秦漢帝國建立後，“建皇帝之號，立百官之職”，封建官僚機構日趨龐大。與之相適應，宦官製度也趨於完善，機構漸設，人數漸增，且正式被納入官僚體係之中，成為國家政權的重要組成部分。由此，宦官同時擁有了雙重身份：既是侍奉君主生活起居的家奴，又是參預國家政治的官員。宦官機構被納入官僚係統及宦官身份為轉變，實際上也為宦官的幹預朝政，進而專擅朝權提供了現實的可能性。
秦始皇像秦漢時期宦官機構的隸屬係統比較分散，也比較複雜，尚未形成統一的宦官主管機構。就使用宦官的範圍言之，有皇帝、皇後以及皇太後、太子、王子、公主諸宮；就宦官的隸屬係統言之，有為君主服務的少府係統、為皇後服務的大長秋係統以及為皇太後、皇太子服務的諸宮卿係統。盡管宦官的員額與機構呈現出明顯增長的趨勢，但不同係統之間的宦官，彼此不相統屬。
秦漢時期的中央高級官員主要是所謂的“三公”、“九卿”，少府即為諸卿之一。少府掌管帝室財政，與執掌國家財政的大司農有明確分工，所謂“司農領天下錢穀，以供國之常用；少府管池澤之稅及關市漢代鎏金熏爐之資，以供天子。”其實，少府所轄並不僅限於帝室財政，而是涉及到帝王生活的方方麵麵，實際上充當了內廷大總管的角色，因而宮中宦官大多也就歸屬少府管轄。然而，少府乃是朝廷九卿之一，本身並非宦官，而且少府係統下轄機構眾多，隻有一部分例由宦官主領，主要分兩類：一是侍從於皇帝左右，承宣傳達、關通中外的中常侍、小黃門等；二是負責內廷供養及雜役事務的掖庭令、禦府令等。相較而言，前者地位較高，但無從屬機構；後者地位雖有所不及，但掌管實際職事，且轄有僚屬。所以秦漢時期的宦官多以前者的身份，兼領後者的職事。
除了少府係統所屬宦官外，還有大長秋係統的宦官機構。漢代的大長秋乃由秦代的詹事和將行兩職逐步演化合並而來，主管皇後宮事，其屬官基本上都是宦官，就連大長秋之職本身亦多由宦者擔任，地位稍低於作為九卿之一的少府而略高於中常侍。東漢時期皇太後屢有臨朝聽政者，大長秋尤其尊顯，權閹鄭眾、江京、曹騰諸人均先後任過此職。
西安城樓秦漢時期的皇太後宮、皇太子宮及諸侯王宮也有宦官機構的設置。皇太後宮宦官地位最高者為太仆、衛尉、少府，即所謂“太後三卿”。為了與皇帝及朝廷所轄官員相區別，一般在其前麵加太後所居宮殿的名稱，故而史籍中便有了“長樂少府”、“長信衛尉”之類的官稱。從總的看來，太後三卿的執掌與主管皇後宮事的大長秋卿類似，但兩者也有區別，即皇太後宮的宦官機構並非常設，有太後則置，無太後則廢。東漢時期皇太後屢有臨朝稱製者，皇太後宮中宦官的地位亦隨之尊顯莫比。
秦漢時期各宦官係統中，最引人注目的是”中常侍”。其重要性可簡單地概括為地位高、權勢重、任職專、兼領廣、員額寬五個方麵”。中常侍秩比二千石，沒有定員，眾多的權閹可以同時就任中常侍，而且擔任這一職位的閹宦還可以兼領其他署卿之類的官職。中常侍出入禁中，傳達內外，能夠“手握王爵，口含天憲”，地位相當特殊。也正是由於其地位特殊，使閹宦之外的朝廷官員無法染指。在宦官勢力急劇膨脹的東漢時期，中常侍已成為最重要的職務，那些能夠專權擅政的宦官大多都任此職。東漢漢武帝劉徹像靈帝時期的張讓、趙忠等“十常侍”，更是時刻隨侍在皇帝左右，並趁靈帝年少無知而代其覽閱朝臣章奏，進而把持朝政，挾製幼帝。昏庸的靈帝竟甘心受製，公然稱張讓為“父”、趙忠為“母”，成為曆史奇聞。
秦漢時期的宦官大致完成了由”刑餘”到”官員”的轉變以及由“家奴”到“主人”的轉變。此時的宦官周旋於君主與朝臣之間，已經具有了家奴與官吏的雙重身份。他們有官號、有職事、有秩品、有俸祿乃至有爵位，並可娶妻成家、養子傳爵。在某些特定的曆史時期，宦官與君主的角色也呈現出互換的情形。宦官趙高視唐三彩宦官俑秦二世一如股掌之中的玩偶，自己形同無冕的“太上皇”，皇帝的篡立與廢誅皆操於其手便是一例。東漢自安帝之後，皇帝或直接由宦官策立，或由宦官與外戚共同策立，其皇位與權柄概由本是“家奴”的宦官所決定、所把持，甚至於“主人”的生命亦懸之於“家奴”之手，到了奴大欺主的地步。