劉良佐奏報許定國引清兵入儀封，李本身、劉洪起馳斬定國先鋒劉道行。清兵入考城。加洪起太子太保。清兵尋破歸、睢，巡按禦史淩駉死之，侄潤生自縊。駉遺清朝書有雲：‘願堅盟好，勿輕南下。否則，揚子江頭淩禦史，即錢塘江上吳相國也’。事聞，贈駉兵部侍郎、潤生禦史。清兵進逼江北，直下徐、潁，總兵李成棟南遁。四月初一日，命盡去各衙門印文“南京”二字；因禮部管紹寧印被竊，馬士英請改鑄另給也。
初四日，寧南侯左良玉舉兵東下，馳疏至；雲：‘竊見逆賊馬士英出自苗種，性本凶頑。臣身在行間，無日不聞其罪狀，無人不恨其奸邪。先帝皇太子至京，道路洶傳，陛下屢發矜慈，士英以真為假，必欲置之死而後快其謀。臣前兩疏，望陛下從容審處；猶冀士英夜氣稍存，亦當剔腸悔過，以存先帝一線。不意奸謀日甚一日，臣自此義不與奸賊共天日矣。臣已提師在途，將士眥目指發，人人必欲快食其肉。臣恐百萬之眾，發而難收，震驚宮闋，且聲其罪狀，正告陛下，仰祈剛斷，與天下共棄之。自先帝之變，人人號泣，士英利災擅權，事事與先帝為難。欽案，先帝手定者，士英首翻之；要典，先帝手焚者，士英修複之。思宗改諡，明示先帝不足思，以絕天下報仇雪恥之心；罪不容於死者一也。國家提衡文武，全恃名器鼓舞人心。自賊臣竊柄以來，賣官鬻爵，殆無虛刻；致都門有“職方賤如狗、都督滿街走”之謠。如越其傑以貪罪遣戍，不一年而立升部堂；張孫振以贓汙絞犯，不數月而夤緣仆少；袁弘勳與張道浚皆詔獄論罪者也，借起廢徑複原官；如楊天驄、劉泌、王燧、黃鼎、趙書辦等，或行同犬彘、或罪等叛逆，皆用之於當路。凡此之類，直以千計，罄竹難書；罪不容於死者二也。閣臣司票擬，政事歸六部，至於兵柄尤不得兼握。士英已為首輔，猶複掌樞，是弁髦太祖法度；且又引其腹心阮大铖，為添設尚書，以濟其篡弑之謀。兩子梟獍，各操重兵為呼應，司馬昭複生於今日；罪不容於死者三也。陛下選立中宮，典禮攸關。士英居為奇貨，擇其尤者以充下陳，罪通於天。而又私買歌女，寄養阮大铖家，希圖進選，計亂中宮，陰謀叵測；罪不容於死者四也。陛下即位之初，恭儉神明。士英百計誆惑，進優童豔女，損傷盛德。每對人言，惡則歸君；罪不容於死者五也。國家遭此大難，須寬仁慈愛以收人心。士英自引用阮大铖以來，睚眥殺人。如雷演祚、周鑣等煆煉周內，株連蔓引。尤其甚者，借題三案，深埋陷阱，將生平不快意之人，一網打盡。令天下士民，重足解體；罪不容於死者六也。九重秘密，豈臣子所敢言？士英遍布私人，凡陛下一言一動，無不窺視。又募死士，竄伏皇城，詭名禁軍，以觀陛下動靜，曰廢立由我；罪不容於死者七也。率土碎心痛號者，先帝殉難，皇子猶存。前此定王之事，海內至今傳疑未已。況今皇太子授受分明，臣前疏已悉；士英乃與阮大铖一手拿定，不畏天道神明，不畏二祖列宗，不畏天下公議，不畏萬古綱常，忍以先帝已立七年之嗣君，為四海謳歌訟獄所歸者，付之幽囚，天昏地慘，神人共憤。凡有血氣，皆欲寸磔士英、大铖等，以謝先帝。此非臣之私言，諸將士之言也；非獨臣標將士之言，天下忠臣、義士、愚夫、愚婦之公言也。伏乞陛下立將士英等肆諸市朝，傳首四方，用抒公憤。臣等束兵計刻以待，不禁大聲疾呼，激切以聞’。又傳檄雲：‘蓋聞大義之垂，炳於星日；無禮之逐，嚴於鷹鸇。天地有至公，臣民不可罔也。
