除了這些財政—經濟性質的措施之外，還實施了有關純行政問題的一係列法律，其中的一項規定增加行政長官的人數（從八人到十人），另一項則規定增加營造官、財務官和甚至占卜師、司祭和十五人團（從十五人到十六人）的名額。這樣形成的空缺主要由愷撒所信任的人來補充，更不用說這時他對元老院成員的補充了。
如果說，單是愷撒在羅馬的出現就中止了羅馬公民中間的騷動的話，那麼由於老兵的叛亂情緒而造成的局勢便複雜得多了。他們感到憤慨的是，他們還沒有得到在帕爾撒路斯之戰以前便已答應給他們的賞賜，他們沒有分到土地，並且直到這時，他們也沒有得到合法的退役。安托尼烏斯雖然到他們那裏去做工作，但是這也隻能帶來暫時的寧靜。
這時還在亞細亞的愷撒下令把軍隊從康帕尼亞調往西西裏，但是這一命令並沒有執行，而把命令傳達給軍隊的普布利烏斯·科爾涅利烏斯·蘇拉卻受到了百般的侮辱和威脅。繼蘇拉之後被愷撒派去的行政長官撒路斯提烏斯隻因為逃得快才免遭毒手，而被派去的另兩位元老則被殺死了。士兵們進軍羅馬並在瑪爾斯廣場上集合了。
阿庇安記述了愷撒對士兵的講話——但對於這記述，我們不清楚它真實和準確到什麼程度，不過卻極為詳細。按照阿庇安的說法，愷撒不顧為他的生命安全擔心的朋友的勸告，大膽地到叛亂的士兵們那裏去，並且他是突然地出現在他們中間的。士兵們喧呼著奔向愷撒登上的講壇，但是手中並沒拿武器。他們看到自己的統帥，就向他歡呼。
於是愷撒就問他們，他們希望得到的是什麼。士兵們在愷撒麵前不敢提報酬問題，而且他們還知道，愷撒是多麼需要錢來應付即將到來的阿非利加戰役，因此他們隻要求退役。但是，使他們吃驚的是，愷撒毫不猶豫地回答說：“我讓你們退役！”這之後，在隨之而來的死一樣的一片沉寂當中，他又說：“當我將要和其他軍隊一道舉行凱旋的時候，我是會把過去答應的一切給你們的。”此外，他從這時起，就向著老兵，開始稱他們為“公民”，而不像通常那樣，稱他們為“士兵”了。蘇埃托尼烏斯斷言，愷撒單是用這一個詞就徹底扭轉了士兵們的情緒：他們開始懇求他的寬恕，表示甘願接受任何懲罰，隻要他能同意把他們帶到阿非利加去。
根據一個說法，愷撒在相當長時期的猶豫之後，首先是赦免了自己喜愛的第十軍團的所有的人，然後立刻把他們調到阿非利加去。而根據另一個說法，他還是懲辦了帶頭鬧事的人並把答應給他們的賞賜減少了三分之一。但無論如何，孕育著不小危險的衝突，就這樣迅速、徹底和不怎麼困難地解決了。
在出發去阿非利加作戰之前，愷撒進行了公元前46年度高級官吏的選舉。這次他利用給予他的特權提出在最近五年當中都參加競選。這樣，當選為公元前46年度執政官的就是愷撒本人和瑪爾庫斯·埃米利烏斯·列皮都斯。列皮都斯由於在西班牙對付卡西烏斯發動的騷亂時立了功從而取得了愷撒的信任。還選舉了其他高級官吏。奧路斯·希爾提烏斯之當選為行政長官之一使我們不能不假定，在當時情況下，在當選的人們中間有相當數量的擁護愷撒的人。此外，在愷撒的直接領導和監督下，對所有的行省都任命了新的長官。
公元前47年12月，愷撒動身去阿非利加。這樣，他在羅馬隻待了三個月。他先是來到西西裏的利律拜烏姆，打算從這裏渡海去阿非利加的沿海地帶。但是由於氣候不好，出發的日期拖下來了。為了強調自己想盡快開始阿非利加戰役的願望和決心，愷撒把自己的營帳就設在海邊，以致浪頭幾乎可以打到它上麵。
