研究所使用的手段還主要是旅遊學上的理論基礎，研究領域和方法都過於單一，迫切需要對現有研究所采用的理論方法進行多樣化。由於生態旅遊與生態學有一定的聯係，今後應該加強生態學的學科基礎，尤其是景觀生態學作為少數能夠直接架起生態學理論研究與社會生產實踐之間溝通橋梁的生態學分支學科之一，在生態旅遊領域極具應用潛力。同時還應兼容並蓄其它相關的自然學科、社會學科和人文學科的理論與方法，如地理學、林學、美學、社會學、人類學、經濟學、環境科學等，加強跨學科的合作研究。
另外，雖然生態旅遊在發展中國家率先興起並獲得成功的例子讓質疑大眾旅遊的人們看到了新的希望——對旅遊目的的而言，既能獲得可觀的經濟效益又能將環境影響減到最小，尤其是在人們充分認識到環境問題不容忽視的今天，生態旅遊的出現似乎讓人們找到的一種雙贏的旅遊形式而爭相效仿。然而，並不是每個地方都適合發展生態旅遊。其一，獨特的自然資源和社會文化是發展生態旅遊的必要和基礎條件；其二，自然條件優越的地區大都地處偏遠，交通不甚發達，受外界幹擾少，發展生態旅遊需要開發商、經營者及相關行業的通力配合，如何處理好開發與保護的平衡尤為重要。如進出旅遊區需修建道路，而道路的修建會嚴重破壞動植物原有的棲息地，又如遊人將現代文明帶入未經洗禮的旅遊區，與傳統文化發生碰撞，影響當地人風俗習慣與價值觀，這一係列的問題都需要慎重對待；其三，正如前文所提到的，生態旅遊對旅遊者的要求高、限製多，直接導致了其市場的有限性。綜上所述，生態旅遊不是救命稻草，也不可能替代以大規模、標準化、低價格和高效率為特點的大眾旅遊。
就我國的實際情況而言，在生態旅遊開發中也存在著各種問題，如法律法規建設和管理體製改革滯後造成的執法渠道不暢，執法不嚴，生態旅遊資源和環境遭到破壞的現象時有發生；政府部門缺乏用生態學原理指導經濟發展的意識，使得有些地方政府將生態旅遊座位地方經濟發展的龍頭，最終導致景區重複建設，生態旅遊環境嚴重破壞，資源退化；缺乏將社會需求納入旅遊業發展計劃的機製等，這些都是在我國生態旅遊開發和發展中存在著的問題，也是今後需要重點解決的問題。
生態旅遊從興起自今，無論是理論研究或是理論應用都處於一個探索和有待完善的過程，雖然其中不乏成功的例子。生態旅遊的定義、內涵、判斷標準等都尚未有定論；如何處理好生態旅遊開發商、管理者、遊客及相關行業之間的關係、如何處理人類活動與環境保護的矛盾，如何平衡旅遊與當地之間的經濟利益等一係列問題也有待商榷。在可持續發展觀念和生態環境意識日益滲透到社會各個層麵的今天，越來越多的專家認同生態旅遊的發展前景非常廣闊。可以預見，未來會有越來越多的人加入到生態旅遊研究和應用的行列中來，也會有越來越多的人選擇生態旅遊，體驗生態旅遊。