奸臣馬士英，根原赤身，種類藍麵，昔冒九死之罪，業已僑妾作奴、屠發為僧；重荷三代之恩，徒爾狐窟白門、狼吞泗上。會當國家多難之日，侈言擁戴勸進之功，以今上曆數之歸，為私家攜贈之物。竊弄威福，煬蔽聰明。持兵力以脅人，致天子閉目拱手；張偽旨以讋俗，俾丘民重足寒心。本為報仇而立君，乃事事與先帝為仇，不祗矯誣聖德；初因民願而擇主，乃事事拂兆民之願，何由奠麗民生？幻蜃蔽天，妖蟆障日。賣官必先姻婭，試看七十老囚、三不敗類，居然節鉞監軍；漁色罔識君親，托言六宮備選、二八紅顏，變為桑間濮上。蘇、鬆、常、鎮，橫征之使肆行；檇李、會稽，妙選之音日下。江南無夜安之枕，言馬家便爾殺人；北鬥有朝彗之星，謂英名實應圖讖。除誥命贈蔭之餘無朝政，自私怨舊仇而外無功能。類此之為，何其亟也！而乃冰山發焰，鱷水興波，群小充斥於朝端，賢良竄逐於崖穀。同己者，性侔豺虎、行列豬猳，如阮大铖某某等數十巨憝，皆引之為羽翼，以張殺人媚人之赤幟；異己者，德並蘇、黃，才媲房、杜，如劉宗周、薑曰廣、高弘圖等數十大賢，皆誣之為朋黨，以快虺如蛇如之狼心。道路有口，空憐“職方如狗、都督滿街”之謠；神明難欺，最痛“立君由我、殺人何妨”之句。嗚呼！江漢長流、瀟湘盡竹，罄此之罪，豈有極與！若鮑魚蓄而日膻，若火木重而逾烈。放崔、魏之瘈狗，遽敢滅倫；收闖、獻之獮猴，教以升木。用腹心出鎮，太尉朱泚之故智，幾幾殆有甚焉；募死士入宮，宇文化及之所為，人人而知之矣。是誠河山為之削色，日月倏以無光。又況皇嗣幽囚，列祖怨恫。
海內懷忠之臣，誰不願食其肉？敵國向風之士，鹹思操盾其家。本藩，先帝舊臣，招討重任。頻年痛心疾首，願為鼎邊雞犬以無從；此日履地戴天，誓與君側豺狼而並命。在昔陶八州靖石頭之難，大義於今炳然；迄乎韓蘄王除苗氏之奸，臣職如斯乃盡。是用厲兵秣馬，討罪興師。當鄭畋討賊之軍，憶裴度閉邪之語。謂朝中奸黨盡去，則諸賊不討自平；倘左右凶惡未除，則河北雖平無用。三軍之士，戮力同仇，申明仁義之聲聞，首嚴焚戮之隱禍。不敢妄殺一人，以傷天心；不敢荒忽一日，以忘王室。義旗所指，正明為人臣子、不忘君父之心；天意中興，必有問世英靈、矢翼皇明之運。泣告先帝，揭此心肝。願斬賊臣之首，以複九京；還收阮奴之黨，以報四望。倘惑於邪說，詿誤流言，或受奸臣之指揮、或樹義兵之仇敵，本藩一腔熱血，鬱為輪囷離奇；勢必百萬雄兵，化作蛟螭妖孽。玉石俱焚之禍，近在目前；水火無情之時，追維心痛。敬布苦衷，願言共事。嗚呼！朝無直臣，誰斥李林甫之奸邪？國有同心，尚懷鄭虎臣之素誌。我祖宗三百年養士之德，豈其決裂於僉壬？大明朝十五國忠義之心，正宜暴白於魂魄。速張殪虎之機，勿作逋猿之藪。然董卓之腹，膏溢三旬；籍元載之廚，椒盈八百。國人盡快，中外甘心。謹檄’。又沿途遍張告示，稱‘本藩奉太子密旨，率師赴救’。士英等大懼，京師戒嚴。士英端理部事，不入直。江督袁繼鹹請赦太子以遏止之，弘光切責。