他終於使自己的艦隊在12月25日出了海。在他的艦船和運輸船上共有六個步兵的軍團——其中五個軍團是新征募的——和兩千名騎兵。在阿非利加海岸的登陸地點事先沒有規定，也不可能規定，因為沒有一個港灣是安全的，因此就隻好碰運氣了。但是這樣的機會還是被他們碰上了，於是愷撒就率領著自己的一部分軍隊在哈德路美圖姆地區登陸了。不過愷撒的兵力並不多：他身邊隻有三千步兵和一百五十名騎兵，其餘的艦船散了開來，它們被衝到北方去了。
蘇埃托尼烏斯記述說：“愷撒從船上登陸之後就一跤跌到了地上，而這在羅馬人看來，乃是一個不祥的兆頭。但是他卻利用這樣一件偶然的小事做了對自己有利的事情。愷撒用雙臂擁抱著他跌倒在那裏的土地叫道：‘你已經在我的懷抱裏，阿非利加！’”蘇埃托尼烏斯講述這個故事是想來證明，愷撒並不是迷信的。他還記述說，有些預言認為所有那些名叫斯奇比奧的人在阿非利加的土地上都會成功並且是不可戰勝的，而愷撒為了取笑這些預言，就在營地裏自己身邊安置了這一顯赫氏族的一個代表人物斯奇比奧·撒路斯提亞努斯，而此人實際上是一個誰也瞧不起的、微不足道的人物。但是，看來所有這些例子毋寧是證明，如果說，愷撒不十分重視兆頭、朕兆和預言的話，但是他卻完全要考慮到這些東西對他周邊的人、首先是他的士兵會產生怎樣的影響。
由於哈德路美圖姆是一個設防鞏固的城市，所以用這樣一點點兵力來開始圍攻它是沒有意義的。愷撒的一位副帥試圖同統率哈德路美圖姆的衛戍部隊的蓋烏斯·孔西狄烏斯進行談判，但這一企圖並無結果。於是愷撒決定拔營。但是他剛剛出發，努米地亞的國王優巴的騎兵隊伍就完全出其不意地進攻愷撒的後衛隊伍。《阿非利加戰記》的我們不知其名的那位作者寫道：“在這裏發生了難以置信的事情。不到二百人的高盧騎兵竟然擊潰了兩千名毛列塔尼亞的騎兵並把他們趕回城裏去。”
愷撒向南行進時，在列普提斯城遇到了一個特別的使團，使團向他保證，城中居民表示完全服從並且準備執行他所希望的一切。因此他就沒有占領列普提斯，相反，卻在這裏的城門設立崗哨，這樣士兵就不會擅自闖入城內，侵害居民了。而他自己卻把營地設置在離城不遠的地方。
愷撒在這裏留駐了一些時候之後，又折向北，向著茹斯皮那的方向推進並且在沿岸地帶選擇了一塊適當的地方設營。他無論怎樣也不想離開大海，因為他在期待著自己的其餘部隊的到來。根據某些史料，他曾率領著一小支隊伍親自乘船出海，以便去迎接迷了路的運輸船。這事有了結果，盼望已久的援軍終於到來了。
公元前46年1月4日，就在運輸船到來的那天，突然同敵人發生了衝突，衝突的結果對愷撒可能是悲慘的。他帶著三十個步兵中隊、四百名騎兵和一百五十名弓手去為軍隊搬運糧食。當他和這支相當薄弱的兵力離開營地已經很遠的時候，偵察的騎兵突然向他報告了敵人已經迫近的消息。這是由拉比耶努斯統率的一支由騎兵和輕武裝步兵組成的強有力的隊伍。雙方展開了頑強的戰鬥。在戰鬥的某一個時候，拉比耶努斯的騎兵利用自己在數量上的優勢竟得以把愷撒的士兵包圍起來，因而士兵們就不得不收縮成一個密集的方陣。
愷撒由於調度得法，所以能夠通過兩翼突破了包圍圈，而這樣在把敵人的一部分兵力同另一部分兵力割裂之後，就把他們打跑了。不過他因擔心受到伏擊而不敢窮追，於是決定退回自己的營地。但這時由瑪爾庫斯·佩特列優斯率領的一支新的努米地亞精銳騎兵和步兵大部隊突然出現了。戰鬥再次白熱化並且看來是極為激烈地一直持續到日落時分。隻有在夜幕的掩護下，愷撒的士兵才得以撤回自己的營地。
