姚樞的話使忽必烈猛烈醒悟，他立即取消了歡宴之舉，對姚樞、劉秉忠這些漢儒也更加器重，而漢儒們也更加竭誠盡慮地輔佐忽必烈，相互間建立了良好的關係。
當時，長期戰亂加上統治者的瘋狂掠奪，中原地區的社會經濟遭受嚴重破壞。蒙古進入中原後，仍然保留著濃厚的草原奴隸製統治方式，不立法度，綱紀混亂，老百姓流離失所，官府收不到賦稅，財政十分緊張。
忽必烈上任之後，就將藩府移往桓州金蓮川，繼續聘請漢族儒士官員，組成了金蓮川幕府，為他總結治理天下的經驗。在這些人的輔佐之下，忽必烈進行了大刀闊斧的改革：建立地方各級機構、創立法度、整頓賦稅、采用“漢法”，又整頓吏治、革除貪官汙吏，禁止蒙古貴族隨意殺人，招收流民屯田積糧。
經過這一係列改革，北方的經濟有了一定的恢複，人口也明顯增加，史載“收召才傑，悉從人望，子惠黎庶，率士歸心”，忽必烈的文治之功已經表現出來。在這種情況下，不僅促進了中原地區經濟的發展，也維護了漢族地主的利益，他們紛紛站到忽必烈一邊，願意接受他的統治，從而使忽必烈建立了自己在中原地區的統治基礎。
同時，忽必烈又有力拉攏、利用北方的地主武裝，以擴大自己的軍事實力。早在蒙古滅金時，董俊、嚴實、史天倪、張柔等北方地主武裝勢力的首領就投降了蒙古。忽必烈總領漠南漢地以後，對這些人繼續加以重用，並對他們給予極大的信任，使這些人在後來的征戰中為他賣力殺敵。如張柔投降後，深得忽必烈信任，為了報答這份知遇之恩，張柔與兒子張弘範忠心效力。平滅南宋、逼迫宋朝皇帝投水而死的最後一次戰役就是由張弘範指揮的。
忽必烈聯合這些漢族地主武裝力量，其目的當然是為了鞏固自己的地位，學習統治漢族地區的方法。事實證明，他的這番用心沒有白費，經過這些年的鍛煉，忽必烈已經成為漠南漢地漢族地主的利益代表者，得到了他們的忠心擁護，忽必烈也由此跳出了蒙古“黃金家族”的狹小圈子，成了一位深諳統治之道的統治者。
然而，忽必烈在漠南漢地推行的“漢法”改革卻損害了蒙古貴族在該地區的利益，隨著忽必烈在中原地區聲望的日益增加，以及在治理漠南漢地過程中財富的積累，使一部分宗親大臣開始在蒙哥麵前說他的壞話，挑撥說“忽必烈贏得了中原人心”，甚至有些人誣陷忽必烈手下的人擅權營私，將有所圖。
在這些人的讒言進攻下，蒙哥對忽必烈產生了懷疑。1257年，蒙哥忽然下詔，解除了忽必烈的兵權，同時又派出親信大臣到忽必烈轄區鉤考錢穀。由於蒙哥所派大臣傾向於宗親大臣，因而故意羅織罪名，企圖迫害忽必烈。
這時，忽必烈的處境十分危急。
忽必烈屬下的漢族儒士又一次解救了這次危機。在姚樞、劉秉忠等人的建議下，忽必烈保持了克製的態度，反而把妻子和女兒送到和林汗廷，當做人質，表明自己對蒙哥的忠誠。同年十一月，忽必烈又親赴和林拜見蒙哥。
在忽必烈的這些努力之下，蒙哥終於消除疑慮，下令停止鉤考錢穀，讓忽必烈返回金蓮川。忽必烈回到自己的基地後，又做出姿態進一步表明自己“無有異誌”。他撤銷了設在邢州、陝西、河南的機構，調回了自己委派的官員，使蒙哥對自己的所有疑慮完全打消。
這樣，忽必烈以忍讓保全了自己，避免了不測之禍，在即將到來的征伐南宋的戰役中，重新掌握了軍事大權，並為自己在蒙哥死後戰勝阿裏不哥、登上蒙古汗位打下了基礎。
從忽必烈初期成長和發展的過程來看，他鞏固自己權力和地位的根本在於擁有一大批足智多謀的漢族儒士。他們不僅向忽必烈講述曆代帝王統治天下的謀略和經驗，更為忽必烈出謀劃策，使他在總領漠南漢地以後，得以推行各項改革，發展了經濟，創造了物質基礎，又得到了漢族地主及其武裝力量的支持，進一步鞏固了自己的權力，成為蒙古國治理漠南漢地不可或缺的重要人物。
忽必烈潛居藩邸就謙虛待士，總領漠南漢地軍國庶事之後，更注意培養自己的勢力，鞏固了權力地位，終於在汗位爭奪中一舉擊潰幼弟阿裏不哥，登上汗位。謙恭待人、禮賢下士，在必要的時候克製自己，正是忽必烈鞏固權力、成就大事的智慧所在，這也是他留給後人的寶貴啟示。