叢書雖起源較早，但真正名實相符而有顯著發展卻在明清兩代，如明代有：
①包羅四部的巨編：如《漢魏叢書》、《唐宋叢書》、《格致叢書》及《寶顏堂秘笈》等。
②專門性質的叢書：如《子彙》、《二十子》、《古今逸史》和《五朝小說》等。
③地方性叢書：天啟時海鹽令樊維城輯曆朝鄉人著述四十一種、六十五卷而成《鹽邑誌林》，為地方性叢書的始創。
明朝雖然出現許多不同類型的叢書，但不少明代人擅改文字的惡習也沾染到叢書所收的圖書內容，如《稗海》中所收宋葉夢得的《岩下放言》一書，經節錄後易題為鄭景生的《蒙齋筆談》，使撰者與書名都麵目全非。《寶顏堂秘笈》收王楙《野客叢書》三十卷，刪削精要，減為十二卷。當然，有些叢書還保證了一定的質量，如毛晉汲古閣所刻行的《津逮秘書》。
叢書到了清代，可稱達到興盛時期，不僅類型齊全，而且內容也更精粹。清代刊行叢書事業大抵清初開其端，乾嘉求其精，道鹹增其類，晚清則專科叢書漸備。
清代叢書中專科與綜合兩方麵都有顯著的成就，專科性叢書按學科彙聚有關圖書為一書而別標書名，如：
①經籍：《皇清經解》、《通誌堂經解》。
②輯佚：《玉函山房輯佚書》、《漢學堂叢書》。
③考史：《廣雅書局叢書》、《史學叢書》。
④輿地科技：《麓山精舍叢書》、《則古昔齋算學叢書》。
⑤詞典：《彊村叢書》。
⑥目錄：《玉簡齋書目》。
⑦版本：《士禮居叢書》。
⑧校勘：《抱經堂叢書》。
這些專科叢書由於編纂者多是藏書家、校勘學家或是某一專門學科的專家，所以大都質量較高，頗便學者使用；但包羅宏富，能跨越前代，馳名中外的當推至今存世的大型綜合性叢書《四庫全書》。
《四庫全書》是清乾隆時期由朝廷組織編撰的一部大叢書。它創議於乾隆三十七年（1772年），次年二月成立了“四庫全書館”，選拔知名學者入館，在全國範圍內廣泛征求圖書，更從《永樂大典》中輯錄遺書。《四庫全書》共收書三千四百六十一種，七萬九千三百零九卷，分裝三萬六千三百冊。在開始編纂《四庫全書》時，乾隆皇帝考慮到此叢書卷帙多、工程大，不易速成，便命令從全書中選擇精華，另編一部《四庫全書薈要》，共收書四百七十三種，一萬九千九百三十卷，分裝一萬一千二百五十一冊。
在《四庫全書》館開館不久，為了貯存《四庫全書》，決定建立北四閣——紫禁城的文淵閣、圓明園的文源閣、熱河避暑山莊的文津閣和沈陽的文溯閣。乾隆三十九年（1774年）至四十一年（1776年），文津、文源、文淵三閣相繼建成，文溯閣也於四十七年（1782年）建成。從四十四年至四十七年間（1779—1782年）又修建了江浙三閣——鎮江金山寺的文宗閣、揚州大觀堂的文彙閣和杭州西湖的文瀾閣。南北七閣的建成和使用充實了東北、華北和東南地區的國家藏書，對保存和傳播中國古代文化起到了重要作用。
與《四庫全書》編纂同時開始的是全書的繕寫工作，當時決定繕寫八份《四庫全書》和二份《四庫全書薈要》。二者的總字數達八十多億字。於是動用了三千多名書手，經過十五年，終於在乾隆五十二年（1787年）完成了繕寫工作。《四庫全書》八份分別貯存於七閣和翰林院；《薈要》二份一存內府禦花園中摛藻堂，一置圓明園中的味腴書屋。
《四庫全書》的編纂是清代前期由朝廷組織進行的一次空前規模的圖書編纂活動。它對古代文化的保存和傳播起到過重大的積極作用。它所采用的從《永樂大典》中輯佚和從民間征求遺書的活動，使《四庫全書》的收書範圍和圖書質量超越前代，並使許多有極高文獻價值的珍本秘籍呈現於社會，為後世學者研究古代政治、經濟、科技、文化保存和提供了可貴的資料。《四庫全書》的分散收藏，尤其是翰林院與江浙三閣的藏本向知識界開放，使學者有機會檢讀與使用，對推動乾嘉時期研究古代文化和整理古典文獻熱潮的興起有著重要的作用，對中國傳統文化的發揚和傳遞以及許多與整理文獻相關的專門學科（目錄、校勘、版本、考證、輯佚等）的興起與建立都有一定的影響。