《阿非利加戰記》的作者在感情上是傾向於愷撒的，人們認為他可能是愷撒麾下的一名參謀。作者把這次戰鬥說成是不大重要的衝突。此外，他一個字也沒有提到在愷撒的新兵中間發生的驚恐情緒，特別在佩特列優斯和他的軍隊出現以後。關於這一點，阿庇安的記述則要明確得多，他認為拉比耶努斯和佩特列優斯對愷撒取得了完全的勝利，打跑了愷撒的士兵。但是在追擊愷撒的隊伍時，受了傷的馬把拉比耶努斯摔倒在地上，於是佩特列優斯親自發出了停止追擊的信號，他說：“我們不要從我們的統帥斯奇比奧手中奪取勝利。”阿庇安還說，在士兵們驚惶失措的時候，愷撒親自想製止逃跑的人們，他抓住一個旗手的肩頭，使他轉過身來，並且對他說：“敵人在那邊！”
不管怎樣，在同敵人發生的這一衝突中，再次出現了在杜爾拉奇烏姆城下開頭時發生的那種形勢，不過規模小一些而已。正有如當時龐培自行中止了戰鬥而不求取得徹底的勝利，現在龐培派的佩特列優斯也是這麼做的。愷撒的敵人有兩次在原則上有可能當愷撒在新的戰場上沒有充分站穩腳跟並且顯然處於不利地位時，把他完全摧毀和消滅，但是兩次這樣的機會都被放過去了。
到來的援軍人數不多，戰鬥失利，最後是阿非利加的總的局勢——所有這一切都證明愷撒的力量同他要解決的任務的規模相比，其不相稱是使人深感不安的。但這時他的敵人也還未能聯合起來。的確，把一支人數眾多的衛戍部隊留在烏提卡，然後率領著八個軍團和三千名騎兵出擊的斯奇比奧已經來到了拉比耶努斯和佩特列優斯這裏。他們的共同的營地設在離愷撒的營地大約三哩的地方。國王優巴的大隊騎兵和步兵也要開到這裏來。
如果事情是這樣的話，那麼愷撒的處境可就十分危險了。但是當優巴來到指定的會晤地點時，他才得知瑪烏列塔尼亞的國王波庫斯同手裏有一支人數眾多的誌願部隊的普布利烏斯·西提烏斯——過去的卡提利那派——結成聯盟攻入他的國境，占領了幾座城市，其中包括努米地亞的首府——奇爾塔。優巴認為與其為了想幫助別人而冒被趕出自己國家的危險，看來還是先顧及自己和自己的王國為好，於是他便轉回去，甚至很快就召回了先前被他派到斯奇比奧那裏去的輔助部隊。這樣一來，敵人的兵力一時就未能會師。
愷撒除了加緊催促派來更多的援軍之外，沒有別的辦法；他發出了嚴厲的命令和指示，要羅馬從西西裏方麵盡快把援軍送過來，並且警告說，即使是冬天或氣候惡劣，命令也必須絕對不折不扣地執行。他告訴羅馬，阿非利加行省要垮掉了，敵人正在徹底蹂躪這個地方；如果不立刻派來援軍，那麼這裏除去光禿禿的土地之外就什麼也不剩了，這裏將沒有一處可供棲息的完整的房屋了。
盡管如此，軍事行動還是沉寂了一個時期。敵對的雙方隻限於進行佯攻和小的衝突。大概在1月中旬，第二批援軍到來了：愷撒得到的補充是兩個軍團的老兵（第十三和十四軍團）、八百名騎兵和一千名弓手和弩手。幾乎與此同時，行政長官撒路斯提烏斯在凱爾奇那島（在海上與小敘爾提斯相對）上奪獲了大批糧食，然後用運輸船把糧食送到茹斯皮那附近愷撒的營地。
