聖祖對耿精忠采取了招撫與鎮壓的兩手策略，他在派使臣去福建招撫的同時，已布置三路兵馬進征福建，命浙江將軍圖喇駐杭州，兼防海疆。至耿精忠叛變，全國的形勢，已是叛亂四起，清朝兵力不足用，不得不調取北部邊防的宣府、山海關等處兵馬，以加強進攻福建的兵力。
聖祖正在調集兵馬征討，耿精忠已經開始了軍事行動。他與吳三桂約定。雙方配合作戰，他主攻鄰近的江西、浙江兩省；跟廣東潮州總兵官劉進忠聯絡，令其煽亂廣東、廣西；遣使渡海，約台灣鄭錦政權進攻大陸，許以福建南部沿海郡邑割歸鄭氏政權；又南聯琉球王國，索取軍需，以為外援。耿精忠的這一戰略，點燃了東南沿海的熊熊戰火。他還未出兵，已向所屬府州縣和外省份發起兵的檄文，使福建全省頓時陷入混亂，迅速渡及浙江、江西、廣東等鄰省。地方守土軍政官員紛紛響應。從康熙十三年五月到年末，沿海各處叛變的消息不絕於清朝官方的報道：
五月，浙江平陽（今仍名）兵變，總兵官蔡朝佐被擒；
六月，浙江溫州所屬羅清營相繼降精忠；黃隕（即黃岩，屬浙江）總兵官所屬太平營亦變；
七月，江西饒州（都陽）營兵變，“賦勢猖獗”：
寧海、象山、新昌、餘杭（均屬浙江）四縣“賊眾蜂起”。
耿精忠叛清，為吳三桂開辟了東線第二戰場，形勢變得對吳三桂更加有利。耿精患的軍事行動，首先從福建省開始。他派曾養性、白顯忠、江元勳等為將，分別占據本省中部和偏北部的延平（今南平）、邵武（今仍名）、福寧（今霞浦）、建寧（今仍名）、長州（今長汀）各戰略要地。未進兵的地區，凡檄文所至，紛紛響應。很短時間，福建全省皆叛歸耿精忠。
接著，耿精忠出兵江西、浙江。他以白顯忠為將出西路，攻江西。白顯忠派出部將李連、李太等進犯建昌（江西南城）、廣信（江西上饒）等地。
以馬九玉為將，出仙霞嶺中路，進攻浙江金華、衢州（今衢縣）等地。
以藩下都統曾養性率部萬餘人為東路，攻人浙江，專攻沿海地區。曾養性是沈陽人，順治時。初從耿氏征廣東，歸其藩下。康熙十一年，授為藩下左翼總兵官。耿精忠叛變，他是主要參與和策劃者之一。此人十分驍勇敢戰，探為耿精忠所倚重。起兵時，封他為都督。他奉命攻人浙江，先至平陽（今仍名），該城遊擊司定猷獻城降，合兵後，渡飛雲江（今仍名），圍瑞安，攻不下，轉赴溫州。守城總兵官祖宏勳迎降。耿兵勢大振，聚兵十萬，揮眾北上趨台州（今臨海）地區，破樂清（今仍名），長驅下天台、仙居（今仍名），北上取紹興府屬嵊縣（今仍名）。他聯絡寧海、象山、新昌、餘姚（均稱今名）”土寇”，授予其首領魯朝全、褚楚白等人為總兵官、都督，指使他們騷擾紹興、寧渡。他分遣部眾攻金華，自率一部取黃岩（今仍名），該城總兵官阿爾泰降。他又西進至常山，率兵二萬，二次進擊衢州。到康熙十四年初，曾養性橫行浙江，攻勢達到了頂點！清軍不惜一切代價，與耿藩叛兵展開了激烈的爭奪。
台灣鄭氏政權，從鄭成功到他兒子鄭錦，一直堅持奉明朝年號，力圖反攻大陸，恢複明政權，自感力不從心。正巧耿精忠起兵，很想借助鄭氏的力量來壯大自己的勢力，約他重返大陸，共同攻擊清朝。鄭錦和他的謀臣非常高興，把它看成是千載難逢的大好時機，便毫不遲疑地委派大臣馮國軒率上萬人馬，從福建沿海登陸，占領了漳州、海澄（海龍）、同安、紹安、泉州及建寧等處，有大小船一百餘隻，駐洛陽橋附近，招兵買馬，號召當地壯男入伍。
耿、鄭聯盟，為時僅數月，便歸於破裂。耿精忠以盟主自居，向鄭錦發號施令，封鄭錦為“大將軍”，派人進去敕印。鄭錦很不服氣，說：“靖南王乃食清朝的俸祿，且係明朝叛逆，為何封我鄭錦！”心中很是惱怒。鄭以其實力和占有地盤，自然不肯屈居耿精忠之下，何況他是明朝“叛逆”，麵自己是堂堂正正的明朝的海中孤忠，豈能受他敕封？他自感受辱。他們之間又在是否尊奉明朝的問題上加劇了矛盾，以至闞到公開指責的地步。進居漳浦、海澄的鄭錦的守將出示布告，在聲討清朝竊據中原的一段文字之後，先讚吳三桂“隱忍滇黔，生聚訓練，三十餘年如一日，合千萬姓為一家，靜候天時，暗奉嗣主（指朱氏後裔），孤忠可鑒，大義不磨”。