時左兵由九江、安慶至建德，順流而下。調黃得功、劉良佐離汛，遣劉孔昭、阮大铖、方國安、朱大典同禦之。升大典兵部尚書，國安掛鎮□將軍印。劉澤清亦托勤王，率兵大掠南行。揚、泗、徐、邳，勢同鼎沸。史可法連疏告警。弘光曰：‘上遊急則赴上遊，北兵急則赴北兵，自是長策’。可法曰：‘上遊不過欲除君側之奸，原不敢與君父為難。若北兵一至，宗社可虞。不知輔臣何意朦蔽至此’！乃移書士英，懇其選將添兵，大聲疾呼。士英惟以左兵為慮，不應。劉洪起又奏：‘清兵直下，無人敢遏，恐為南京之憂’。王永吉亦奏：‘徐鎮孤危，勢不能存。必保徐州，方保江北’。可法又請麵朝處分東宮，以息群囂。弘光諭：‘西警方急，卿專心料理，待奏凱複見’。可法歎曰：‘奏凱二字，談何容易。誠如上言，麵君不知在何日矣’！又連上二疏：一劾各鎮擁兵糜餉，一劾李成棟避敵南奔。士英亦不應。弘光惟以選淑女為急。先是，應天府選三名，不中。司禮監又選六名，亦不中。特遣內監田壯國往杭州選到陳氏、王氏、李氏三人，著於十五日進元暉殿。命戶、工部各委官一員，采辦中宮珠冠，禮冠三萬兩、常冠一萬兩。
殺從逆光時亨、周鍾、武愫。又殺原任武德道僉事雷演祚、禮部主事周鑣。鑣與鍾，從兄弟也，負時譽，與阮大铖有隙。士英參鍾從逆，謂鑣當坐。照磨張明弼奏鑣險惡，朱統〈金類〉複摭鑣他事論劾提問。演祚亦與大铖有怨。澤清疏攻大器及演祚。大铖複奏演祚不忠不孝。吏科林有本繼之；有旨：‘從逆各犯及雷演祚二案，著法司速行訊詰’。光時亨者，與李明睿不同聲氣，阻駕南遷者也；故與四人同死。
改王永吉總河兼督淮、揚、鳳、應等處。錢繼登巡撫揚州，田仰撤回另用。時清兵已徇徐、碭，下亳、泗，乘勢渡淮，如入無人之境。
十九日，召對。馬士英力請亟禦左良玉。大理寺卿姚思孝、尚寶司卿李之椿等，合詞請備淮、揚。工科吳希哲等亦言淮揚最急，應亟防禦。弘光諭士英：‘左良玉雖不該興兵以逼南京，然看他本上意思，原不曾反叛。如今還該守淮揚，不可撤江防兵’。士英厲聲指諸臣對曰：‘此皆良玉死黨為遊說，其言不可聽！臣已調得功、良佐等渡江矣。寧可君臣皆死於清，不可死於左良玉手’！瞑目大呼：‘有異議者斬’！弘光嘿然，諸臣鹹咋舌。禮部尚書錢謙益言：‘陳洪範還該收他’。弘光諭：‘國家何嚐不收人，隻是收來不得其用’。希哲退曰：‘賈似道棄淮、揚矣’！
