康熙十三年二月初，王繼貞押解汪士榮到了北京，麵見聖祖，奏報事情經過，把吳三桂的信劄一並呈上。聖祖大喜，誇讚了他們父子一番，將飪士榮處死。聖祖對兵部指示說：
陝西提督王輔臣，久曆戎行，勞繢素著，近舉首反賊吳三桂所送偽劄，遣子奏聞，堅守臣節，益見忠貞，朕心深為嘉悅，前已有旨，事平之日，從優議敦。誇應即行加恩，以彰激勸。
當即授給王輔臣三等精奇尼哈番世職，授其子王繼貞為大理寺少卿。
王輔臣舉首吳三桂逆書以及父子晉級的事，卻激起張勇不勝憤怒：“我二人事同一體，你既想作忠臣，也應事先告訴我，以便共同商量後，派人進京報告。不想卻背著我，單獨獻忠於朝廷，這是叫朝廷懷疑我，豈不是出賣我嗎？我看你忠臣能作到什麼時候！”自此，兩人結下了矛盾，不能和平共事。
其實，張勇雖然沒有得到吳三桂的信劄（王輔臣並沒有把吳三桂的信劄轉給他），朝廷也不會輕易懷疑他的。不過，王輔臣事先不知照張勇，難免有道功請賞之嫌，張勇鬥氣，也是人之常情。恰巧此時，四川已叛，總兵官吳之茂派人給張勇進去勸降信，這回該輪到他立功了。他在同年三月，把來使同“逆書”一起上交給聖祖處理。聖祖大為稱讚，“命從優議敘”。
王輔臣父子舉發吳三桂“逆書”，促使聖祖對陝西方麵警覺起來。十分重視這一地區的防務。他感到有必要派一得力大臣前去總攬一切事權，應付可能發生的緊急事變。他選中了刑部尚書莫洛，授以全權，經略陝西。聖祖在向吏、兵兩部解釋這項任命時說，陝西是邊陲重地，西控番、回，南通巴蜀，幅員遼闊，素稱“岩疆”。“逆賊”吳三桂煽亂滇、黔，四川從逆，而山西“地處鄰封”，恐有“奸徒”搖惑，以至人心不寧。雖有督撫、提鎮等官恪盡職守，但軍務繁重，必須派遣一大臣，“假以便宜，相機行事，方可綏靖內外，保固邊疆。”他認為刑部尚書莫洛曾任陝西總督，深得當地軍民之心，熟悉當地情況。因此，他決定特授經略，率領滿兵駐紮西安，會同將軍、總督一起製定有效措施。他規定，巡撫、提鎮以下各將官，“悉聽節製”，兵馬糧餉也都昕他調撥，“一切應行事宜，不從中製”；文武各官由他選用，吏兵二部“不得從中掣肘”；鄶省用兵，應當救援的，酌量策應。如有軍事行動，將軍、總督要領兵前去。等湖廣、四川地方平定，即命奠洛還朝。
為提高莫洛的地位，有利於統轄各個方麵，號令專一，特加奠洛武英殿大學士，仍以刑部尚書管兵部尚書事，兼都察院右副都禦史，兼任陝西經略，賜以敕印。
陝西本來有封疆大員，聖祖卻又置一經略，位在總督之上。實際上，聖祖是把莫洛當作他個人的代表派到陝西，行使著朝廷所賦予的最大的權利。這表明，聖祖是多麼重視陝西的防務！
盡管王輔臣父子向朝廷表明態度，同吳三桂劃清界限，未必能贏得聖祖的完全信任。因為他知道王輔臣與吳三桂有過密的關係，他確信這種關係不會一下子斷絕。聖祖對王輔臣不那麼放心，這從他的軍事部署和具體任命可以反映出來。
這是同年七月初的事，聖祖單獨給甘肅提督張勇發了一道指示：“秦省邊陲重地，恐奸宄竊發，爾乃封疆大臣，朕所簡任，可率所部總兵等官，固守地方，有為亂者，嚴行緝治，以不負朕倚任股肱之意。”張勇任甘肅提督，卻讓他關注陝西方麵的情勢，密授以方略，嚴防逆亂發生。尤其強調張勇是他親自選任的，以示恩於他，表明皇帝對他的特殊信任。
對張勇如此，相反，對王輔臣卻想法把他調離陝西。在對張勇發出上述密旨之前，聖祖已命令王輔臣同將軍席卜臣等赴荊州增援。後因情況有變，指示王輔臣不必再去荊州，或者隨將軍赫葉等進取四川保寧，或仍駐平涼，具體由莫洛酌遣。莫洛回奏，說四川“逆賊”正圃守保寧，而廣元所屬百丈關諸處，有“賊眾盤踞”，前往增援的兵力不足，擬將增援的剮都統吳國正和馬一寶的軍隊發往廣元（今仍名）。
