此事在科裏傳開了，惠狄克威信掃地。
在技術問題和對待病人問題上，林巧稚有許多看法和這位主任的看法不一致。
林巧稚和惠狄克的矛盾，在一天天加深。
當時林巧稚晉升副教授已經四年。婦產科教授的位子空著。但是有這個既無才又少德的主任在上麵壓著，林巧稚是難以晉升為教授的。
有一次，惠狄克帶著嘲弄的口氣，對林巧稚說:“密斯林，你晉升教授的申請，校務委員會沒有批準，我又有什麼辦法?”他攤開兩手，又說，“對病人的慈愛之心，等等，我都替你講了，可是，那不能作為晉升的依據，懂嗎？密斯林!”
惠狄克的一席話和他那挑釁的目光，深深刺痛了林巧稚的心。她一氣之下向醫院和醫學院提出辭職。
在中國人提出辭職的問題上，院方第一次感到了為難。
在舊協和，中國醫生是不受重視的，留在協和〒的，升到副教授幾乎是到了頂，再想上升到教授和主任，那就相當困難了。當然，偌大個協和醫院，中國人當教授的隻有一位。而外國醫生，盡管知識和技術都不如中國人，卻一個個都能青雲直上。
但在權衡林巧稚和惠狄克誰去誰留問題上，院方一反常態，把砝碼放到了林巧稚這邊，因為，惠狄克為人心術不正，協和同仁對他的反映太強烈了。而林巧稚不僅技術高超，而且人品高尚。因此，院方隻得舍卻惠狄克，好言規勸，挽留林巧稚。
1941年10月，惠狄克走了，林巧稚被任命為協和醫院婦產科主任，這是中國曆史上的第一次。
1941年12月，珍珠港事件爆發後，美日正式宣戰。接著，由美國人創辦的和醫學院和協和醫院，立即受到北平日本駐軍的控製。一天早晨，全副武裝的日本兵突然包圍了協和，抓走了主持醫院的美國人，把所有工作人員都拒之門外。這突如其來的事件，使林巧稚和同事們震驚不已。這天上午，不少人聚集在北極閣林巧稚的家中，焦躁不安地議論著。
“喂，聽說了嗎？院長胡頓，總務長博文，都讓日本人軟禁起來啦!”
“是嗎？關在什麼地方?”
“關在西總布胡同胡頓的住宅裏。”
“真的嗎?”
“這還假得了？我親眼看見的!”
“哦！那協和怎麼辦哪!”
“我聽說是讓寄生蟲科的赫普利教授出來暫時主持工作。”
“赫普利？奧地利人吧?”
“對，看來，美國人不吃香啦!”
這時，一位醫生匆匆進門，傳來新的消息：燕京大學也被日本人控製了！
這消息使林巧稚又添了一樁心事：侄子林嘉通現在燕大擔任代理教務長，他會不會受到連累？
臨近中午時分，三侄女林嘉澤氣喘噓噓地從西郊跑進城，焦急地告訴林巧稚：“三姑，不好了！嘉通兄，他給日本人抓走了！”
林巧稚呆住了。她心中充塞著憤慨、憂慮、哀愁的複雜情感，呆呆地坐在那裏。
晚飯後，林巧稚獨自一人，在院子裏漫步。白天被各種傳聞攪得不安的協和宿舍現在似乎恢複了平靜。家家房門緊閉，隻有幾棵白皮鬆，孤零零地站在寒風中，抖動著光禿的枝椏，似乎在向蒼天訴說悲哀。
雖然下午已經傳過話來，說是要讓醫生們重新登記造冊，但醫院能否辦下去仍是個懸案。如果協和真有關閉的一天。個人的出路，全家的生活將作何安排呢？
林巧稚不由得停住腳步，望著自己的家。這幢兩層的灰磚小洋樓裏，現在住著周華康、林懿鏗夫婦，大姐林款稚，侄女林敏鏗等四五口人，一旦失業，一家人的生活將如何維持？
林巧稚走著，想著，愁雲慢慢聚攏在她的心頭。