給事中吳適疏參方國安、牟文綬，言‘文綬本無寸功，驟列大帥；乃複縱兵嘩掠，摧陷建德、東流，大屬非法。國安受國厚恩，乃銅陵西關、南陵城外，聚兵攻擊。赤子何辜，遭茲塗炭，益之深熱，其與叛逆何異？陛下宜加禁戢’。蔡奕琛等票旨：‘文綬久在南康、國安現在剿逆，吳適訛言亂政，為逆臣出脫，是何肺腸’！明日，奕琛具疏持糾，逮適下獄。先是，左光先按浙，會鞫奕琛一案。適時為衢州司理，與紹興司理陳子龍共成是獄。及奕琛入相，與阮大铖同心排擠光先，以致褫逮，並及於適，實借題以快夙憾，而國事封疆俱置不問。禦史張孫振又有疏糾適為東林嫡派、複社渠魁，宜速正兩觀之誅。
二十四日，清兵攻揚州，史可法禦之，薄有斬獲。攻益急，血奏請救，不報，可法開門出戰。清兵破城入，屠揚州，可法死之。原任兵部尚書張伯鯨被執不順，身殺數創，自剄死。妻楊氏、媳郝氏從之。
明日，弘光召群臣問遷都計，錢謙益言不可。馬士英請調黔兵入衛，辦走貴陽。工科吳希哲等力諫乃止。召黔兵一千二百名入城，命住雞鳴山房。
良玉舉兵不數日病死，子夢庚東下至辨石，為黃得功、方國安所敗。尋聞清兵信急，引還。捷聞，封得功靖國公，並晉大铖、大典太子太保，總兵張傑等各加級有差。五月以巡漕禦史霍達、監軍僉事楊文驄分設蘇鬆、常鎮巡撫，各僉都禦史。初五日，百官進賀。弘光以演戲不視朝。馬士英傳令各門下閘，辰開申閉。封鄭鴻逵靖□伯世襲，賜蟒衣、金幣。
清兵既破揚州，沿江問渡，惟鄭鴻逵一旅守於京口。初八日夜，清兵編筏張燈向鎮江，而別由老鸛河渡。初九日，盡抵南岸，鄭兵揚帆東遁。初十日，閉京師各城門。晝晦，大風猛兩。午後，猶集梨園入內演戲，弘光與諸內臣雜坐酣飲。二鼓，出奔。五鼓，士英奉太後，召黔兵護衛走浙。黎明，內門不閉，宮女雜走。於是各官奔竄。
十一日，忻城伯趙之龍閉各城門以待清兵。居民競殺城內外黔兵，無有逸者。午刻，有監生趙某率市人百眾，出王之明於獄，擁入宮中，登殿鳴鍾，百官莫有至者。吏部尚書張捷……（？）。副都禦史楊維垣自經死，妾朱氏、孔氏從之。王之明粘示皇城略雲：‘先皇帝丕承大鼎，惟茲臣庶同共甘苦；胡天不佑，慘罹奇禍。凡有血氣，裂眥痛心。泣予小子，分宜殉國；思以君父大仇，不共戴天，皇祖基業，汗血匪易，忍垢匿避，圖雪國恥。幸文武先生，迎立福藩。予惟先帝之哀，奔投南都，實欲哭陳大義。不意巨奸障蔽，至攖桎梏。予雖幽獄，無日不痛絕也。福王聞兵遠遁，先失民望，其如高皇帝之陵寢何？泣予小子，父老人民圍抱出獄，擁入皇宮。予身負重冤，豈稱尊南麵之日乎？謹此布告，在京勳舊文武先生、士庶人等，念此痛懷，勿惜會議。予當恭聽，共抒皇猷，勿以前日有不識予之嫌，惜爾經綸之教也’。十二日，欽天監挈壺官陳於階自經。
是日，弘光駐太平府二十裏外，黃得功、阮大铖、朱大典、方國安等來見，欲入太平。太平民不納。十三日，往蕪湖。總兵官黃斌卿遁，登中軍翁之琪舟。十四日，將往浙。時清豫王已薄都城，趙之龍同王之明出降，豫王加之龍興國公，賜金鐙鞍馬、貂裘寶帽，設牛酒軍中宴之。十六日，豫王入京，百官朝見，百姓家設香案投誠。豫王出示曉諭，大略雲：‘福王僭稱尊號，沉湎酒色，信任僉士，民生日瘁。文臣弄權，隻知作惡納賄；武臣要君，惟思假威跋扈。