今天這個日本牧師的談話，又如出一轍。“你對日本有意見，這很可惜，”“為義受逼迫的人有福了，因為天國是他們的人。人若辱罵你們，捏造各種壞話毀鎊你們，你們就有福了，應當歡喜快樂，因為你們在天上的賞賜是很大的。”此刻，林巧稚默誦著《聖經》中的這段名言，心中實在覺得不可理解。啊！上帝！天國！林巧稚越想越覺得迷惘。世上的不平太多了，總靠“退讓”、“忍耐”，能解決嗎？但是，不靠這些又靠什麼呢？她無法找到一條可行的路。她覺得，這些問題不是一個婦產科醫生管得了的。
她盼望有一個好的社會，一個好的政府，但是，這樣的社會，這樣的政府又在哪裏呢？
她憧憬著未來，而未來在她眼前是一片迷茫。
1945年8月15日，日帝國主義宣布無條件投降。抗日戰爭勝利了！中國人可以揚眉吐氣啦！林巧稚似乎看到，希望在她麵前閃光。
但是，沒有多久，她就感到失望了。所謂接收變成了“劫搜”。國民政府的接收大員們，摟金子、占房子，搶車子，市場物價飛漲，社會動蕩不安，北平又陷人了濃重的黑暗之中。
最使林巧稚感到氣憤的，是國民黨的獨裁政治。
1946年4月，在中山公園音樂堂舉行的“北平市國大代表選舉問題演講會”上，主講人法學家陳謹昆教授被打得鮮血直流，許多學生、教師都遭到磚頭瓦塊的襲擊。次日，各公正報紙紛紛報道了事情的經過。看到報道，尤其是親眼見到受害者送醫院治療的情景，林巧稚和許多富有正義感的大夫都感到震驚。
從1945年9月開始，林巧稚應邀兼任了北京大學醫學院附屬醫院婦產科主任和北醫的兼職教授。她在醫院，在學校，都深受學生的尊敬和愛戴。
那時候，許多學生的生活相當困難。國民政府濫發紙幣，物價一日三漲。一些學生買不起書，交不起夥食費和學費，隻得業餘作小工，有的甚至賣血。為了幫助這些窮學生，林巧稚和鍾惠瀾等把在北大醫學院兼課所得的全部薪水獻出來，作為獎學金。
日本投降不久，南京政府宣布淪陷區各公立大學為“偽大學”、宣布學生為“偽學生”，需經“甄審”考試，這是對淪陷區學生的汙辱，引起學生們的反抗。北大醫學院的學生在中共地下黨領導下，貼出了“想中央，盼中央，中央來了更遭殃”的大標語，聯合其他學校，以出壁報、開辯論會等方式進行鬥爭，終於迫使國民政府讓步，取消了考試。林巧稚同情學生的處境，同時她也看到了那些打入高等學校的國民黨特務的醜惡嘴臉。後來，北大正式聘請她擔任醫學院婦產科主任和教授，她寫信拒絕，並且退回了聘書。
林巧稚一邊繼續經營私人診所，一邊在中和醫院兼職。那時，北平妓院多，性病流行，嚴重地損害著婦女的健康。有一個農村姑娘，因為生活貧困被人販子輾轉賣到了妓院。後來，她逃出來，跟一個拉洋車的窮苦人結了婚。但她在妓院已經染上性病，陰部潰爛生蛆。林巧稚十分同情她的遭遇，親自動手為她做了手術。但是，她又憤憤地想：我一雙手能治得了幾個人呢？
一個家境並不富裕，已經生了四個女兒的婦女，因為丈夫想要男孩，第五次懷孕了，但胎位不正，遇上了難產。產婦對林巧稚哭訴：“生一回孩子，過一回鬼門關；我真不想再生了！可是男人和婆婆非要男孩，又有什麼辦法呢?”林巧稚理解她的苦處，在給產婦免費作了剖腹產的同時，把她的輸卵管結紮了。剖腹取出來的是個男孩。產婦的丈夫很髙興，又場言要再生一個男孩。有人把這話告訴了林巧稚，林巧稚氣憤地說：“你告訴他吧，他的妻子不會再生孩子了。生那麼多，女人受得了嗎?”
但話說完，她自己覺得好笑！我管得了這一家，還能管得了千家萬家?”
“啊，貧窮，落後的中國啊!”林巧稚哀歎著，隻覺得希望之光在她的麵前又一次破滅了。
1948年，林巧稚一家留在北平的人已經為數不多了。
共產黨領導的人民解放軍在東北戰場節節勝利，勢不可擋。
北平城裏，人們紛紛傳說，將來要以長江為界，南北分治。這種說法，使一些在南方的人憂心忡忡，惟恐日後家人不能團聚。
對此，林巧稚也有點擔驚受怕，她的家人又進一步分散，於是，在北平家中，就隻剩下她和侄女婿周華康兩個人了。
周華康1946年赴美留學，1948年回到協和，出任協和醫院的兒科主任。
9月，遼沈戰役打響，東北的一些土豪劣紳，紛紛逃到北平，協和醫院的門診廳裏，每天傳播著這些人從關外帶來的聳人聽聞的消息，什麼“共產共妻”了，什麼“殺人放火”了，等等，搞得人心惶惶。