗緣伊祖耿仲明航海來歸，太宗文皇帝念其投誠之功，特封王爵，寵眷優隆。世祖章皇帝定鼎燕京，複加委任，耷其統兵鎮粵，中道殞身。其子耿繼茂，叨恩承襲，兩鎮岩疆，恪其職守。朕眷懷勳裔，恩禮有加，及其病亡，萬深軫恤，特遣部巨，頒賜敕諭，俾耿精忠襲封王爵。自伊祖以及伊身，受恩三世四十餘年。在馱精忠抽祖父之奈勳冒朝廷之崇穆，自宜感恩圉報，殫竭忠忱。不意其包藏禍心，潛謀不軌。乘吳逆之變。輒行反叛，煽亂地方，罪惡昭彰。國法難宥，今削其王爵，遣發大兵進剿，指日蕩平，但憊其所屬官兵，廈地方官員軍民人等，或被逆賊迫脅。雖懷忠義，莫能自明，恐大兵一到，玉石難分，有能擒斬耿精忠，投獻軍前者，優加爵賞；或以兵馬城池納款者，論功敘錄；或力有不速，自拔束歸者，亦免罪收用；其原係所屬之人，見（現）為直隸各雀文。武官員者，概從寬宥，雖有父子兄弟見在福建者亦不株連，勿得心懷疑畏白罹法，負朕好生之意。
聖祖對吳三桂、孫延齡、耿精忠，以及對四川叛將的一貫政策是，把他們跟手下一般將卒、被迫“從逆竹的人區別開來，對為首的，堅決鎮壓，部下招撫，鼓威投誠，不株連；在策略上，采取既打擊、又招降的兩手策略，恩威並用。這在此後戰爭中，逐漸發揮出重大的作用。即使都屬叛亂頭子，聖祖也取區別的政策。他對耿精忠的叛亂，一麵派“定南將軍”希爾根統領大兵由江西、“平南將軍”賴塔由浙江、“平寇將軍”根特巴圖魯由廣東等三路進捌福建。“耿精忠殲滅，在於旦夕。”一麵用力招撫，使其悔罪歸順。聖祖把耿精忠同吳三桂明顯地區別開來。他把耿精忠與吳三桂做了一番比較，說：耿精忠“必係一時無知，墮人狡計，與吳三桂不同，故將吳三桂子孫正法，耿精忠在京諸弟，照舊寬容，所屬官兵井未加罪。”當時，耿精忠的兩個弟弟：耿昭忠、耿聚忠尚在北京，因耿精忠犯逆，國法難容，已把其兩弟並禁於一室，其屬下官員都“閑住”，不再任事。與對吳三桂的區別是，聖祖沒有處死耿精忠在京的諸兄弟。盡管派大軍進剿福建，仍“念其祖父宣力累朝，泊精忠之身，遽至覆亡，宗法斬絕，朕心深為不忍”，而“吳三桂乃本身投誠之人，背恩反叛，自取誅戮。耿精忠自祖父以來，受恩三世四十餘年，非素蓄逆謀，首倡叛亂者比。”他指示兵部，盡速“傳諭耿精忠，果能追念累朝恩德及伊父忠藎遺言，革心悔禍，投誠自歸。將侵犯內地海賊（指鄭氏兵）速剿圖功，即敕免前罪，視之如初。”
於是，兵部奏遣工部郎中周襄緒、原耿精忠屬下一等護衛陳嘉猷攜聖祖詔書至福建，招撫耿精忠。聖祖又指示進剿福建的賴塔等將領，不要因為派人招撫而延緩進兵，直至耿精忠投降為止，如不降，就堅決消滅！耿精忠既然反叛朝廷，豈肯輕易投降！聖祖派遣周、陳二人至福建，即被耿精忠扣留，對聖祖的招撫置之不理。
聖祖說吳三桂是“投誠之人”，實則是說他半路被迫加人清政權的，與清朝的關係不深。耿精忠與此不同，他的相父耿仲明是在清關外艱難刨業時代航海來歸的，與清結下了患難與共的至深關係。這一曆史背景，正是決定了聖祖對耿、吳采取了大同而具體又不同的政策，從而迅速分化瓦解了吳三桂的勢力，把他孤立起來，聚而殲之。