送走官木生、晏桃香這些基層幹部和勞模，毛澤東內心沉重：“多好的人民啊！我們對不起人民。”“唐代詩人韋應物說，‘邑有流亡愧俸錢’，我現在的心情是國有流亡愧此生。”
鄭州會議結束後，劉少奇、陳雲、鄧小平等返回北京，毛澤東在鄭州停留了三天，參加了一些活動，11月13日下午，離開鄭州前往武昌。
一路上，毛澤東專列經停遂平、信陽、廣水，在廣水，他收到一份新華社內參，報告河北邯鄲地區傷害疫病普遍流行，全區二十一個縣市、七十多個村莊受波及，患病人數之多、蔓延之快是曆年來所未有的。毛澤東看後沉痛地說：“原因是抓了工作，忘了生活。”
14日下午十四時，專列到孝感車站，王任重、梅白、孝感地委書記王家吉、孝感縣委書記王振明、長風公社書記朱明啟和全國勞動模範晏桃香到專列上與毛澤東座談。
王任重彙報：有個司機三天三夜未上床睡覺，當汽車開得抵到了電線杆才醒。王家吉彙報：有人為了放衛星，幾天幾夜連著幹，結果倒在平爐上睡著了。梅白說，孝感縣長風公社某複原軍人創造了“萬斤田”。毛澤東聽後搖了搖頭：“我不相信。”王任重告訴他，是農村工作部部長王良來驗收的。“靠不住，誰驗收的也靠不住，除非派解放軍站崗放哨，單打單收，才能算數。” 毛澤東沒有相信。
晏桃香昨夜開通宵夜車鋤棉梗，天亮被通知來開座談會，一直打噴嚏，來之前還吃了藥。毛澤東知道後說：婦女和男人不能一樣啊，要關心她們，執行三期（月經期、懷孕期、分娩期）照顧。他問晏桃香：“你所在的生產隊糧食能達到指標嗎？”“差十萬八千裏。”晏桃香沒有隱瞞。
官木生反映，現在的生產指標不造假不見報。省委書記都有責任。省壓地區，地區壓縣，縣壓我們。我解放以來是勞模，都帶頭幹，但是糧食產量我不敢帶頭，帶這個頭是無良心，老百姓要餓飯。事實上有的已經開始餓飯了，老百姓擔心，算盤一響，眼淚一淌！
毛澤東感到很是痛心，當著同誌們的麵深深地自責道：“我不該同意給湖北六百億斤的意見。六百億斤是主觀主義、官僚主義，不好。這個責任不怪任重，不怪你們。怪我。怪我這個中央主席。”
送走這些基層幹部和勞模，毛澤東內心沉重，依舊自責不已：“多好的人民啊！我們對不起人民。”“唐代詩人韋應物說，‘邑有流亡愧俸錢’，我現在的心情是國有流亡愧此生。”
11月15日淩晨，毛澤東到達武昌，住東湖賓館甲所。當晚，他找李富春、趙爾陸、薄一波談明年鋼產量的指標問題，憂心忡忡，夜不能寐。
從15日到20日，毛澤東讓王任重、張平化組織座談會，繼續調查研究。毛澤東連續聽取了王任重關於全省情況的回報，和恩施、孝感、沔陽、襄陽、麻城、鄂城、黃岡、棗陽等縣情況的回報，對湖北的情況完全摸了底。反映的情況包括：辦大社中富隊和窮隊的矛盾，群眾對“軍事化”“食堂化”抵觸很大；大煉鋼鐵中好鋼隻有兩三成；幹部作風浮誇粗暴等。
11月21日到27日，中共中央政治局擴大會議在武昌舉行，史稱“武昌會議”。毛澤東在會議期間多次談到在工作各個方麵的糾“左”問題。
11月28日，中共中央八屆六中全會在武昌召開，毛澤東的糾“左”思想得到了進一步貫徹和執行，刹住了“共產風”。但全會通過了《關於人民公社若幹問題》，這就使全黨的“左”傾錯誤很難根本消除。到1958年底，鋼鐵指標的數字雖然完成了，但全年生產出來的合格的鋼隻有八百萬噸，而造成直接經濟損失卻達幾百億元，給國民經濟帶來了嚴重的後果。
毛澤東提出，他不再作國家主席的候選人。他的建議經八屆六中全會同意，並由《人民日報》公布。
12月10日，八屆六中全會結束，毛澤東在武漢停留了兩日，12月12日飛長沙，視察一天，13日飛到廣州，住小島賓館1號樓。這次飛赴廣州，江青是反對的。為此，中央作了決定：此後毛澤東外出不要乘坐飛機。從此以後，隻有在1967年7月20日發生“武漢事件”那種非常特殊的情況下，毛澤東乘飛機離開武漢飛到上海，除此以外，毛澤東再也沒有乘坐過飛機。
12月26日，毛澤東在廣州度過了六十五歲的生日後離開，經停武漢、鄭州、邯鄲、石家莊，於12月30日返回北京。