布告又說，吳三桂遣官“密令～將軍致劄鄭、耿二王，共舉義師，扶嗣主，戮（努）力王室，恢複神州，中興之業已成”。緊接著就指責耿精忠自三月十五日“建旗之後”，頒發指令，“俱稱救旨”，皆用皇家專用的黃綾，“從不遵大明正統”。他既然“已無舊主之念”，怎能服萬姓之心！因此，“不旬月間，上下解體。”布告稱頌“鄭王”本與他為“兄弟之國”，能“克全名節”，是一般人難以做到的。他雖處海外孤島，而不剃發，“尊王朔”，“老存繼主”，可謂“忠孝凜然”。我們本願與耿王“屈體聯合”，“齊驅並駕”，不料耿王“妄自尊大”，把我等視為“附庸”，“僭竊尊號竹，已可見其人之心！布告中還提到，他們隻“遵照吳王原檄布，中興大義，惟鄭王為盟主，複我大明三百餘年之基業，澄清東南之半壁。”布告要求他們所占領的各邑郡文武官員紳百姓要“同思水木本源，共作王家柱石”。
布告反映了台灣鄭氏政權的基本立場。聲明不再與耿精忠合作，隻願與吳三桂聯合，共扶明後。恢複明朝基業。看來，鄭氏還不知道吳三桂已無意複明，限於交通不便，一時還得不到確切消息。耿精忠很擔心鄭氏與清兵的夾攻，便謀求吳蘭桂之助。吳三桂從他的利益考慮，當然不希望他們之間互相攻擊，就派禮曹錢點到福建做兩家和解的工作。此時，鄭氏方麵也已知道吳三桂的政治意圖，對吳開始不滿。鄭錦的大將劉國軒說：“吾家在海外數十年，稱奉明號，今吳號‘周’，耿稱‘申寅’所以，我帶兵來是要攻你們兩家的。如你們歸正奉明號，我不難進鎮江，上南京，否則你們兩家都是我的敵國！”因為吳、鄭、耿各持一端，各有企圖，政治目標不一，這就在反清的陣營中產生了不可調和的原則分歧。錢點無法化解鄭、耿的矛盾，連吳三桂一方與鄭氏的矛盾也解決不了，隻好灰溜溜地離開了福建。叛亂集團中的各派係的原則分歧，最終導致他們的徹底失敗。
當叛亂集團內部矛盾日益尖銳時，清朝方麵加緊了對耿精忠的軍事進攻。從康熙十三年七月以後，清兵在江西、浙江戰場開始取得進展，不僅頂住了耿部的進攻，連連取得了勝利，還收複了一些失地。
據清官方戰報：
七月，杭州將軍、都統喇哈達報：耿軍總兵閻標率部萬餘人，自溫州、處州進攻金華。清軍副都統鄂申巴圖魯親率滿漢官兵應戰，大敗耿軍，斬殺七千有餘、將官以百計，活捉閻標等以下將官一百七十二員。
八月，江西總督董衛國報；南贛總兵官劉進寶等擊敗耿軍，恢複石城（屬江西，今仍名）。
同月，一平南將軍”都統賴塔報：自七月十三日至十八日，清兵同進犯金華的耿軍展開激戰，共九次，大敗耿軍，收複諸簪、義烏（均屬浙江，今仍名）二縣。
浙江總督李之芳報；嚴州副將鮑虎督率官兵，一日六戰六捷，恢複壽昌（浙江金華西北）。又報：耿軍犯紹興府新昌縣（令仍名），被清軍擊敗遺沈。
參讚軍務護軍統嘎，《桑遏、副都統席布報：精忠令閩軍自建昌（江西南城）北進，與前來平叛的清軍在撫州（江西撫州市）遭遇。清軍把叛軍殺遇，獲得了勝利。
浙江總督李之芳報：已派遣“授剿總兵官”李榮率官兵血戰，斬殺一千餘人，乘勝恢複淳安縣（浙江，今仍名）。
在八月間，清兵還恢複了浙江的遂安縣（淳安縣西南）、嵊縣、東陽縣（今仍名）。在江西，則恢複了萬年縣（今萬年縣西）、崇義縣（今仍名）、撫州等地。
十月，“奉命大將軍”和碩康親王傑書報：福建“逆賦”一萬四、五千人犯遂安（浙江淳安西南），當地”土賦”王應茂等率部四千人，沿河傍山，遙為犄角。清嚴州（浙江建德東）剮將鮑虎統率官兵迎戰，擊斬精忠參將王師右等四員、兵士一千一百七十餘人，井乘勝追殺了二十餘裏。
康親王又報：精忠部將都督周列、總兵桑明等率部二萬由常山（浙江，今仍名）謀犯衢州，於九月十七日被清軍擊敗於焦園等地方，斬殺萬餘人。
“鎮南將軍竹民雅翰報：精忠部都督李大元等萬餘兵馬，屯駐南京（江西星子）崖口。他同副都統綽容托等於十月二十二日，率官兵將其擊敗，收複南康府，與此同時，清軍衛收複了萬載縣（江西，今仍名）。