上下離心，遠近仇恨’。時劉孔昭往浙，劉澤清入海。劉良佐降，奉豫王命引兵追弘光至蕪湖，於十五日及之；且召黃得功。得功不從，良佐伏弩射中得功喉。得功創甚，拔劍自刎。良佐挾弘光去。之琪投水死。弘光見豫王於內守備府，王責其僭位稱尊、荒酒好色及謀害太子等事。弘光默然。隨囚於江寧縣。刑部尚書高倬、戶部郎中劉成治，署中自經。十八日，國子監生吳可箕，雞鳴山關廟中經死。二十三日，中書舍人龔廷祥投秦淮河中死。其死不知日者：中書舍人陳爊及子舉人陳伯俞、戶部主事吳佳胤。死不知名者，投秦淮河中馮小璫、百川橋下乞兒也。小璫以色幸，卒以身殉。乞兒題詩橋上，有雲：‘三百年來養士朝，如何文武盡皆逃？綱常留在卑田院，乞丐羞存命一條’。禮部郎中劉萬春、主事黃端伯，以不朝斬之。
豫王分兵略定各屬，而命禦史王懩、劉光鬥、鴻臚丞黃家鼒等分往招撫。家鼒至蘇遇害。蘇州諸生顧所受服儒服，哭文廟，投泮池死。原任少詹徐汧沉虎丘後溪死。玄妙觀前賣麵人，夫婦對經死。常州石生及賣扇歐姓者，投西廟池中死。又一鄉民賣柴入城，聞安撫使至，棄柴船，躍入文城壩南龍遊河死。五牧有蓄鵜鳥薛叟，以薙發自縊死。常熟諸生徐懌以薙發自經死。諸生項誌寧不食死。武進諸生董元哲痛哭死。至於各處起兵見殺，則貴池諸生吳應箕、宣城諸生麻三衡、徽州鄉宦金聲、武官陳有功、餘元宣、萬會、吳國禎。而蘇州原任遊擊魯之璵及常武韜俱戰死。嘉定原任通政使侯峒曾，城破，與子諸生侯玄演、侯玄潔被殺。進士黃淳耀與兄黃淵耀及舉人張錫眉、龔用圓俱死。常熟諸生徐守質戰死。昆山貢生朱集璜，城破被執，不順死。故將王公揚，年七十，戰死。諸生陶琰，城破，自刎死。原任狼山總兵王佐才為亂兵殺死；一家老幼，屠戮殆盡。鬆江原任中書李待問、博羅知縣章簡，城破被殺。吏部主事夏允彝投水死。總兵吳誌葵、黃蜚，駐兵豆腐浜，被擒，解至南京殺死。華亭教諭眭明永被執不順死。常州諸生吳福之、徐安遠，入太湖，從黃兵，兵敗，福之投水死、安遠被殺。諸生張龍文，率鄉兵薄郡城，殺死。
江陰屢攻不下，至三月乃克，遂屠其城。典史陳明遇合門投火。閻應元不順見殺。訓導馮某自縊明倫堂上。中書戚勳全家焚死。及兵下嘉、湖，吏部郎中錢柄戰歿震澤。原任吏部尚書徐石麒自縊，其仆祖敏、徐錦從死。兵至杭州，潞王以城投順。杭州原任行人陸培縊死。錢塘知縣顧鹹建不順被殺。某縣知縣梁於涘亦死。其前遣使臣左懋第在北聞江南陷，七日不食。攝政王召見，麻衣孝巾草履，向上長揖，南麵而坐。攝政王數以偽立福王、勾引土寇、不投國書、擅殺總兵、當廷抗禮五大罪。懋第抗詞，惟請一死。命薙發，堅不肯。於閏六月十九日殺之。題絕命詩有雲：‘峽坼巢封歸路迥，片雲南下意如何。寸丹冷魄消難盡，蕩作寒煙總不磨’。參謀兵部主事陳用極、遊擊王一武、張良佐、王廷佐、劉統等五人從死。忽風沙四起，卷市棚於雲際，屋瓦皆飛，一時罷市。
豫王既定江、浙，尋歸北京；挾弘光、王之明去，不知所在。