到巧稚九歲這年，二哥也結婚了。二嫂和巧稚也處得像姐妹一樣。
家庭是溫暖的。但對林巧稚來說，畢竟缺少了她最需要的母愛。
有一天，林巧稚和幾個女孩子背著書包，她們唱啊，跳啊，嘰嘰喳喳的像一群小喜鵲。
一個孩子摸著另一個孩子那條光溜溜的大辮子問哎呀!你這辮子的花樣可真好，誰給你編的呀?”“我媽呀!”那孩子自豪地回答。
別的孩子當然也不示弱，“我這辮子上的紅頭繩是我媽給我買的!”
“哼，我媽做的鞋才好看呢，”
隻有小巧稚不說話。她使勁地咬著嘴唇，一扭身飛快地向學校跑去。
她呆坐在教室裏，老師講什麼，一句也沒有聽進去。同學們在朗讀課文，她卻看不清課本上的字，滿眼看到的，好像都是“媽媽”、“媽媽”、“媽媽”年齡愈大，巧稚對母親的思念愈切。
媽媽究竟是怎麼死的呢？這在小巧稚心中是一個很大的疑團。後來，她終於得知，母親的病症是子宮大出血；再後來，知道那出血的原因，是子宮長了瘤，據說，母親在懷她的時候，此病已逐漸形成，所以，影響了她的發育。
母親的早逝，使巧稚從幼年就知道了女人的病痛，懂得了婦女的健康對後代的影響，當她在夜裏為自己過早地失去媽媽而暗暗流淚的時候，她甚至天真地想：我為什麼不是個醫生啊？我要是個手到病除的神醫，一定會把媽媽挽留在世上。
那時候，現代醫學已經進入了廈門。美國歸正教會於清朝末年在漳州創辦的救世醫院，1898年就遷到鼓浪嶼。每逢清明節，當林巧稚隨著哥哥、姐姐給母親掃墓回來，經過醫院門口的時候，她心中不止一次萌動著這樣的心願：為了告慰媽媽的在天之靈，我要學醫。
林巧稚幼小的心靈裏，從埋下了學醫的種子。
在鼓浪嶼東部，有一座略低於日光岩的山頭，叫升旗山。從海上，遠遠就能看見豎立在升旗山頂上的高高的“牛”字形的旗杆。
升旗山下，坐落著一幢兩層的米黃色的樓房，這多是廈門女子師範學校。
在鼓浪嶼，中國人自己辦的學校不多，女校更少，辛亥革命前夕，中國牧師周壽卿向海外華僑和國內開明紳士發起募捐，籌建了這所學堂。
名為師範學校，其實並不專門培養師資，它是一所從小學到高中的中等學校，學校為私立，學費較高，但富裕人家都願意把孩子送來，因為它的師資好，教育質量高。理科教師多是從國外留學回來的，此外還有些外籍教師。
這個學校帶有新舊結合、中西結合的色彩。上午，采用西學，教代數、幾何、生物等傳播現代科學知識的課程，講課也用英語。下午，則學習中國曆史、地理、語文，諸如《國語》、《左傳》、唐詩、宋詞等等。
學生畢業時，有兩種文憑。如果中文合格而學習英語的年限不夠，發給中文合格的文憑。這樣的畢業生可以投考那些對英語要求不高的學校；如果英語也達到了高中畢業水平，再發給一張英文合格文憑。
1911年孫中山先生領導的辛亥革命推翻了清王朝。接著，資產階級民主思想的浪潮也很快波及到這個小島。林巧稚記得，辛亥革命的第二年，大哥振明等年輕人，就剪去了盤在頭上的辮子。接著，林巧稚和女伴們，也剪掉大辮子，此後，女孩子上學的越來越多了。
由於父親的家教，林巧稚的英語說得又流利又好聽，其他功課也不錯，本來從九歲就可以從啟蒙學堂升入其他學校，但“韋師母”特意多留了林巧稚一年，1911年9月，也就是林巧稚十歲那年，她才轉到廈門女子師範學校；到1914年，她已經是一個初中生了。