關於《水滸傳》成書過程、“水滸傳主題及其與曆史真實的關係是爭辯了幾百年的問題”可是研究者很少從《水滸傳》中題材、思想等重要因素的形成和傳承角度進行係統考辨。《水滸傳》是曆代諸多作者共同完成的，作品初期形成的一些要素必然對後世有所影響。許多研究者把《水滸傳》中一些情節的設置歸結為最後寫定者的個人意識的產物（如把《水滸傳》中仇視青年婦女的傾向，解釋為施耐庵可能是情場失敗者，借此攄懷；又如說寫招安是作者地主階級思想的反映雲雲）。這些人不懂得這類從說唱文藝演變來的通俗小說，主題和基本情節是經曆了複雜演變而最後確定下來的，最後的寫定者對其基本傾向是無能為力的。
《水滸傳》還有許多謎團，例如宋江怎麼從一個隻有三十六人的小股武裝搶劫集團變成了有根據地、有政治口號、進可攻、退可守的反抗朝廷的武裝隊伍？按照梁山“排座次”時規模足以打到東京去，奪了“大宋皇帝的鳥位”，為什麼還要卑辭厚禮、買通官僚，甚至還要買通妓女，靠走後門去招安投降？為什麼！水滸傳第七十一回仿佛是個分水嶺，前後在思想藝術上都存在著極大差別？如果我們對於宋元兩代留下的、後來構成《水滸傳》的要素的來龍去脈有所了解，對於要素的曆史真相、文化內涵和社會意義有所了解，《水滸傳》的許多內在矛盾自然冰釋。因此總結宋元“水滸”故事形成的要素並加以考辨，弄清其形成及演變的過程，對於深刻理解《水滸傳》和認識其成書過程是簡單而便利的手段。
當然，現在巳經沒有南宋完整水滸故事傳本了，元代也僅有數本水滸戲傳世，我們僅能從南宋有關水滸故事的記載和元代的水滸戲來分析考察。
1.南宋“水滸”故事基本要素
《大宋宣和遺事》中有關水滸的故事，可能就是臨安藝人說話的底本的彙集。全文共三千來字，其中包括楊誌等督運“花石綱”；楊誌賣刀；智取生辰綱；宋江通風報信；宋江殺惜；九天玄女授宋江天書，告訴他們宋江等人上應天象，最後受招安，為國家出力，征討方臘＇雖然《大宋宣和遺事有元人增寫、編輯的痕跡，可是體味其內容，書當寫於距北宋滅亡不太久遠的時間裏。從文字中流露的是對北宋末奸臣當道的憤恨、對徽欽二帝俘虜生活的同情與悲哀，這都是南宋初年那個特定時代的感情，是後人難以偽造的。
南宋水滸故事的基本要素包括以下一些內容：
其一，它是群體犯上作亂的故事，群體共有三十六人。故事表現的不是群體形成後與政府的對抗，其主要講述英雄好漢如何在社會矛盾中落敗，一步步走上反叛道路，最後落草為寇。這樣的故事是個人英雄傳奇，按“說話”分類屬於“樸刀杆棒”類。宋末羅燁《醉翁談錄的記載也證明了這一點。在其“小說”目錄中有“公案”類的“石頭孫立”；“樸刀”類的“青麵獸”；“杆棒”類的“花和尚”、“武行者”等故事，雖然故事內容巳佚，但從題目便可知“石頭孫立”大約是他被差遣押運花石綱未能按時到達的故事（這個故事沒有被《水滸傳》采納），“青麵獸”大約是寫楊誌賣刀殺潑皮（牛二）；“遺事”中還有“僧人魯智深反叛，亦來投奔宋江”的簡單記載，後到的“僧人魯智深”可能即是“花和尚”。
其二，宋江集團等三十六人犯上作亂之原因是“亂自上作”，這個“上”就是當時皇上一宋徽宗。因此“遺事”一開始就講“先是朱動運花石綱”。花石綱屬於當時第一工程（皇帝園林艮嶽）的重要部分，宋江集團的造反故事即從這裏開始。這場犯上作亂又是個定數。這些都寫在“九天玄女”頒給的“天書”裏。
“定數”、“九天玄女”雲雲，反映了宋徽宗時崇尚道教的風氣。
其三，巳經有了“梁山泊”和山寨。《水滸傳》把一百零八將的聚義點設定在梁山泊山寨，這個要素巳經寫在“遺事”之中，其中多次提到去“太行山梁山泊”山寨落草為寇。
其四，南宋“水滸”故事主旨是“忠義”。“遺事”九天玄女頒給宋江的“天書”上寫道：“付天罡院三十六員猛將使呼保義宋江為帥，廣行忠義，殄滅奸邪。”軍師吳加亮也曾向宋江道：“是哥哥晁蓋臨終時分道與我：他從政和年間，朝東嶽燒香，得一夢，見寨上會中合得三十六數；若果應數，須是助行忠義，衛護國家。”“忠義”是南宋朝廷提倡的意識形態。當時金人鐵騎南來，北宋王朝轟然倒塌，天下大亂。靠什麼能把人們凝聚在一起重建權威和秩序？統治者選擇了忠義。忠義成為南宋軍民苦撐危局的重要動力。上麵說到“遺事”把“梁山泊”安置在“太行山”上，有的地方徑直寫“同往太行山落草為寇”，仿佛梁山泊是太行山的一部分。