在多次強調無效之後，王衛開始思考順豐的管理模式，他對比了國際上的一些快遞巨頭，很快就得出了不同：全球四大快遞企業全是采用得直營模式，而順豐采用得是加盟營銷模式。稍微想一下，就可以得知兩者之間的優劣勢：企業在發展初期，為了能夠盡快地擴大市場規模，占據更多的市場份額，加盟營銷模式是最好的選擇，因為這種方式的成本遠低於直營模式，順豐初期的王衛也的確采用得是這種方法，才讓順豐在資金不足的情況下依然可以快速走向全國，有如滾雪球般的速度。
不過加盟營銷模式的劣勢也是相當明顯：由於各加盟商自主擁有順豐的經營點，根本就是順豐帝國裏一個個獨立的小王國，雖然順豐有統一的規章製度，但是加盟商為了自身的利益，他才不管順豐這塊招牌的長遠利益。因此一些加盟商為了快速分揀快遞，暴力分揀是相當常見的；其次還有在順豐的運輸車上夾帶自己接的私貨，以牟取更多的利益，而順豐的主要客戶對象是中高端的客戶，多數更注重快遞的服務質量和速度，夾帶一些低端大體積私貨，必然會導致快遞延時、破損等問題；更有甚者，一些加盟商利用順豐的招牌經營多年，不僅在下麵儼然一個小諸侯國，最後更是直接挖走順豐的客戶，另立山頭去了。還有其他很多問題值得王衛去思考。
管理上的問題到後麵越來越嚴重，大量的負麵新聞纏在順豐身上，產生的後果就是人們對順豐感到失望，而快遞行業是個非常需要客戶忠誠度的行業，一旦得罪客戶一次，客戶可能再也不會選擇順豐。眼看著順豐一步步地走向失敗，王衛再也坐不住了，經過深思熟慮之後，開始著手解決順豐的弊病。
天堂與地獄的抉擇：強硬直營
當時擺在王衛麵前的隻有三條路可以選擇：第一條路最緩和，那就是繼續保持加盟營銷模式，再次基礎上，增加一些有效的獎懲管理措施，譬如末位淘汰製度，以此清除一些完全不符合順豐要求的加盟商，以達到殺雞儆猴的效果，同行業內其它快遞企業多基本都是采用這種方法來管理加盟商；第二條路是折中的辦法，既保持加盟營銷模式，也在部分營業點采用直營模式，尤其是一些中心城市的中心中轉場，相當於卡住整個快遞網絡的咽喉，其他地區的加盟商自然能夠受製於總部，這種方法直到今天依然被一些業內領先的民營快遞公司所采用；最後一條路則是王衛走的路，一條至今隻有他走過的路——全麵直營化。
對於一家快遞企業來說，可以有一萬個理由支持直營化，譬如便於標準化管理，易於提高整體服務質量，方便總部整合快遞網絡，統一配貨和運輸，等等。事實也的確如此，直營化是快遞企業發展到成熟期最好的選擇，從國際快遞巨頭們全都選擇直營化就可以看到未來的發展趨勢。從理論上講，直營化唯一的缺點就是需要消耗大量資金，順豐初期時王衛是沒錢，而對於1999年的王衛來說，當時錢卻已經不是太大的問題，資金方麵完全具備變革的基礎。
不過王衛在采取行動之前也並非沒有猶豫，畢竟國內還沒有人采用全直營式的快遞公司，而且雖然當時加盟商給順豐帶來了不少麻煩，但王衛也同樣體驗著順豐高速擴張的快感，一旦變革，順豐的規模擴張不可避免地會慢下來。還要就是要說服大量順豐在各地的分公司的加盟商們，讓他們變身為職業經理人，而非順豐營業點的所有人。
最大的困難就在說服加盟商放棄營業點，變為職業經理人。這其中的困難也很好理解，在中國人的思維中，正所謂“寧做雞頭，不做鳳尾”，每個順豐營業點雖小，但是每個加盟商都是自己說了算，擁有完全的自由，基本不受順豐總部任何限製，但是一旦轉化身份，作為職業經理人，那不過是千千萬萬個順豐營業點經理人中的一位，而且麵臨嚴格的公司製度，更有審核製度，麵臨開除等危險，這是每個加盟商都不願意麵對的結果，不過這還多是感情方麵難以接受。其次是直營化嚴重損害了部分加盟商的利益，如果沒有直營化，有著自決權的加盟商完全可以在運輸過程中夾帶私貨等賺外快，但是一旦順豐實現直營化，就是絕無可能的事情了。
王衛在充分考慮各方麵優劣之後，為了順豐的長遠利益，決定變革，王衛首先在2002年於深圳建立了順豐的公司總部，以此為改革的開端，進而開始全麵改革順豐的運營模式。意料之中，王衛的改革措施遭到了大小加盟商的強烈反對。王衛的改革方法是剛柔並濟，一方麵強製要求各加盟商將股份賣給他，另一方麵對於加盟商以後的福利待遇，給予了相當豐厚的條件。王衛的改革先從廣東開始，逐漸推廣到全國，由於廣東他經營了多年，所以雖然困難重重，好歹還是比較順利的拿下了，等到推行至廣東以外的地區時，加盟商們的反抗激烈得多，不僅如此，同一地區的加盟商還拉幫結派反抗王衛前來“收編”。王衛依然強行推行他的改革政策，在此期間，他受到了部分加盟商的含有警告意味的生命安全威脅。