《論語》之書，無非操存、涵養之要”（《語孟綱領》）。《論語》樹立了以孔子為榜樣的儒家的思想人格。《論語》中用大量篇幅談論以“君子”為修養之標準人格。君子“博學於文，約之以禮”（《雍也》），“修己以敬”（《憲問》）。而其理想人格即是“仁”與“智”的統一。孔門弟子認為孔子即是仁智統一的體現者。孔子常說：“仁者不憂，智者不惑，勇者不懼。”子貢認為此“夫子自道也”（同上）。張岱年曾以“標仁智以統禮樂”來概括孔子思想的特點，此也可謂是《論語》一書之要旨。
由於曆史資料的缺佚，曆來關於《論語》之源流的研究，僅上溯至漢。近有人對《論語》的原始結集本進行了探討，有以下幾種意見：（1）《論語》在先秦時期不隻是一部而是有多種本子同時存在。孔門弟子升堂入室的有七十二子，那麼“也應該有七十二種不同的《論語》”，可是顏淵、曾參等的本子沒有流傳下來，“於今，我們所見到的《論語》，乃子夏的筆記本”（曹聚仁：《中國學術思想史隨筆》）。（2）孔子死後，儒分八派，各派所傳之孔子學說，難為別派所承認，後由子夏主持結集成《論語》的原始本子。（3）先秦流傳僅孔子言論零章散篇，至西漢時才刪重補綴，集成一書（以上兩說均見朱維錚《（論語）結集脞說》）。
《論語》在西漢，最初有《魯論語》、《齊魯語》及《古文論語》三種本子。梁皇侃《論語疏敘》引劉向《別錄》說：“魯人所學，謂之《魯論》；齊人所學，謂之《齊論》；孔壁所得，謂之《古論》。”《魯論語》二十篇，為現行《論語》所據之本。
《齊魯語》二十二篇，多《問王》、《知道》兩篇。另二十篇中章句也較《魯論語》為多。《古文論語》二十一篇，無《問王》、《知道》兩篇。此外，《論衡·正說》雲：“至武帝發取孔子壁中古文，得二十一篇，《齊》、《魯》、《河間》九篇，三十篇。”可知西漢還有《河間論語》的版本，由於其早佚，其篇章、內容已無可查考。
漢代還出現兩種影響頗大的《論語》合編改訂本。一為《張侯論》，由西漢末安昌侯張禹混合《齊論》、《魯論》，“刪其煩惑，除去《齊論》、《問王》、《知道》二篇，從《魯論》二十篇為定”（《隋書·經籍誌》）。一為鄭注本《論語》，由東漢末鄭玄合並《張侯論》與《古論》而成，並為之注，遂流行至今。
《論語》在漢代已有注本，相傳孔安國曾為《古文論語》撰訓解，但世不傳。包成、周氏為《張侯論》撰作章句。馬融也為《古文論語》作注。鄭玄以《張侯論》為本，參考《齊論》、《古論》，而為之注，曾盛行於當時。可是這些注本早佚。其部分義釋保留在魏何晏諸人的《論語集解》中。清馬國翰《玉函山房輯佚書》有鄭注之輯佚本。敦煌千佛洞石室也發現有鄭注之殘本。
現存《論語》最古注本為魏何晏等人的《論語集解》，雜采漢魏經師八家之說，為研究《論語》思想的重要參考。魏王肅也撰《論語解》，與鄭注故意立異，但今不傳。《論語集解》中可見說之部分。南朝梁代皇侃《論語義疏》，常采玄言佛語入疏，但可證《集解》所集諸儒之說。南宋時亡佚，清乾隆間複由日本傳入。宋代刑根據皇疏，翦其枝蔓，輔以義理，撰《論語正義》，開義理說經風氣之先。南宋朱熹輯集宋儒十一家學說，撰《論語集注》，重義理但也並非不注意訓詁，對後世有較大的影響。清代注本甚多，但以焦循《論語通釋》較為精審，以劉寶楠《論語正義》最為詳博。近代康有為《論語注》尊今文經學，其引證以今文學為主，正偽古之謬，發大同之漸。近人注本多不受漢學、宋學之囿，並注意詮釋之簡潔、通俗。其中以楊伯峻《論語譯注》與錢穆《論語新解》流傳較廣。
自古至今各種注本約有三千餘種。
《論語》的出現標誌著中國曆史上私人著書的開始。不過，它在先秦時期還隻是諸子學說中一個顯要學派的創始人之言行集罷了。秦時因“儒以文亂法”，《論語》也遭焚書之禍。秦亡漢興，出現轉機。漢文帝雖好黃老之學，但也曾置《論語》博士，《論語》開始列於學官。後又“罷傳記博士，獨立五經而已”（趙岐《孟子題辭》）。漢景帝以後，鼓勵民間獻書，《論語》出現了三種本子，即《古文論語》、《魯論語》和《齊魯語》。漢武帝獨尊儒學後，《論語》的地位日益提高。《論語》的三種傳本在官府都有人傳授。漢元帝時張禹為太子講授《論語》，其所編的《張侯論》，隨太子繼位（是為成帝）其地位益尊。此時，《論語》被視為“五經樁轄轄，六藝之喉衿”（趙岐《孟子題辭》），即達到五經非《論語》則無以運行的地步。東漢時被列為六經之一，後又列為七經之一（《孝經》名為經，但漢人稱為傳，後也被列為經，與詩、書、易、禮、春秋、論語，合為七經）。南宋紹熙元年（1190年），朱熹把它和《大學》、《中庸》、《孟子》合為“四書”刊印。元延祐右年間複科舉，以《四書集注》應試，此後《論語》文句變為八股教條。如康有為所說：“蓋千年來，自學子束發通讀，至於天下推施奉行，皆奉《論語》為孔教大宗正統。”