提督東廠的太監起初並非專出於司禮監，後來則專用司禮監秉筆太監之第二或第三人充任。秉筆太監由此也變得位尊權重，炙手可熱，通常被視為總憲兼次輔。間或也有司禮監掌印太監兼任的情形，但這無疑將會大大加強其權勢。萬曆年間的大宦官馮保“既掌司禮，又督東廠，兼總內外，勢益張。”臭名昭著的權閹魏忠賢也是以司禮監掌印太監兼掌東廠，權傾朝野，威福一時。
除了東廠外，明代還有西廠、內廠的設置，掌理其事者也是太監，但並非司禮監。成化年間，京城盛傳“妖狐”夜出，人心惶惶，更有人哄傳“妖人”用妖術進入皇宮大內。憲宗皇帝密令禦馬監太監汪直出宮伺察，隨即設置西廠，由汪直任提督太監，但不久即罷撤。武宗正德年間，權閹劉瑾複置西廠，提督太監穀大用也出自禦馬監。劉瑾還曾在榮府舊倉地設內辦事廠，京城人稱“內行廠”。劉瑾被誅後，西廠、內行廠俱被罷廢。
孔子退修詩書圖司禮監還有內書堂的設置。明初裁抑宦官勢力，嚴禁宦官讀書識字。永樂年間這一禁令已漸鬆弛，至宣德年間，設立內書堂，作為專門的內廷宦官學校。據劉若愚《酌中誌》的記載，司禮監位於地安門內吉安所南。進大門向西稍偏南有一處院落，院內有鬆樹十餘棵，這裏便是內書堂。先師孔子的牌位麵南而放，兩邊是一副楹聯：
學未到孔孟門牆，須努力趲行幾步；
做不盡家庭事業，且開懷丟在一邊。
宮中凡是奉旨收入的太監，選擇其中十歲左右的二三百人，集中內書堂讀書，堂中教習一般由翰林院官員擔任。司禮監提督總理堂中事務，掌司、學長具體負責。內書堂中的米肉菜蔬都是由光祿寺供應。屆時選擇吉日，拜見聖人孔子，拜見詞林老師。最初入堂學生從長安右門入，從北安門出，後來則統由北安門出入。
在內書堂中就學的太監，每人各有白蠟、手帕、龍卦香等進呈先生，以為束脩。所讀書目，多是《百家姓》、《千字文》、《孝經》、《大學》、《中庸》、《論語》、《孟子》、《千家詩》、《神童詩》等尋常讀物。堂中凡是心誌自高的太監，往往另備書籍自修。堂中派年長又有勢力的太監作為學長，學長八人或六人。選能書善書的人為司房。就學的太監如果背書不會、寫仿不堪，又損汙書仿，犯規有過，則詞林老師批以數目，並予以施懲。小過則由學長用戒尺打手，稍重者令在聖人前罰跪，再重的則“扳著”。“扳著”是一種體刑，是向聖人前直立彎腰，用兩手扳著兩腳，不許體曲，曲則用戒尺亂打。半炷香或一炷香時，往往頭昏眼花，再重的便是昏死僵仆，直至嘔吐成疾。
除司禮監外，還有十一監：
禦用監負責造辦禦前所用的圍屏、擺設、桌櫃、床榻諸木器以及象牙、檀木、雕漆、棋子、骨牌等玩器。禦用監還掌管武英殿中書承旨所寫書籍、畫扇，奏進禦前。
內官監負責宮廷營作，下轄十作：木作、石作、瓦作、搭材作、土作、東作、西作、油漆作、婚禮作、火藥作。另有米鹽庫、營造庫、皇壇庫等一應營造材料庫。凡營造宮室、陵墓以及禦前所用器具，概由該監掌理，因而外廠其多，各有提督、掌廠等官負責。
禦馬監設置的時間最晚，掌管禦廄兵符之事，責權較重。提督西廠的汪直、穀大用都出自禦馬監。
司設監專責管理鹵簿、儀仗、圍幕、墊褥以及各宮冬夏簾幃、涼席、帳幔、雨具、大傘等事。這是內府衙門中事情繁雜且較為辛苦的一個衙門，無權無勢，地位卑微，也不似禦用監和內官監那般有油水可撈。
尚寶監在南北長街西西苑門正東，職掌禦用寶璽、敕符、將軍印信。皇帝的寶璽平日是由宮內女官保管的，遇到用寶時，由尚寶監請旨，按手續領取。