聖祖在放走王繼貞之後，又派遣科臣蘇拜攜帶他的招撫諭旨前往陝西，會同總督哈占商酌，選擇幹練人員，或親去王輔臣處，或派他人代替，向王輔臣宣布朝廷旨意，招其歸順，並盡快“安撫亂兵”。與此同時，聖祖在軍事上不能不嚴加防備。首先加強省會西安的兵力，以“保固秦省”。他把調往興安等處的兵馬改調到西安，令他們“星夜奔赴”，不得遲誤。他猶感兵力不足，但“京師禁旅，遣發頗多”，已無兵馬可調，他決定再調蒙古兵。他指示兵部“秦省重要”，令理藩院員外郎拉篤祜等三名官員速征鄂爾多斯調蒙古兵三千五百人，調歸化城土默特兵七百人，皆赴西安駐守備征。至康熙十四年（1675年）正月，歸化城土默特二部、四子部落、毛（茂明安）、吳喇忒三部計七旗兵已啟行，鄂爾多斯因天寒馬瘦，先行備裝，等待調發。聖祖很擔心駐守廣元（四川廣元）、保寧的清軍遭到王輔臣叛軍攻滅。為保證這支生力軍安全地撤離，順利搬至漢中，特遣駐北京的八旗兵（每佐領三名），“速催起程竹，赴西安協守。進駐西安的各支大軍，酌置留兵守西安，其餘全部赴定西大將軍董鄂軍前，接應廣元、保寧的清軍撤回漢中。
繼上述指令發出之後，聖祖發現陝西興安州（今安康）實為一戰略要地，便對議政王大臣等人說：此地”西近漢中，北接潼關，東南直逼鄖陽（湖北鄖縣），最為要地。”他迅速命令尉都統穆舒渾、已任命為雲貴總督的鄂善、副都統希福等率兵，包括增援的蒙古甲兵，“馳赴興安”，共同防守漢中各處戰略據點。
聖祖緊急部署完畢，又加緊對王輔臣進行招撫。在出蘇拜招撫專使之後，即十二月二十三日，聖祖再給王輔臣發出一道長篇敕諭，大略內容是：
近據總督哈占奏稱：進剿四川，軍中噪變，你所部潰亂，朕聞聽此信，“殊為駭異”！朕思你自大同歸屬英王阿濟格，後歸於正白旗，世祖知你賦性忠義，才勇兼優，特把你提拔到侍衛之列，繼而命你隨經略洪承疇進取滇貴。你果然不負期望，竭誠盡忠，太建功勳，因而晉級總兵，寵任優渥。及至朕即位。以你為勳舊重臣，岩疆所依賴，特提升你任陝西提督，召你進京陛見，當麵詢問，益加知你天性忠貞，獻計略超群，朕心深為喜悅。特賜你密請，至誇言猶在耳，想你還能記得吧！
去冬（康熙十二年）吳逆叛變，所在人心懷疑觀望，妾在不少。你獨首創忠義，揭舉逆劄，擒捕逆使，差遣你子王繼貞馳奏。朕召見你子，當麵詢問情況，愈知你忠誠純正蔦犀，果然冪負朕，知疾風勁草，子此一現！其後，你奏請進京覲見，麵陳方略。朕以你一向忠誠，深為倚信，而且邊疆要地，正需你彈壓，因此未讓你來京。經略美洛奏請率你入蜀。朕以為你與莫洛和衰共濟，彼此毫無嫌疑，故命你同往再建功勳。直到此次兵變之後，麵詢你子，始知美洛對你心懷私晡，頗有猜嫌，致有誇日之事。這是朕知人不明，使你變遭意外，不能早訴忠貞，責任在於朕，你有何罪！朕對於你，“誼則君臣，情同父子”，任信出自內心。恩重子河山。以朕如此眷眷於你，知你必不負朕嗬！至於你所屬官兵，被調進川，征戍困苦，行役艱辛。朕亦悉知。今事變起於倉促，實出於不得已。朕惟有加以矜恤，並無譴責。剛剛發下請旨，誇陝西督撫，招椿安排，並已遣還你子，代為傳達朕意。惟恐你還猶豫，因之再特頒發一專敕。你果真不忘累朝思眷，不負你平日的忠貞，幡然悔悟，收攏所屬官兵，各歸營伍，即令你率領，仍回平涼，原任職不變。已往之事，一概從寬赦免。或許經略莫洛，剮有變故，亦係兵卒一時激憤所致，朕並不追究。朕推心置腹，決不食言。你切勿心存疑慮畏懼，辜負朕篤憊舊勳之意。
