中央醫院，原是由北洋軍閥政府撥款建立的。僅有100張病床，每天接待門診200多人次。因為經費不足，向天主教堂借債，後來就變成了天主教醫院。鍾惠瀾等人改組醫院之後，修女們就來逼債。在艱苦的條件下，新來的協和大夫們晝夜應診，使醫院恢複了生氣，也開始有了名氣。
當時，鍾惠瀾負責醫院的醫療業務，她邀請林巧稚在中央醫院籌建婦產科，並聘請她擔任婦產科主任。
老同學相邀，林巧稚欣然應允。
中央醫院的條件相當差。留給婦產科的是後院的一排高屋脊的老式瓦房，跟協和醫院相比，簡直是一天一地。但林巧稚不怕條件簡陋，她找來了一位工程師，向他詳細地述說了自己的改造方案。工程師按照這個方案設計、施工，建成了一個小巧、緊湊而又頗具水平的婦產科門診部和病房。
從1942年5月正式上任起，林巧稚每周至少到這裏來3次，其它時間在家看門診。有需要接生的產婦，有需要做手術的病人，就送到這裏來住院。同時，她也在這裏應診，掛她的號的產婦、病人很多。
那時候醫院的病房是分等級的，有錢的，住一等、二等，錢少的，住三等。林巧稚本來是負責一、二等病房的，但她也常去三等病房，為那裏的病人診治。至於收費，她總是按規定辦事。有時，遇到有錢的病人，有人就主張多收費，林巧稚總是出來幹預，不準多要。三等病房中，給不起手術費的，她就減收或不收。有一次，三等病房一個產婦難產，經林巧稚處理，母子都保住了性命。臨出院的財候，產婦的丈夫不好意思地說：您的恩情我們一輩子都記在心裏，可您這髙級大夫的手術費，我，我實在是林巧稚懂得了他的意思，立即決定手術費免收。
在北京醫學院附屬人民醫院的病案室裏，那些已經發黃的病例中，至今仍然可以查到許多這樣的記載：“林巧稚大夫優待，按八五折計算”，等規定。
這天，林巧稚在中央醫院值班。休息的時候，她和一位大夫坐在醫院主樓大廳的長椅上聊天。談起這幾年國家和她自己家庭的遭遇，林巧稚無限感慨，越說心裏越氣。這時，一個在大廳裏散步的女病人，似乎聽到了她的談話，緩步向她走來。
林巧稚心裏猛一驚，後悔剛才談話的聲音太大了。在這憲兵橫行的地方，到處隔牆有耳啊！那病人走到跟前問：“您是林大夫吧?”
“啊，是啊。”林巧稚一邊說一邊打量這個矮個子、身著白色住院服的病人。
“您忘了？您以前為我接過生的。”
聽著她那一口生硬的中國話，林巧稚猛然想起來了，她是教堂的一位日本牧師。
“噢，對啦，您是牧師!”林巧稚說著忙起身招晬。
“我們都是教友。教友是應當互相親愛的，”那牧師故做笑態，坐在林巧稚的旁邊，“中國和日本也應該是友好的。你對日本有意見，這很可惜!”
糟糕！剛才的談話肯定被聽到了！林巧稚心裏不免有些緊張。她不願再多糾纏，就推說有事匆匆走開了。
要知道，就憑她那些帶有不滿情緒的言談，隨時都有被憲兵隊逮捕的危險啊！
晚上，林巧稚怏怏不樂地躺在床上，翻來覆去地想著那日本牧師的話。
她是一個教士，為什麼說出這種帶政治色彩的話？上帝為什麼不讓他的兒子救世主耶穌基督來救救受苦受難的中國人呢？宗教啊！宗教，你究竟是怎麼一回事呢一個個難解的矛盾，在不斷地衝擊著牧師們在她心中築起的信仰的堤防。
“仁慈”、“博愛”、“退讓”這一切林巧稚都曾經看作至理名言。但是，抗日戰爭初期的一件事，使&不能不另作思考了。那天，她像往常一樣，來到教堂做禮拜。那位大胡子的外國牧師在講完聖經後，突然借題發揮，對時局發表了一通高論：“中國人的抗日心情是可以理解的，但那種過火行動顯然是不對的。基督的信徒，應當是克製和忍讓的。”
對此，林巧稚簡直不相信自己的耳朵。不是說宗教是不問政治的嗎？怎麼在這莊嚴的教堂裏高談起戰爭？聖經不是教誨普天下都要行善嗎？何以這樣縱容野蠻屠殺中國人的侵略者？那些點燃戰火的劊子手難道就無需“克製”那些無辜受蹂躪的民眾難道就該任人宰割？!浴血奮戰的中國人在自己的國土上抗禦外敵，談何過火。
林巧稚越想越氣，從此她對教堂不那麼感興趣了。