鬆讚幹布開始大力扶植藏傳佛教在藏地的傳播，同時竭力遏製雍仲苯教的勢力。所謂一山不容二虎，要想扶植一個必須要遏製甚至是消滅另一個，這是一個必然規律。但是要想將其中一個完全消滅幾乎是不可能的，最理想的方法是將其納入其中。
因為有了統治者的支持，藏傳佛教有了飛速的發展，原本處於主導地位的雍仲苯教開始逐漸消亡。但是一件事物的消亡，並不是那麼簡簡單單悄無聲息的，而是要同新興事物激烈的抗爭。雍仲苯教在消失過程中也是如此，同當時的統治者和藏傳佛教進行激烈的抗爭。但是由於統治者的利用各種手段不斷分化打壓，另外還有大量信眾的缺失，雍仲苯教終於在曆史潮流中消亡了，退出了青藏高原的主導曆史舞台。
在藏傳佛教傳播和雍仲苯教消亡過程中，中間發生過數次激烈的衝突；就像是在內地的佛道之爭，或者是說是基督教和伊斯蘭教之間的戰爭，每一次都是慘烈無比的。兩者不斷的衝突，於是形成了勢成水火的局麵。我們今天很難在藏地看到左旋的卍字，就是因為這樣特殊的曆史造成的。
在象雄文明誕生之前，中亞地域就存在著各種原始崇拜的儀式───原始苯教，後幸饒彌沃創立了雍仲苯教，從而使苯教得以統一，雍仲苯教成為象雄的國教並逐漸展達到了鼎盛時期。幸饒彌沃所創立的雍仲苯教不僅僅在象雄地域流傳，一直到公元七世紀，雍仲苯教也是整個吐蕃的唯一宗教和信仰基礎。
從公元七世紀印度佛教傳入吐蕃以後，苯教和印度佛教在互相排斥的同時，又各自吸收了許多對方的內容，苯教吸收了印度佛教的內容，豐富了其文化內涵；而印度佛教吸收了苯教的一些內容，使其能夠更深入地融入吐蕃的社會並逐漸發展成為當今擁有濃鬱雪域高原藏族特色的藏傳佛教。
根據古代吐蕃的傳統，每位讚普（相當於國王）登基以後，會推舉一名苯教高僧叫做“古辛”（相當於國師或法王），並為其建立一座叫做“賽康”的寺廟以做供養，讚普處理軍政大事甚至是讚普王位的繼承，都需要古辛的參與（吐蕃第一位讚普聶赤讚普就是由苯教的僧團認證並加冕的），加之吐蕃百姓以及當地一些大臣和貴族勢力都非常信奉苯教，苯教勢力過大，威脅到了吐蕃王室的地位和權威，兩者的矛盾日益擴大。
另外，吐蕃這一段時期不斷擴張，而被吐蕃吞並的諸羌部落比較分散，他們原先的信仰基礎乃至語言文字都已形成一種格局，地方豪酋和貴族勢力以此掌握著各部落的控製權，吐蕃王室需要重新洗牌並建立一種新的秩序以加強王室集權並削弱地方酋長的勢力，從而加深對各部的控製。
公元七世紀初，吐蕃讚普鬆讚幹布將印度佛教引入吐蕃，並給於佛教僧侶很好的宗教政策，此舉無疑是播下了一顆種子，這顆種子日後生根發芽並成為吐蕃王權重要的政治籌碼：到了公元八世紀，時任吐蕃讚普赤鬆德讚頒布一係列政策全力扶植印度佛教並打壓苯教勢力，起初此舉遭到了信奉苯教的大臣和貴族們的反對，後赤鬆德讚讓佛教與苯教進行公開辯經，以決勝負，在辯論結束後，赤鬆德讚宣布佛教獲得勝利，苯教徒們連同他們所在的寺院一起被迫改宗印度佛教，苯教寺院的佛像被隱藏入地下。
凡不願意改宗的苯教僧人被流放到阿裏、安多和康區等邊遠地區，繼續信仰和傳播他們的宗教。苯教在赤鬆德讚以後一直處於劣勢，尤其在作為政治文化中心的衛藏地區，基本上被清除逸盡。但苯教畢竟是青藏高原的本土宗教，它的影響不可能隨著教派的衰落而消失。直到今天，苯教仍然深刻地影響著藏民族精神和文化生活的某些方麵。
藏傳佛教和雍仲苯教在爭奪主導過程中，數次發生了流血事件，有幾次甚至是全國規模的衝突。雙方由於成了世代的血海深仇，都明白了要爭取當時統治者的重要性。最後一次苯教和藏傳佛教的大規模衝突，就是西藏曆史上著名的朗達瑪滅佛運動。
從朗達瑪滅佛之後的一百年間，苯教短暫的重新占據了宗教主導地位，但是很快就衰敗了，這一百年間被藏傳佛教成為末法期。藏傳佛教曆史中記載的前弘期和後弘期就是以朗達瑪滅佛斷開的。從朗達瑪滅佛之後，藏傳佛教正式成為了藏地的主導宗教，地位再也沒有被苯教挑戰。