愷撒得到了援軍和某段時期中間糧食的保證之後，卻使敵人大感意外地拔了營，向茹斯皮那以南的城市烏吉塔進發。在進軍途中發生了規模相當大的一場騎兵戰鬥。在這場戰鬥中，由拉比耶努斯率領的敵軍騎兵被擊敗而潰逃。愷撒想在烏吉塔地區同斯奇比奧進行決戰，但是未能實現。不過這時斯奇比奧卻寧願采取防守的策略並且表現得極為小心謹慎。
斯奇比奧多次向優巴請求援助。優巴把自己王國的事務稍加處理之後，最後還是響應召喚而來到斯奇比奧的營地之前，這次他帶來了三個步兵軍團、三十頭象還有大量的騎兵與輕武裝兵。又發生了幾次大規模的騎兵戰鬥，而照例又是愷撒的騎兵占了上風，不過敵人還是和先前一樣回避決戰。
那時又有兩個老兵的軍團——第九和第十兵團——從西西裏來到愷撒這裏。有好幾次發生這樣的情況：敵對雙方都把軍隊開出營地，麵對麵地排好戰鬥的隊列，這樣堅持幾個小時之後卻又各自散去。愷撒現在認為自己已經有了足夠的力量，而把軍事行動拖下去顯然對自己不利，因此他決定在軍事行動的戰術計劃方麵作一次相當徹底的改變。
愷撒從現在起不再把軍團長時期固定在同一個地方，而是以取得食品為借口把他們從一個地方調往另一個地方。最後他發現了他尋找的東西，並且在沿岸的城市塔普蘇斯附近設了營。就在同一天，他開始用攻城的工事把城包圍起來。這樣一種明顯的示威行動和極力想攻占這一重要的和設防堅固的城市的意圖——順便指出，這座城市已被愷撒的艦隊從海上加以封鎖——其意義首先就在於這是對敵人的一次果敢大膽的挑戰，對於這種挑戰，敵人已經不可能不作出反應了。
公元前46年4月6日在塔普蘇斯發生了一場著名的戰鬥。盡管這場戰鬥確實是著名的，並且就其對於內戰的總的進程的意義而論並不亞於帕爾撒路斯之戰，但它的情況在許多方麵始終是不清楚的。當然，應當以《阿非利加戰記》的作者對這一戰鬥所作的描述為依據，因為他不僅是戰鬥同時代人，而且很可能親眼看到並參加了這一戰鬥。不過，盡管如此，他的記述引起了人們的某種懷疑：他的記述過於簡單，根本沒有指出戰鬥本身的意義，並且把很多注意力放到偶然的事件上。
斯奇比奧還沒有來得及完全鞏固自己的新營地，戰鬥突然間就開始了。愷撒的士兵們注意到了敵人在看來是未曾料到的情況麵前驚惶失措和恐懼的樣子，便開始請求自己的統帥立刻發出戰鬥的信號。愷撒並不同意，他甚至要他們相信他並不願意作戰，但就在這時，沒有他的任何命令，在軍隊的右翼裏卻響起了戰鬥的信號。由於這一信號，步兵中隊就打著旗子向前衝去；百人團長們試圖阻止軍團士兵擅自發動的進攻，但是沒有成功，於是愷撒在傳出“幸福”的口令之後也就向敵人衝去了。
據上述資料，戰鬥很快就結束了，而勝利卻是全麵的。當被打垮的軍隊的殘餘試圖逃回自己的營地時，他們發現兩處比較遠的營地——阿弗拉尼烏斯的和優巴的——都已被愷撒的士兵攻占了。凶狠起來的老兵們對任何人都不寬恕；敵人的損失僅陣亡的就多達一萬人，而愷撒方麵的損失卻微乎其微。
《阿非利加戰記》的作者的記述就是這樣。後來的作家對這一戰鬥的記述就更簡單了，可能隻有狄奧·卡西烏斯是例外。不過他們的記述有不少“異文”，這就使我們不能不作出這樣的假設，即他們利用了幾種顯然沒有保存下來的史料。比如，阿庇安就和上麵的說法不同，他說戰鬥拖了很久（直到晚上很晚的時候），又說勝利是好不容易才取得的。普魯塔克則幹幹脆脆指出存在著各種不同的說法。根據一種說法，愷撒根本沒有參加這次戰鬥，因為就在戰鬥開始之前他的癲癇發作了。還是那個普魯塔克采用了毫無疑問是誇大了的損失數字，他說龐培派陣亡的有五萬人。