聖祖的這道敕諭，與其說是諭旨，不如說是他個人給王輔臣的私人信件，寫得異乎尋常的心平氣和，娓娓動聽。回憶他與王輔臣之間的一件件、一樁樁事，充滿了濃厚的情誼，就是心腸再硬的人讀了這些話，也不能無動於衷！全篇無一句指責輔臣的話，相反，他把這場事變的責任自己全部承擔過來，自責沒有知人善任，事先並不了解他跟莫洛之間的嫌隙，而莫洛之死，或許是他別有變故，惹起士卒一時激憤所致，這些都與王輔臣本人和士卒毫無關係。所有過犯，一橇寬免，不予追究。隻望他回心轉意；不辜負以往君臣間的情誼和朝廷的重托。直到最後，聖祖也沒有說一句威脅的話。相反，在字裏行間不免流露出乞求之意。這是前所未有的。在這裏，聖祖表現了政治家恢宏的氣度，極大韻耐心。在聖祖看來，當此危機的耐刻，追究莫洛之死的罪責已無任何實際意義。最緊迫的是，要盡一切努力消除由於王輔臣叛變所造成的政治危機，權衡利害，他寧肯犧牲莫洛，甚至不惜乞求，千方百計把王輔臣重新爭取過來，是符台清朝根本利益的。
王輔臣為什麼突然叛變，在事實真相未予澄清之前，的確是個謎。不久，王輔臣給聖祖上了一道奏疏，申訴兵變起因，真相才得以大白於世。這是康熙十四年（1675年）正月十五日，他寫了一份自我剖白的奏本，派遣莫洛部屬原任郎中祝表正攜帶，代為轉選，把他的兒子王繼貞留下不遣返北京。祝表正至京，呈上奏本，兵變經過才一目了然。事情是這樣的：
正月十三日，陝西總督哈占派遣一官員，把聖祖的敕書送來略陽，王輔臣與眾將領“恭設香案，跪聽宣讀”，倍受感動：“臣聽闖之下，肝腸寸裂，心膽俱碎，恨不即自滅亡！”惟有向北京方向“號泣，撫眾哀鳴而已”。他懷抱感恩之情，如泣如訴地寫道：“草木尚爾知春，犬馬亦思報主。臣獨何忍負我皇上！”接著，他申訴事變起因。事情的遠因，還在莫洛初到任陝西時，輔臣提出要進京謁見皇上。聖祖指示，可與經略麵議。他自平涼奔赴西安。見到了莫洛，以當年洪承疇所實行事宜向他陳述了幾點想法。希望莫洛從中汲取其經驗教訓，但莫洛聽不進去，不以其忠言為患，反以其言為忤謬，對他遂生猜攆。莫洛沒把王輔臣放在眼裏，他的司官們也個個”側目”。瞧不起他口輔臣寫到這裏，申辯說：“我是奉旨意特遠道來西安，向他陳說方略的，說得是與不是，他何曾答複一句話！竟然置之不理。”王輔臣是個剛烈性子的人，為人倔強，當年吳三桂對他很好，也僅是件不大的事，傷了他才決意走的。他豈能容忍奠洛如此高傲！自此“懷恨在心竹。當時，他便顧慮文武不和，“恐誤大事”，於是，向聖祖要求隨軍南征，離開此地，脫離莫洛而已。聖祖答複，無論到湖南，還是到四川，都是給朝廷效力，眼下需要他留下。王輔臣就留了下來。此事，已種下了怨恨、嫌猜。
王輔臣叉說到第二件事：那是在去年（康熙十三年）八月，王輔臣一再請求。莫洛才同意給他添馬兵二千，同時卻將王輔臣所屬固原官兵的好馬“盡行調去”，而把“疲瘦茶馬”發給他。到了九月，馬還未到；十月初，就催他起程進川。這明明是逼迫於一時，“陷臣死地”，報複他多說話、提建議之怨。及至部屬發動兵變，並非他的本意，他至死不從，“幾欲自盡”。但事變已成事實，他如死，莫經略的事必加於自己身上，因此“臣死亦不能明”，故“忍恥以至今日”。聖祖赦免其一切過犯，要他還平涼，即表示“臣不敢仲遵聖意”！最後，他請求聖祖派使臣到陝西，宣布聖意，使“官兵各得生壘”，“俯加存恤”，即使“粉臣之骨，碎臣之屍，臣亦死且甘心焉”。
同年二十四日，聖祖批示，關於遣使安插官兵，前已有旨，王輔臣所屬官兵照舊歸伍，即率他們回平涼，至於莫洛部屬兵丁願歸農者，由地方官“加意安插”，願到王輔臣處充兵的，可與哈占商量“收補入伍”。關於差使臣事，從北京到陝路途遙遠，官兵久待不便，一切事宜即照前已發諭旨執行。至於王輔臣忠貞，“朕所悉知，屢疏陳奏，心跡已明。”應“殫心供職，以圖後效，不必複行引罪”。聖祖將此敕諭交祝表正，返回陝西，再向王輔臣招撫。不幸的是，他也被輔臣殺害了。