1853年3月19日，洪秀全宣布定都南京，形成了與清王朝南北對峙的農民革命政權。2.北伐中原。北伐的目標是攻占北京，摧毀清政權。1853年5月，洪秀全、楊秀清派大將林鳳祥、李開芳二人率軍兩萬多人從揚州出發。遵循洪秀全製定的“師行間道、疾趨燕都，無貪攻城奪地靡時日”的方針，迅速穿越安徽、河南、山西等地，並於八月份攻入直隸省，威逼北京。太平軍的攻勢震撼了北京城，連鹹豐皇帝也準備逃往熱河。但是北伐在戰略上為輕敵思想所支配，勞師遠襲，流動作戰，缺乏根據地和後續部隊的支援，致使北伐功虧一簣。但是，李開方、林鳳祥等人在兩年內轉戰五千餘裏，連克數十城，把武裝鬥爭的烈火引進了清王朝的心髒地區，直接推動了北方人民的反清鬥爭。林鳳祥與李開芳在北伐中壯烈犧牲，在近代農民戰爭史上樹立了自己的光輝形象。3.揮師西征。西征的目的是為了鞏固以南京為中心的農民革命政權。太平軍定都南京以後，僅僅控製了鎮江和揚州等地。而安慶、九江等地尚在清軍手中。因此太平軍在進行北伐的同時，委派翼王石達開、正丞相胡以晃，副丞相賴漢英率軍西征。1853年6月攻克安慶，9月攻克九江。
接著又兵分兩路，一路進占安徽合肥，一路向湖北挺進，曾兩度攻占漢口，繼而又南下攻入湖南，與訓練有素、裝備精良的湘軍決戰。太平軍英勇頑強，以靈活機動的戰術，先後在靖港和鄱陽湖口大敗湘軍，迫使湘軍頭目曾國藩幾度投水自殺。西征取得了巨大勝利。4.擊破江北大營和江南大營。當時威脅太平天國首都南京的還有兩支清軍。一支由欽差大臣向榮統帥，駐紮在孝陵衛和紫金山一帶，叫做江南大營；另一支由欽差大臣琦善率領，駐紮在揚州城外，叫做江北大營。太平軍在取得西征勝利後，由秦日綱率大軍攻克鎮江，接著揮師東進，摧毀敵人營盤120多座，打破了江北大營。接著秦日綱又驅兵西進，與石達開配合，在南京外圍展開對江南大營的殲滅戰。石達開、秦日綱均為太平天國的勇將，所轄太平軍也特別勇猛。鏖戰數日，清軍被打得東奔西突，向榮率清軍逃至丹陽，深感無顏回見清朝統治者，被迫自殺。太平軍北伐戰爭雖然失敗了，但是通過西征和打破清軍江北、江南大營，確保了首都天京的安全，擴大了太平天國的統治範圍。長江千裏，西至武漢、東到鎮江，都在太平軍的掌握之中，太平軍軍事鬥爭形勢進入了全盛時期。5.力挽狂瀾，保衛農民革命政權。1856年，當太平天國運動呈現一片大好形勢之際，卻爆發了令人遺憾的天京內亂。太平天國領袖之間相互爭奪廝殺，導致天國傑出軍事將領楊秀清被殺，石達開出走，太平天國的軍事力量遭到了嚴重削弱。於是清鹹豐皇帝一再下旨：“趁此機會，設法進兵”。命令欽差大臣德興阿率軍攻陷揚州，重建了“江北大營”；同時又命欽差大臣和春，幫辦大臣張國良率軍再建了“江南大營”；太平天國的宿敵曾國藩親領十萬湘軍卷土重來。天京再度出現被圍困的嚴重局麵。太平天國後期的軍事領袖陳玉成、李秀成力撐危局，他們於1858年9月，在安徽滁州殲敵四千餘人。接著率部進占浦口，力攻江北大營，殲滅清軍一萬多人，從此江北大營不複存在。隨後陳玉成、李秀成又率軍會攻皖北三河鎮，擊斃曾國藩之弟曾國華，消滅湘軍四萬多人，迫使湘軍頭目李續賓自殺，“全軍皆寒，不可複戰”。
1860年3月，李秀成、陳玉成又兵分五路，采用“圍魏救趙”的辦法合擊江南大營，殲敵數萬餘人，江南大營從此也冰消瓦解。接著李秀成揮師東進，占領了蘇南廣大地區，“京外長城妖穴掃蕩一空”。19世紀60年代以後，清政府在政治上全麵倒向西方列強，為鎮壓太平天國運動，他們製定了“借師助剿”的反動政策，聘請英法等國的洋槍隊參戰，形成了中外反動派聯合圍剿太平天國的局麵。此時太平天國的朝政為洪氏家族把握，綱紀混亂，群臣反對，“人心改變，政事不一，各有一心，各有散意”。從內部動搖了太平天國的基石。在此種情況下，李秀成、李世賢等率部轉戰於武漢、南京、蘇州、上海和杭州等地，沉重地打擊了中外反動派。1862年5月底，他們統領大軍20萬人與湘軍在天京外圍決戰，幹淨利落殲滅了湘軍曾國荃部五千餘人。太平軍戰士作戰之勇猛，使在安慶坐鎮指揮的曾國藩“如在驚濤駭浪之中”。雖然太平天國軍事鬥爭隨著天京的陷落而最終失敗了，但是它所向披靡、摧枯拉朽地打擊了封建統治者，它的巨大功績在農民戰爭史上留下了最為光輝的一頁。6.宣示國威，沉重地打擊外國侵略者。太平天國運動是在中國淪為半殖民地半封建社會的條件下展開的，受曆史和社會條件的影響，這場農民運動就必然帶有明顯地反對資本主義列強的性質，這是太平天國較之以往農民革命的特殊性。太平天國堅決捍衛國家的主權和民族的獨立，堅決反對清王朝的投降賣國政策，對於帝國主義的軍事挑釁則給與無情打擊。1861年，英國海軍提督何伯，參讚巴夏禮來到天京，以平分天下為誘餌，企圖借用太平天國的力量聯合進攻清王朝，實現其滅亡中國的美夢。洪秀全當即予以拒絕，說這是“引鬼入邦”，出賣中國，太平天國是絕對不能接受的。1860年5月，李秀成率大軍進抵上海，英法兩國公使宣布用武力“保護”上海。美國流氓華爾首先發難，率領洋槍隊攻擊太平軍。李秀成下令給敵人迎頭痛擊，消滅洋槍隊700餘人，繳獲洋槍兩千餘支，大炮十多門。