愷撒在戰鬥之後把三個軍團留在塔普蘇斯以便繼續圍攻該城（還有兩個軍團留在提茲德拉城），自己帶著其餘的軍隊趕忙向烏提卡方麵推進。這是龐培派的最後一個據點了。烏提卡的衛戍司令官加圖做到把這座城市變成了一個可靠的要塞，並顯然是想對愷撒進行頑強的抵抗。但是烏提卡的居民並不同情他，因此所有公開支持龐培派的人們就感到十分驚恐，並且考慮逃跑的問題了。
加圖對總的形勢作了估計之後，知道再抵抗下去也是沒有前途，沒有希望了。從這時起，他就不再試圖說服或者挽留任何人，相反地，對於所有想逃掉的人他都給以協助，給他們調撥船隻，還供應他們路上的食物。當龐培派瑪爾庫斯·屋大維烏斯率領著保全下來的兩個軍團來到烏提卡並且派遣自己的人到加圖那裏去，建議平分權力和統帥權的時候，加圖隻是對朋友們說：“如果甚至走到深淵邊緣的時候，我們還是這樣地貪權，那我們的事業垮台，還有什麼可以奇怪的呢！”
這位為了維護元老院統治下的共和國而始終堅強不屈地奮鬥的戰士、愷撒的這位不共戴天的敵人，這位篤信斯多噶派學說的人物加圖，他的悲慘的然而是光榮的死亡給他的同時代人——而且還有離他最近的後人！——留下了不可磨滅的印象。史料對加圖一生中最後幾個小時的描述較之對塔普蘇斯一戰的描述要詳盡和生動得多。
加圖和平時一樣，一點也沒有改變自己的習慣，他照例在同友人們吃過晚飯之後就去睡覺。他擁抱了自己的兒子並且同在場的人們深情地告別。在走進寢室之後，他發現一直掛在他的床頭的劍不知哪裏去了。於是他要求把劍還給他，並且憤怒地喊叫說，他家裏的人們要把他出賣給敵人，因為，如果敵人突然在夜裏闖進來，他用什麼來自衛呢。在他說服人們把劍（一說是匕首）還給了他之後，他便靜靜地躺下並且在睡前決定重讀一遍柏拉圖關於靈魂不朽的對話（即《斐東篇》）。在這之後，他就熟睡了：甚至在寢室門外都可以聽到他的鼾聲，而到早上睡醒之後，他便用劍刺進胸口下麵的腹部自戕了。
但是他並未能立刻殺死自己。在死前的痛苦掙紮之中，他從床上摔了下來，撞倒了床邊的小桌子。在門口值班的奴隸聽到聲音後就叫了起來，於是加圖的兒子和友人們都衝進了寢室。加圖倒臥在地上的血泊裏，內髒都流了出來。然而他還活著，醫生想挽救他。他被人們抬到了床上，他的內髒被放了回去，甚至縫合了傷口。但是在他恢複知覺之後，卻能以利用這個時機，掙斷了縫線，撕裂了傷口，並且“像野獸一樣地”把內髒抖散出來，他就這樣地在可怕的痛苦中咽了氣。
加圖用這種辦法自殺之後，毫無疑問，這就使得愷撒不能由於饒他一命而享受到巨大的道德上的愉快。他已經預見到愷撒可能對他表示寬大，因而在早些時候，他就表示，他並不想對暴君表示感謝，更何況暴君的任何行為都不能認為是合法的、正當的。
至於其餘的著名的龐培派，那他們的命運就各不相同了。他們中間的許多人根本不想仿效加圖的榜樣，而還是決定求助於愷撒那說了算數的仁慈並取得了寬恕，但是那些最不願妥協的人們卻逃跑了，他們打算把鬥爭繼續下去。然而並不是所有的人都能做到這一點。想穿過瑪烏利塔尼亞逃到西班牙去的法烏斯圖斯·蘇拉和路奇烏斯、阿弗拉尼烏斯就落到了普布利烏斯·西提烏斯手裏。原來，西提烏斯在打敗了優巴的一位統帥之後，便向著烏提卡方麵推進。按照愷撒的命令，這兩個人都被處死了。