鎮南關大捷後，清政府並沒有乘勝擴大戰果，而是見好就收，與法國人議和，鎮壓太平軍的名將彭玉麟得知議和消息後十分憤慨，他上書說：“議和有五不可：一、法軍無端挑釁，我們不懲罰他就與他議和，不可。二、法軍未受重創，即便來請和也是心懷叵測。三、法人不要賠款，恐怕是要秋後算賬，到時必增加10倍。四、連外強中幹的法國人我們都求和，恐怕將來各國都要來欺負我們了。五、雲南物產富饒，洋人垂涎已久，如果與其議和必然通商，洋人在此傳教，密布羽翼，今後局麵不可收拾。”又說：“有五可戰：揣敵情可戰，論將才可戰，察民情可戰，采公法可戰，卜天理可戰。”
可惜彭玉麟的建議不被采納，彭玉麟不知道法國此時也很虛弱，他們正在埃及和英國人較勁，所以也急於停戰。本來清廷定打算在公曆4月1日簽訂停戰協定，但法國人說：“4月1日是愚人節，太不吉利了。”於是清廷與法國在4月4日簽訂停戰協定。1885年6月9日李鴻章與法國駐華公使巴德諾簽訂《中法新約》。
《劍橋中國晚清史》：“事實證明，清廷的優柔寡斷和舉棋不定造成了災難。堅定的作戰政策本可以製止法國的侵略，如果堅持和平政策本來也可以保住福建水師和馬尾船塢。可是庸碌無能的領導層卻毀了這兩者，而且還喪失了安南這一朝貢國。”
日本人稻葉君山《清朝全史》說：“黑旗軍是太平軍餘孽，清廷不能肅清內亂，驅虎狼以出境，遂為破壞外藩之端，蓋清之衰頹實由於此。而安南王不知立國之計，妄開釁端，終至亡國，自1885年後法國人視越南如魚肉，也可憫。”稻葉君山的清史雖寫得不錯，但此番話為其敗筆。
教科書說中法戰爭以中國不敗而敗，法國不勝而勝而結束。然而事實是這樣嗎？讓我們逐條看一下《中法新約》，條約規定：
一、清政府承認法國與越南訂立的條約。評：隻不過失去越南這一屬國，但清國“賞”給越南的東西要比越南貢給清國的東西價值大得多，羊毛出在羊身上，所以這條減輕了中國人民的負擔。
二、中越邊界開設兩處通商。評：這條對貿易有好處，我國自給自足，因而通商可以使我們多賺錢。
三、中越邊界關稅應減少。評：這對雙方都有利。
四、日後西南地區中國修鐵路要找法國人辦理。評：當時詹天佑還在當海軍，還沒學建鐵路呢，因而當時中國自己修不了鐵路，隻能找別人。
五、法軍撤出台灣、澎湖。評：看不出這條對我方有何損害。看來《中法新約》是個平等條約，我們隻是沒利益擴大化而已。
中法戰爭就這樣結束了，與中國近代其他反侵略戰爭相比，這場戰爭我們並不是以弱抗強，而是以弱對弱。此前法國經曆了普法戰爭，戰爭賠款50億法郎讓法國筋疲力盡，因此急需一場戰爭來穩定局麵，於是就找到了清國。結果，不承想，連清國都沒辦了，反惹得一身騷。
長期以來，近代史學界對中法戰爭的研究很不夠，人言鴉片戰爭是中國近代史的開端，第二次鴉片戰爭是洋務運動的開始，甲午戰爭是徹底使國人警醒的轉折，八國聯軍侵華使中國徹底跌入半殖民地半封建深淵。那麼中法戰爭呢？沒有定位，在學術界研究時也一直沒有像其他幾場戰爭那樣受重視。而事實上，此戰對中國的影響是巨大的。