這時，突然發生了新的情況：叛軍分三路來犯，已包圍了寧羌州（陝西寧強）。此處屬陝西。為清軍入川的後路，聖祖命令莫洛“速行救援”。正在保寧的莫洛得到命令，即速傳令有關將領赴援。先在寧羌州城外擊敗叛軍，迫使他們撤圍而逃。考慮到寧羌諸地重要，聖祖及時改變對王輔臣的命令，通知莫洛，調遣副將雷繼宗與王輔臣部固守寧羌諸處。就這樣，王輔臣沒有去平涼，而到寧羌州駐守下來。
經略莫洛率師進征四川，在陝西漢中與四川保寧交界的地區受阻；四川叛軍又攻占了七盤關與朝天關（兩關在廣元與寧羌州之間），切斷了清軍的餉道，駐廣元的清援軍已缺餉二個月，屯聚在略陽（今仍名）嘉睦江上的糧船被叛軍奪去。糧餉不繼，清軍無法向前推進，而且已處於很危險的境地。聖祖急令“定西大將軍”貝勒董額、經略奠洛、四川總督周有德、巡撫張德地速撤保寧清軍，回師廣元。要莫洛等人親自殿後，以利原駐廣元的清軍安壘回漢中，固守陽平（寧羌西北，略陽南）等處，殲除寧羌地區的叛軍，“整頓士馬，再圖恢複。”
康熙十三年十二月初，奠洛率部至寧羌州，駐南教場，與王輔臣兵營相距二裏許。初四日，王輔臣標兵突然向莫洛營發起進攻，憤怒呼喊，要糧餉，要好馬，蜂擁而來。莫洛猝不及防，他的親隨滿兵拚力抵抗，以雨點般的箭矢將亂兵射退。於是，王輔臣親自督戰，再次猛衝，陣矢齊發。莫洛也揮兵反擊。一顆鳥槍流彈飛來，正命中奠洛，當即身死。莫洛所部章京、筆帖式及兵士多死於亂陣之中。
戰鬥結束後，奠洛的標兵和運糧兵二千餘人，均被王輔臣收降。七日，王輔臣率叛兵自寧羌州撤至沔縣（今陝西勉縣西側）。莫洛餘部二千餘人不願參加叛亂，紛紛逃竄，所剩無幾。王輔臣感到勢孤，便從沔縣北上略陽駐守。定西大將軍董額隨莫洛之後，撤至沔縣，才得知王輔臣叛變，急忙退保漢中，迅速向朝廷奏報。他此時還不知道奠洛死活下落，至於王輔臣為何叛變，他也一無所知。
王輔臣叛變，大概是聖祖沒有想到的事吧！消息一傳來，他十分震驚。他無法想象，前不久輔臣還揭發了吳三桂的煽誘，逮住其使者，遣其子人京報告，如今其子還在京師，那麼，王輔臣為何突然反叛朝廷呢？雖然已很快得知莫洛巳死及王輔臣兵變經過。至於兵變的內幕，他尚不知。聖祖急忙召見王輔臣的兒子王繼貞，一則告訴其父謀反的消息，一則想從他那裏得到點信息。聖祖劈頭就是一句：“你父親反了！”王繼貞尚能鎮靜，也許他還沒有反應過來，便回答：“我一點也不知道。”聖祖就把陝西方麵的奏報出示給他，王繼貞神情突變，嚇得渾身顫慄，口噤不能言。聖祖從容地說：“你不要害怕，朕知你父忠貞，決不至於做出謀反的事。大概是經略莫洛不善於調解和撫慰，才有平涼兵嘩變。脅迫你父不得不從叛。你馬上就回去，宣布朕的命令，你父無罪，殺經略莫洛，罪在眾人，你父應竭力約束部下，破賊立功，朕赦免一切罪過，決不食言！”
聖祖把王繼貞放回，赦免其父之罪，即已確定了對王輔臣的基本方針，力爭招撫，和平解決。這時，聖祖深知，王輔臣兵變，已對時局產生重大影響，一他對大學士們說：“今王輔臣兵叛，人心震動，醜類乘機竊發，亦未可定。”反映了他內心憂慮重重的沉重心情。由於王輔臣叛變，他甚至打算親臨荊州，指揮作戰。可見這一事件的嚴重性，已直接危及他的整個戰略。事情很明顯，陝西一亂，與四川叛軍會合，北進中原，長驅北京，而清軍雲集荊州，北方空虛，從而進一步加劇了清朝的危機。但聖祖仍然相信王輔臣不會背叛他，很可能為叛兵裹挾所至。寧願招撫，省去兵戈，對朝廷有利。