這給了王仙芝、黃巢一個難得的喘息機會。
王仙芝、黃巢利用這一有利時機，經過短暫休整之後，便轉戰河南，迅速攻占了陽翟（今河南禹縣）、郟城（今河南郟縣）等八縣之地。接著，農民軍又攻陷了汝州（今河南臨汝），王仙芝殺其守將，汝州刺史也被迫逃走了，王仙芝、黃巢的聲威大振，連洛陽都被震動了，這裏的官員紛紛逃跑了。
請大家注意，從此處開始，因為占領了大城市，這些所謂的起義軍已經有了底氣，這場戰爭逐漸變了味道。
王仙芝、黃巢又攻破了陽武，胃口一下子大了起來。他們的下一個目標是鄭州。
可是，鄭州可不是這麼容易打的，這裏城牆高，兵馬強。王仙芝和黃巢圍攻了幾個月都沒有打下來鄭州，這時候一個比較要命的問題來了，那就是糧食問題。
此時，這支農民軍的本性開始顯現出來，在鄭州以東的諸多州縣，都非常害怕起義軍，因為打不破鄭州，王仙芝和黃巢的手下開始縱兵搶掠。
從此，這支起義軍也幹起了殺人、放火的勾當，他們有多殘忍呢？
《新唐書》用一句話描述了當時的情形：“殘郢、複二州，所過焚剽，生人幾盡。”
這兩個州縣的百姓，基本上被屠戮殆盡，而這樣的殺戮並不是個案，在日後，這場戰爭中，所謂的起義軍已經變成了屠戮無辜百姓的巨大殺人工具。
在久攻不克鄭州的情況下，王仙芝和黃巢開始轉變戰略，把戰線南移，接連進攻申、光、廬、壽、舒、通州等地，逼近揚州，淮南節度使多次向朝廷告急。
唐朝麵對巨大的壓力，開始使出了殺手鐧，招安。
王仙芝動心了，朝廷能給自己官做，實在是不白大鬧了一場。黃巢本來也想接受招安，因為，怎麼說自己的目的達到了，當年考上了科舉也就不過如此。可是當黃巢看到了那份封官的名單時，勃然大怒，恨得牙根癢癢，因為那上麵隻有王仙芝的名字，卻沒有自己的。（《新唐書》：“巢恨賞不及己。”）
他恨的不是別的，原來朝廷隻知道有個王仙芝，卻不知道，我黃巢也是號人物。
黃巢開始質問王仙芝：“君降，獨得官，五千眾且奈何？丐我兵，無留。”然後，黃巢舉起了拳頭重重地打在了王仙芝的臉上。
本來可以平息的戰爭在黃巢的一句話和這一拳下，沒能成功。
王仙芝害怕犯了眾怒，所以沒敢接受朝廷的官職。
此時的黃巢認清了一個道理，再也不能跟著王仙芝混了，當馬仔沒有啥前途。所以此時黃巢拉出了自己的嫡係部隊，自己開始單獨跟朝廷做對了。
當然黃巢和王仙芝的合作還是比較親密的，兩個人分分合合打了很多仗。但是，王仙芝的心又動搖了，因為朝廷又對他拋來了橄欖枝，王仙芝身邊這次可沒有了麻煩的黃巢，所以非常欣然地接受了官職。
可是這次朝廷可沒這麼寬容，招安是假的，是障眼法，趁著王仙芝放鬆警惕之際，官軍偷襲了王仙芝，王仙芝知道上當了大怒，遂進兵荊南，不久在黃梅兵敗戰死，手下五萬餘人被斬首。
王仙芝手下的殘餘勢力大部分歸於了黃巢。從此，黃巢總算有了出頭之日，走進了曆史的中心舞台，屬於他的時代開始了。
骷髏塔
縱觀史書，從《舊唐書》、《新唐書》再到後來的《資治通鑒》，沒有一本書說過黃巢一句好話，因為這個人確實沒有好的地方。
在人品上，他從不堅定，時不時地就像唐朝乞降，幾乎一年一次，而當唐朝為他開出不錯的價碼後，他又公然反悔。
在他的心裏，有王仙芝的例子在前，所以他不敢放下手中的武器。他隻能通過乞降的方式來為他的下一步贏取充裕的準備時間。
黃巢已經洞悉了當時的形勢，北方雖然遭遇旱災，但是北方人素來民風彪悍，士兵也頗為勇敢。所以在河南一帶活動，並不會有多大的益處，所以他把目標定在了南方。
說幹就幹，黃巢率軍南下與王仙芝舊部王重隱會合，接連攻下了虔、吉、饒、信等州。八月，黃巢軍進攻宣州，在南陵為官軍所敗，於是又進入浙東，經婺州至衢州（浙江），然後披荊斬棘，開山路七百裏，攻入福建。
福建的大城市福州危在旦夕，此時，黃巢軍中，流傳了一個口號，那就是“逢儒則肉，師必覆”，意思是說遇到儒者則殺，軍隊必然要覆滅。
乾符六年（公元879年）三月，福州觀察使韋岫戰不勝，棄城而逃。
黃巢軍隊，衝進了福州，這支軍隊再也不是我們教科書裏那支為了自己的生存而抗爭的軍隊了，而是變成了一支野獸軍團，見人就殺，見房子就燒，情景恐怖之極。
他們唯一放過的是崇文館校書郎黃璞家，因為這些人雖然好殺，但卻比較迷信，他們害怕殺了大儒，會遭到滅頂之災的報應。