毛澤東坦言：“中國共產黨並沒有關死門，說達賴是被挾持走的，又發表了他的三封信。這次人民代表大會，周總理的報告裏頭要講這件事。我們希望達賴回來，還建議這次選舉不僅選班禪，而且要選達賴……”
第二次鄭州會議結束後不久，3月10日，西藏上層反動集團發動了大規模武裝叛亂。毛澤東不得不分出精力，指導平定叛亂及相關的宣傳輿論工作。
自1951年西藏和平解放後，西藏貴族階層中的分裂分子一直在暗地活動，並拉攏達賴，想和中央政府和駐藏部隊較量，陰謀組織過多次“請願”活動都被平息，秘密成立了名為“曲細崗珠”的叛亂組織和“衛教軍”。藏軍人數從1951年的一千四百多人發展到三千多人。
1959年3月10日，達賴喇嘛原定要到西藏軍區機關住地觀看軍區文工團演出。西藏上層分裂分子乘機煽動僧眾趕往達賴喇嘛的駐地羅布林卡，阻攔達賴喇嘛如約前往。叛亂分子打傷了西藏軍區副司令員桑頗·才旺仁增，殺害了西藏自治區籌備委員會官員堪窮·索朗降錯，還拖屍示眾。他們高呼“西藏獨立萬歲”等口號，在羅布林卡集會，宣稱“同中央決裂，為爭取西藏獨立而幹到底”。他們糾集叛亂武裝七千多人，在藥王山、羅布林卡、布達拉宮等地構築工事，包圍了西藏軍區司令部和中央人民政府駐藏代表機關。
3月12日，正在武昌的毛澤東指示西藏工委：“目前策略，應是軍事上采守勢，政治上采攻勢。目的是分化上層，爭取盡可能多的人站在我們一邊，包括一部分活佛、喇嘛在內，使他們兩派決裂；教育下層，準備群眾條件。”“如果達賴及其一群逃走，我軍一概不要阻攔，無論去山南、去印度，讓他們去。”同時提出兩種處置辦法：“（一）宣布為叛國者，以後隻有在他悔過認罪之後，才可以回來；（二）宣布為被人挾持者，仍然希望他設法脫離叛眾，早日回來，羅布林卡位置及人大位置，仍給他留著。”
3月15日，西藏軍區政治委員譚冠三致信達賴喇嘛，規勸他“改變錯誤態度，立即負起責任，平息叛亂，嚴懲叛亂分子”。15日下午，毛澤東致電中央，稱這封複信“很好，政治上使我處於主動”。他同時提出：“要準備一封信曆述幾年以來中央對諸大事件寬大、忍耐的目的，無非等待叛國分子、分裂分子悔悟回頭，希望達賴本著十七條及曆次諾言，與中央同心，平息叛亂，杜絕分裂分子，歸於全民族團結，則西藏便有光明前途，否則將貽害西藏人民，終遭人民棄絕。”
3月17日，達賴喇嘛暗自離開拉薩逃往印度。3月20日淩晨，叛亂分子向駐藏部隊和中央人民政府駐藏代表機關發起武裝進攻。西藏軍區召開緊急會議，決定不待增援，立即組織拉薩市內現有兵力進行反擊。上午十時，人民解放軍一舉攻下藥王山，控製了市內製高點，隨即又攻占羅布林卡。21日清晨對叛亂武裝形成合圍。22日拂曉，大昭寺和布達拉宮的叛亂武裝繳械投降。拉薩市的武裝叛亂基本平息。
3月28日，國務院發布命令，宣布解散西藏地方政府，解散藏軍，由西藏自治區籌備委員會行使西藏地方政府職權，任命班禪額爾德尼·確吉堅讚代理自治區籌備委員會主任委員。這樣的安排，實際上給達賴喇嘛留下了一個悔過自新的機會，希望他能夠回心轉意。4月9日，班禪額爾德尼·確吉堅讚、阿沛·阿旺晉美和詹東·計晉美前往北京，一同出席二屆全國人大一次會議。
4月15日，毛澤東在最高國務會議上講話，專門談了西藏平叛問題。在談到對達賴喇嘛的政策時坦言：“中國共產黨並沒有關死門，說達賴是被挾持走的，又發表了他的三封信。這次人民代表大會，周總理的報告裏頭要講這件事。我們希望達賴回來，還建議這次選舉不僅選班禪，而且要選達賴。他是個年輕人，現在還隻有二十五歲。假如他活到八十五歲，從現在算起還有六十年，那個時候二十一世紀了，世界會怎麼樣呀？要變的。那個時候，我相信他會回來的。他五十九年不回來，第六十年他有可能回來。那時候世界都變了。這裏是他的父母之邦，生於斯，長於斯，現在到外國，仰人鼻息，幾根槍都繳了。我們采取這個態度比較主動，不做絕了。”