1926年，從廣州出發的國民革命軍興師北伐，節節勝利。然而，次年四月，蔣介石、汪精衛背信棄義，叛變革命，中國又陷人了一片黑暗。國民黨反動派控製的南京政府成立後，1928年，北京改為北平特別市。遵照南京政府教育部的新章，私立北京協和醫科大學也更名為私立北平協和醫學院。
但協和除了名稱的改變以外，一切依然如故。對林巧稚來講，隻覺得學習生活更加緊張罷了。
林巧稚感到，時間就像在自己身邊飛逝！轉瞬一學期，眨眼就一年！前四年，解剖學、X光學、生理學、生物化學、細菌學、內科學、外科學、病理學、藥物學、臨床病理討論、腦係科學、婦產科學、眼科學、耳鼻喉科學、寄生蟲學、公共衛生學、法醫學一個個堡壘被她攻破，第五年，到醫院臨床實習，她勤學好問，又獲得患者和導師的讚賞八年寒窗，多少個日日夜夜！在這長距離賽跑中，有人退縮，有人落伍，有人敗陣！入學時，全班25名同學，到1929年6月畢業時，僅剩下了I6個人，這是多麼激烈的一場競爭啊！而她，林巧稚個來自鼓浪嶼的姑娘，卻以優異的成績，一路領先，贏得了學校授予的文海獎學金。
文海獎學金，是協和醫學院畢業生的最高榮譽獎。它是以文海這位外籍教會醫生的名字命名的。文海為創建協和醫科大學與協和醫院，做出了很大貢獻。文海獎學金每年評選1次，授予本院本科學生在五年學習期間考試成績累積分數最高者。按規定，每屆畢業生中隻有一人能夠領取。
說起協和醫學院文海獎的評定，還有一段趣事。在校務委員會討論這屆文海獎的前夕，教務處向校長報告，本屆文海獎應由林巧稚和一位男同學共得。
怎麼這麼巧！五年的分數，兩個人竟然完全一樣？校長不相信，命令複查。再次詳細核算的結果，林巧稚的分數略高一點。擇優而取，這本是無可爭議的事。然而校務委員會討論的時候，意見卻分成兩派：一派說，按規定和慣例，文海獎屬於積分最高者，理當給林巧稚；另一派說，從實際水平和今後發展前途來講，那個男同學不亞於林巧稚，因此，還是兩人平分。並且一再強調：“不要忘記，他是個男的，是個男的。”原來，林巧稚最不利的條件在於：她是個女性！兩派各執己見，會場氣氛異常緊張。
這時，一位兼管宗教事務的老先生發表了意見，他說：“眾所周知，密斯林參加團契最多，學生會、演講團、歌詠隊而且，擔負著一定職務。她是一個熱心人。而熱心是從醫之本。這個姑娘在繁忙的公益活動之外，尚能取得如此優異成績，實屬不易。我看，還是應當按規定把文海獎給她!”
這個台階一搭，反對派順級而下，不再說話了。
1929年6月12日下午5時，在協和醫學院的小禮堂裏，舉行了隆重的畢業典禮和發獎儀式。
按著協和的製度，畢業典禮的司儀由三個人來擔任；一個總司儀；一個助理司儀；一個學生司儀(從畢業班下一班的學生中選出）。
三列隊伍站在小禮堂前靜候：一列是學校負責人及貴賓、演講人；一列是教職員代表；一列是醫學院和護士學校本屆畢業生。林巧稚班上這16名畢業生，個個身穿黑色博士服，頭戴方頂的黑色的醫學博士帽，等待著那莊嚴的時刻。
這時，總司儀將兩個黑色的指揮棒交給助理司儀和學生司儀，由他們分別帶領教職工代表和畢業班，在樂曲聲中緩緩人場。坐在後排的醫護兩校的學生、住院醫師、家屬等，則熱烈鼓掌，向畢業生表示祝賀。
各位在主席台上按固定座位落座以後，院長宣布畢業典禮開始。醫護兩校的教務長先後向院長報告本屆本科和護校畢業生的姓名，請院長頒發畢業證書和學位證書。