由於一次海上的戰鬥，龐培派全部兵力的總司令梅特路斯·斯奇比奧也落到同一個西提烏斯手裏。他試圖經海路去西班牙，但現在既然被俘，於是就自殺了。至於國王優巴，那麼他是和佩特列優斯一道逃到紮瑪城他的一座行宮去（他的妻子和孩子都在那裏），他的全部財產也都被帶到那裏去。但是紮瑪的居民拒絕把國王和他的同行者放進城內，他們甚至要求愷撒給予援助。沒有一個城市，沒有一個公社接受逃亡的人，於是他們兩人決定用決鬥的辦法相互把對方殺死。隻有拉比耶努斯、阿提烏斯·瓦路斯和龐培的兩個兒子格涅烏斯和塞克斯圖斯能夠順利地到達西班牙。
阿非利加戰役結束了。某些事情和關係需要加以處理，而愷撒就以他所特有的迅速和明確的作風完成了這項任務。努米地亞王國即過去優巴的領地被變成了“新阿非利加行省”，而撒路斯提烏斯就被任命為這一行省的執政官級的長官。努米地亞的某些地區交給西提烏斯來治理，作為他協助愷撒順利地對優巴進行鬥爭的獎賞。給阿非利加的一些城市和公社規定了相當重的賠償：烏拉卡的居民——基本上是維持龐培派的軍隊的富有的公民——在三年中間要支付兩億謝斯特爾提烏斯；塔普蘇斯的居民也要支付兩億謝爾特爾提烏斯的賠償金，而例如列普提斯的居民則每年要提供三百萬斤（相當一百萬公升）的橄欖油。
無論在內戰開始時還是現在，在阿非利加戰役的進程中，個別公社和城市的態度繼續對戰役本身的過程產生重大的影響。比如，哈德路美圖姆的城市當局和居民就明顯地支持龐培派。但是當愷撒的軍隊從哈德路美圖姆向茹斯皮那推進時，許多城市和設防據點都開始派遣使節到他這裏來，保證執行愷撒提出的一切要求並且提供糧食方麵的幫助。在列普提斯城下則重複了同樣的事情。
當愷撒專門給行省各城市寫信，證實他本人就在阿非利加的時候，各地的“顯要人物”就紛紛開始趕到他那裏去，就仿佛愷撒的敵人曾十分殘酷地對待過他們似的。有關過去在馬利烏斯保護下的努米地亞人和蓋圖利人逃到愷撒一方麵來的報道也時常可以聽到。在這樣的情況下，愷撒依靠的就是那些最顯要的和“有教養的”人們，他要這些人帶著信回到本國人那裏去，而這種做法終於使得蓋圖利人也起來反對優巴了。在國王的騎兵部隊中服役的顯要的蓋圖利人帶著自己的仆從和馬匹投到愷撒這方麵來，這已經是事件的尾聲了。
還在塔普蘇斯一戰之前，瓦加的居民就到愷撒這裏來，保證給予協助並要求派遣衛戍部隊。居住在優巴王國最邊遠的沿海地區的塔本奇人突然發動叛亂，殺死了國王的衛戍部隊並且派遣使節到愷撒這裏來請求支持。在塔普蘇斯一戰之後，投向愷撒方麵以及遣使請求援助等等情況大量出現。紮瑪的居民不讓自己的國王優巴進城，卻趕忙派使節到愷撒這裏來，要求解救他們免遭國王的軍隊對城市的圍攻。愷撒響應這一請求，就率領著騎兵部隊去紮瑪。一路上又有“許多頭目和國王的軍隊”歸附他，而當他到達紮瑪時，“幾乎所有國王的騎兵”都投到他這裏來。優巴的死亡把這些問題徹底解決了。
這樣，戰爭看來是結束了。還在返回家園之前，愷撒在阿非利加當地就進行了部分的複員。很可能，他使軍隊中他認為最不穩定的那些人複員了，並且把他們作為羅馬的移民安置在沿海的兩個城市裏。這之後，他於6月13日乘船離開了烏提卡，在撒地尼亞度過了大約兩個星期，然後從那裏回意大利本土。但由於天氣不好和暴風雨，他不得不長時間滯留在港內不能出發，直到相當晚的時候——公元前46年7月25日——他才到達羅馬。